Поделиться


Школа по анализу данных RNA-seq


Кафедра биоинформатики медико-биологического факультета РНИМУ им. Н.И. Пирогова, обучающая магистров по специальности Биология, профиль «Медицинская биоинформатика» в рамках проекта по созданию «Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины» приглашает на двухдневную школу по биоинформатике (анализ данных RNA-seq), которая состоится с 17 по 18 апреля 2020 года. Школа представляет собой курс для специалистов, имеющих базовый уровень образования в области биологии и интересующихся современными методами биоинформатики в этой области знания. Курс посвящен изучению анализа дифференциальной экспрессии генов на основе технологий NGS. В нем подробно рассматриваются темы, посвященные анализу данных RNA-Seq.

В процессе занятий участники получат представление о методах оценки экспрессии генов методами RNA-seq и научатся применять статистический язык программирования R для анализа и визуализации данных RNA-seq.

Выпускники этого курса смогут самостоятельно проводить анализ данных для RNA-seq с целью оценки дифференциальной генной экспрессии.

Опыта программирования не требуется.

Курс состоит из нескольких разделов и включает:

  • Основы работы с языком статистического программирования R в среде программирования R-studio.
  • Знакомство с библиотеками R-bioconductor, предназначенными для работы с данными о генной экспрессии.
  • Получение «сырых» данных о генной экспрессии или референсных последовательностях из общедоступных баз данных.
  • Создание workflow для оценки дифференциальной экспрессии генов на конкретных примерах.

Место проведения: РНИМУ им. Н.И. Пирогова, Москва, ул. Островитянова, д. 1.

Количество участников ограничено (40 человек).
Для участия необходим ноутбук.
Регистрация окончена.


Расписание школы по анализу данных RNA-seq

1-й день (17 апреля 2020 г.)

10.00-11.30

Введение в язык программирования R, R-Studio – среда программирования

практикум

11.30-11.50

Кофе-брейк

 

11.50-13.20

Экспрессия генов, оценка дифференциальной генной экспрессии

лекция

13.20-14.30

Обед

 

14.30-16.00

Доступ к данным Gene Expression Omnibus (GEO), Sequence Read Archive (SRA) и референсным геномным данным

практикум

16.00-16.20

Кофе-брейк

 

16.20-17.50

Контроль качества данных (FastQC), подготовка данных к анализу дифференциальной экспрессии

семинар


2-й день (18 апреля 2020 г.)

10.00-11.30

R-bioconductor – библиотеки для биоинформатики, DESeq2

практикум

11.30-11.50

Кофе-брейк

 

11.50-13.20

Анализ дифференциальной генной экспрессии

практикум

13.20-14.30

Обед

 

14.30-16.00

Анализ дифференциальной генной экспрессии

практикум

16.00-16.20

Кофе-брейк

 

16.20-17.30

Анализ дифференциальной генной экспрессии

практикум

17.30

Закрытие школы, подведение итогов