Формирование факультета закончили через три месяца – в июне 1939 года. На 4-й и 5-й курсы факультета приняли по 150 первых слушателей, отобранных по конкурсу из числа лучших студентов московских медицинских институтов, имеющих отличную и хорошую успеваемость и годных по состоянию здоровья к службе в рядах Красной Армии. Программа факультета была рассчитана на два года. По приказу Народного Комиссариата Обороны СССР факультет включал в себя следующие отделы: управления, научно-исследовательский, финансовый, санитарная часть, ряд вспомогательных служб, учебный отдел и профилирующие военные кафедры: авиационной медицины, санитарно-химической защиты, военной эпидемиологии, военных и военно-санитарных дисциплин, военной гигиены, госпитальной хирургии с курсом военно-полевой хирургии. Для обучения слушателей, будущих авиационных врачей, создали необходимую материально-техническую базу, хорошо оснастили кафедры военно-медицинского профиля.

В руководящий состав военного факультета, осуществляющего подготовку военных врачей авиационного профиля, назначили опытных военных специалистов, военврачей I ранга: профессоров Стрельцова В.В. и Колмыкова, П.Е., Перескокова А.А., Берлина П.Б. и др. От клинических кафедр для работы на факультете выделили лучшие профессорско-преподавательские кадры: заслуженных деятелей науки РСФСР, профессоров В.Ф. Зеленина, И.Г. Руфанова, С.И. Спасокукоцкого, Э.М. Гельштейна, И.Д. Ионина, Н.И. Гращенкова, В.М. Смольянинова, П.Л. Сельцовского, А.М. Геселевича и др. Важный раздел авиационной медицины – врачебно-летную экспертизу слушатели отрабатывали на базе 1-го Московского Коммунистического военного госпиталя (сейчас это  Главный военный клинический госпиталь имени Бурденко) и лаборатории авиационной медицины имени академика Павлова  при кафедре физиологии Военно-медицинской академии (сейчас это  Государственный научно-исследовательский институт авиационной и космической медицины). Общемедицинская подготовка слушателей проводилась на учебной базе 2-го Медицинского института, хотя военный факультет представлял собой высшее учебное заведение Красной Армии.

В апреле 1940 г. состоялся первый выпуск 149 слушателей военного факультета с присвоением им приказом Народного Комиссариата Обороны воинского звания «Военврач 3 ранга» и квалификации «врача-лечебника». Большую часть выпуска сразу же направили в войска военно-воздушных сил, а часть – на финский фронт. Выпускники военного факультета этого года стали основой медицинской службы авиации, так как ранее подобной профильной подготовки авиацион­ных врачей в нашей стране не проводилось. Среди первых выпускников были будущий министр здравоохранения РСФСР В.В. Трофимов, видные специалисты авиационной медицины Н.Н. Туровский, П.В. Князев, B.C. Иванов, И.И. Бограш и др.

Второй выпуск 152 слушателей совпал с началом Великой Отечественной войны и состоялся 22 июня 1941 года. Выпускников направили в действующую армию Западного фронта на различные военно-врачебные должности в частях и соединениях военно-воздушных сил. В августе 1941 года прошел третий выпуск 148 слушателей.

С 19 октября по 1 ноября 1941 года в соответствии с постановлением Эвакуационной комиссии при Совете Народных Комиссаров СССР военный факультет в полном составе слушателей, с частью профессорско-преподавательского коллектива и имущества передислоцировался из Москвы в Омск. В Москве осталась оперативная группа для охраны учебных корпусов, получения подвижного состава и отправки в Омск оставшегося учебного и хозяйственного имущества, так называемая вторая очередь.

Прибыв в Омск, военный факультет продолжил подготовку военных врачей всех потоков факультета на базе Омского медицинского института, трех эвакогоспиталей и городских поликлиник. Функционирование военного факультета при институте оказало положительное влияние на организацию учебно-методической и учебно-воспитательной работы кафедры военных и военно-санитарных дисциплин института. Профессорско-преподавательский состав военного факультета оказал практическую помощь в разработке учебно-методической документации, проведении полевых занятий, совершенствовании учебно-материальной базы.  

В 1942 году на 4-й курс факультета зачислили 298 слушателей из числа студентов 2-го Московского, Омского, Алма-Атинского, Томского, Новосибирского, Иркутского, Хабаровского, Свердловского, Киргизского, Харьковского, Киевского, Астраханского и Казанского гражданских мединститутов. В порядке укомплектования на факультет прибыли еще 342 слушателя расформированной Куйбышевской военно-медицинской академии,

За время пребывания в Омске военный факультет осуществил три выпуска из 639 слушателей факультета с присвоением им воинского звания «Военврач 3 ранга» и «Капитан медицинской службы», а также квалификации «врача-лечебника».

В июне 1943 года учебные занятия продолжились в Москве, где факультет до июня 1944 года осуществил еще два выпуска общим количеством 547 слушателей.

В августе 1943 года в соответствии с директивой Начальника управления кадров и подготовки главного военно-санитарного управления Красной Армии на военный факультет прибыли 100 слушателей Военно-медицинской академии имени Кирова.

В июне 1944 года военный факультет при 2-м Московском Государственном Медицинском Институте расформировали. Постоянный офицерский и вольнонаемный состав, учебное здание и все имущество передали военному факультету при Центральном Институте Усовершенствования врачей Народного Комиссариата Здравоохранения СССР. 75 слушателей 4-го курса для завершения обучения перевели в Ленинградскую военно-медицинскую академию им. Кирова.