Впервые информация о кафедральных музеях института появилась в институтской многотиражке в 1933 г., когда секция научных работников и местный комитет объявили конкурс на лучший учебный кабинет, музей всех кафедр института. Дирекция института даже запланировала выделение победителям до 500 рублей дополнительно на оборудование и расширение кабинетов и музеев.

В марте 1966 г. на профсоюзно-комсомольской учебе актива института приняли следующие решения:

• к 14 ноября – 60-летию института – собрать материалы по истории 2-го МГМИ, о его славных делах, о выпускниках, самоотверженным трудом прославивших его стены;
• собранные и обработанные материалы передавать  в юбилейную комиссию, чтобы в дальнейшей использовать их для создания стендов, посвященных истории и жизни института;
• для сохранения этих материалов создать музей института и решить вопрос об издании книги истории института.;
• каждый курс должен взять на себя десятилетия жизни института: 1906-1916 – 3 курс, 1916-1926 – 2 курс, 1926-1936 – медбиофак, 1946-1956 – 4 курс, 1956-1966 – 5 курс.

И только 4 марта 1975 г. вышел следующий приказ ректора № 56-рук.:

 «Воспитание подрастающего поколения советской молодежи на славных традициях нашего народа постоянно находится в центре внимания Коммунистической партии Советского Союза, комсомольских и профсоюзных организаций. Такое воспитание способствует формированию преданности Родине, гордости за нашу страну, уважения к лучшим из наших предшественников, к их вкладу в революцию, в борьбу за свободу и независимость нашей Родины, в социалистическое строительство, в развитие науки.

2 МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова является одним из старейших медицинских вузов страны. Его история богата революционными, боевыми и трудовыми традициями. Сотрудники и студенты института участвовали во многих исторических событиях и трудовых свершениях нашей страны. В институте сформировались крупные научные школы, которые внесли значительный вклад в развитие медицинской науки. Клинические базы института являются мощным звеном в системе здравоохранения столицы. 2 МОЛГМИ постоянно совершенствует методику высшего медицинского образования, участвует в разработке программ для преподавания, апробирует новые учебные планы. Врачи – выпускники института работают во всех уголках нашей Родины. Широко развиваются интернациональные связи вуза.

Бережное хранение, широкая пропаганда славных традиций является важной задачей идеологической работы в институте. Одним из звеньев в ней должен стать музей истории института, который наряду с воспитанием нашего студенчества в духе лучших традиций, явится пропагандистом вклада института в развитие медицинской науки, образования и здравоохранения, базой для профориентации будущих контингентов медиков.

В целях подготовки к созданию музея 2 МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова приказываю:

1. С вводом в действие нового учебно – теоретического корпуса создать на его базе музей истории 2 МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова.
2. Поручить зав. курсом истории медицины, проф. М.М. Левиту создать комиссию для приема помещения под музей под его председательством.
3. Поручить проф. М.М. Левиту разработать положение о музее и представить мне на утверждение к 15 апреля 1976 г.
4. Заведующим кафедрами из состава преподавателей, а заведующим отделениями из состава постоянных сотрудников выделить ответственных за сбор материалов для музея и связь с сотрудниками курса истории медицины.
5. Экспонаты, представляющие интерес для музея, по согласованию с кафедрами и отделами передаются в фонд музея.
6. Кинофотолаборатории института ежемесячно передавать материалы, отражающие жизнь института, в фонд музея. Выполнять заявки курса истории медицины по пополнению фото- и фоно-фондов музея.
7. Отделу кадров института регулярно передавать курсу истории медицины один экземпляр отчета за пятилетие, представляемого заведующими кафедрами при переизбрании на должность.

Ректор 2 МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова,
академик АМН СССР, профессор (Ю.М. Лопухин)».

19 мая 1977 г. на совместном заседании ректората и партийного комитета института по вопросу «О создании музея «История и достижения 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова» выступил профессор М.М. Левит. Заседание постановило:

1. В целях научного обобщения истории института и его достижения в учебно-методической, клинической и научной работе, лучшего использования богатого положительного опыта, считать целесообразным создать «Музей истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова» и подчинить его непосредственно ректору.
2. Разместить «Музей истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова» на 4-м этаже зоны Б-4 нового теоретического корпуса.
3. Утвердить «Положение о «Музее истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова» и ввести его в действие с мая месяца 1977 г.
4. Утвердить структурный план экспозиций «Музея истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова».
5. Организационную и методическую работу по созданию Музея (сбор и разработка материалов) возложить на заведующего курсом истории медицины профессора М.М. Левита.
6. Курсу истории медицины совместно с научно-исследовательской группой истории медицины (отв. профессор М.М. Левит) подготовить методическую разработку для эскизного проекта оформления Музея к июню 1978 г.
7. Сотрудникам курса истории медицины:
   а) предоставить преимущественное право использования памятных материалов, отражающих историю и достижения института, находящихся в ведении кафедр, кафедральных музеев и других подразделений института;
   б) разрешить сбор материалов для Музея в отделе кадров, архиве, Ученом совете, Советах факультетов, патентном отделе, Комитете ВЛКСМ, Месткоме и Профкоме института.
8. Финансирование работ, связанных с созданием Музея,  осуществлять за счет бюджета института.
9. Проректору по АХЧ тов. В.И. Матакову обеспечить помещения Музея соответствующим оборудованием и материалами, необходимыми для размещения и хранения фондов Музея.
10. Работу над сбором и разработкой материалов, связанных с подготовкой экспозиции Музея, считать ответственным поручением Ректората и Парткома. Заведующим кафедр и подразделений включить в план научно – исследовательской работы тематику по розыску, сбору и оформлению материала для «Музея истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова» лицам, выделенным для ведения этих исследований.
11. Предложить Комитету ВЛКСМ института создать постоянно действующую группу «Поиск» для ведения изысканий по следам революционной, боевой и трудовой славы института.
12. Создать при Парткоме института группу содействия организации «Музея истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова».
13. Заслушать на заседании Совета Института информацию о Музе зав. курсом истории медицины профессора М.М. Левита в сентябре 1978 г. и его сообщение о ходе работ по организации музея в мае 1978 г.
14. Ответственным куратором Музея назначить проректора института профессора Новикова И.И., на которого возлагается контроль за ходом работ по созданию Музея и решение штатных и планово-финансовых вопросов, связанных с его организацией и оформлением.

10 октября 1977 г. на заседании Ученый совет института: счел целесообразным создание «Музея истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова»; утвердил структурный план экспозиции музея; поручил заведующим кафедрами и подразделениями института активизировать работу по сбору и разработке материалов, связанных с подготовкой экспозиции Музея.

В соответствии с этим в институте разработали график посещения кафедр института на 1978-1979 учебный год для сбора от них материала к экспозиции с примерным планом вопросов, в том числе по истории кафедры (организация кафедры; характеристика педагогического процесса; основные научные достижения; подготовка кадров; общественная деятельность; участие сотрудников в Гражданской и Великой Отечественной войнах, на ударных стройках социализма; награды; биографии заведующих и профессоров кафедры; портрет). Для передачи в постоянное (временное) пользование предметов музейного назначения подготовили акт.

К работе музея планировалось привлечь сотрудников научно-исследовательской группы истории медицины НИЦа и музейной группы курса истории медицины на следующих должностях: старший научный сотрудник; младший научный сотрудник; заведующий музеем; архивариус. Также, в соответствии с планом работы музея, планировалось со временем дополнить эти ставки следующими: хранитель музея; два художника; машинистка; методист; фотограф.

Институт также подготовил письмо:

«Выпускнику, сотруднику 2-го московского ордена Ленина государственного медицинского института им. Н.И. Пирогова.

«Забота о сохранении исторических памятников и других культурных ценностей – долг граждан СССР» (ст. 57 Конституции СССР).

Дорогой товарищ!

В нашем институте, твоей альма-матер, в новом комплексе, создан музей  «История и достижения 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова», призванный отразить вклад коллектива в развитие медицинского образования, науки, здравоохранения, увековечить его славные революционные, боевые и трудовые традиции. Экспозицию намечено развернуть уже в 1978 г.

Свидетельства о твоей работе, работе товарищей, которых ты знаешь, свидетельства о деятельности института в целом найдут свое отражение в экспозиции музея. Это могут быть вещи, документы, портреты, фотографии, книги и др. экспонаты.

Ежедневно пополняются фонды музея. И если ты отнесешься с пониманием к делу, откликнешься на наш призыв или укажешь пути поиска аспектов деятельности института, мы будем тебе признательны, как будет признательно тебе наша молодежь, наши потомки.

Важно все доброе, что ты, твои учителя и ученики, твои предшественники и однокашники сделали на благо нашей Родины, на благо советского народа. За обыденностью повседневных дел не забывай, что ты делаешь историю.

Свои дары, предложения, пожелания посылай в адрес института: Москва, Малая Пироговская ул., д. 1, кафедра истории медицины.

Все, что ты пришлешь, будет строго документировано и принято на хранение.

Всего тебе доброго.
Ректорат, Партком,
Кафедра истории медицины
2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова».

Перечень стендов экспозиции в музее планировался примерно следующий:

1. Вклад в подготовку научных кадров (число подготовленных врачей; факультеты; учебные планы и программы; учебники, руководства, пособия, альбомы; лаборатории, учебные музеи, библиотека и др. учебные базы; обучение иностранцев; производственная практика).
2. Вклад в науку (выдающиеся ученые института; научные школы; научные проблемы; актовый день; монографии, сборники и другие публикации; изобретения, рацпредложения, предложенные нашими учеными приборы и инструменты; методическая работа; научные студенческие кружки; студенческое научной общество; международные связи; известные ученые – питомцы института).
3. Вклад в развитие здравоохранения (клиники – базы института; оборудование, оснащенность аппаратурой; новые способы лечения, разработанные в институте; вклад ученых в основной метод профилактики – диспансеризацию; заслуженные врачи – выпускники и сотрудники института; движение «Студенты – народному здравоохранению»; шефская работа).
4. По следам боевой, трудовой и революционной славы (сотрудники и выпускники института – участники первых пятилеток; сотрудники – участники Великой Отечественной войны; боевая слава института – сотрудники – организаторы военно-медицинского дела в стране; военный факультет; по следам боевой лавы института).
5. Партийная организация института (история создания; первые руководители; борьба с троцкизмом; ведущая организационная роль партийной организации в различные периоды жизни института).
6. Комсомольская организация института (история создания; первые руководители; роль комсомольской организации в жизни института; третий трудовой семестр).
7. Спорт.
8. Быт. Отдых.

В этом же году начала свою работу группа «Архив» по подготовке «Очерков по истории комсомольской организации 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова (1920-1980 гг.)» и созданию в новом учебно-научном комплексе в Тропарево музея истории комсомола 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова.

В 1978 г. для пополнения экспозиции «Музея истории и достижений 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова» ректор института обратился:

• к министру культуры РСФСР тов. Мелентьеву В.С. с просьбой разрешить принять на баланс института имеющиеся в запасниках художественного фонда картины и литографии, связанные с медициной, е е историей, особенно военного периода;
• к директору Республиканского центра художественных выставок и пропаганды изобразительного искусства тов. Н.Н. Голованову с просьбой отобрать для музея художественные произведения, в том числе произведения искусства (скульптуры, скульптурные портреты, графика и т.д.).

В 1980 г. 2-й МОЛГМИ начал переезжать в новое здание на ул. Островитянова, где для музея института отвели специальное просторное помещение при кафедре истории медицины и правоведения. Заведующей музеем в этот период была Т.В. Журавлева.

Организовали музей 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова в 1981 г.  Экспозицию музея решили посвятить различным периодам деятельности института в контексте истории развития страны и отечественной медицины с акцентом на военную тематику и партийно-комсомольскую жизнь института, что вполне соответствовало духу того времени. Сам музей приняли решение сделать базой кафедры истории медицины и использовать его в сопровождении учебного процесса. 

За это время неоднократно менялось название института. В 1985 г. музей института получил название «Музей истории 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова», в 1986 г. – «История и достижения 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова», а в 1989 – «Музей истории медицины».

К сожалению, без малого десять лет, то есть все 90-е годы, музейная коллекция никем не поддерживалась. Перестройка, сильно повлияв на идеологическую жизнь страны, сделала невозможным функционирование музея по-старому. Требовалась радикальная реконструкция, привлечение новых архивных материалов, разработка широкого спектра тем.

Ситуация стала меняться с 2001 г., когда руководство вуза решило возобновить работу музея. На должность заведующей музеем зачислили историка Е.С. Дорофееву. При помощи сотрудников кафедры истории медицины и правоведения, студентов университета были разобраны помещения музея. Оказалось, что многие экспонаты и исторические документы утрачены, а описи материалов отсутствуют.  Музей начал создаваться заново и, прежде всего, с разработки современной научной концепции, определившей реальное финансирование, источники пополнения фондов для проведения историко-научных исследований.

Ректоратом принял разработанный Е.С. Дорофеевой тематико-экспозиционный план музея нового типа – музея истории Университета. Экспозиции предлагалось расположить в хронологическом порядке по различным периодам деятельности института на фоне истории развития страны и отечественной медицины. Охватить при этом нужно было весь период ХIХ-ХХ вв., начиная с научной и общественной деятельности Н.И. Пирогова, создания МВЖК и работы его первого директора – В.И. Герье, последовательно довести исторический путь вуза до современного момента. Научно-исследовательская работа по историческим источникам была проведена заведующей музеем в 2002-2003 гг.

Одновременно с этим возникла идея развернуть экспозицию «Кабинет врача ХIХ – начала ХХ века», в которой можно было представить обстановку, быт, медицинские инструменты, книги, аптечную продукцию в виде исторически воссозданной среды. Информационный потенциал музейных предметов в этом случае неизмеримо возрастает и помогает лучше передать дух времени. Е.С. Дорофеевой удалось найти антиквара А. Третьякова, имевшего магазин-музей в г. Судогда Владимирской обл. Начался долгий и тщательный поиск и отбор музейных предметов, консультации, реставрация, непростой процесс выкупа антиквариата.

В 2005 г. начался капитальный ремонт помещения музея. Во время ремонта особые трудности возникли с размещением залов по длине помещений музея. Эту проблему решил профессор А.В. Баженов (Московский архитектурный институт), предложивший разделить  пространства помещения на самостоятельные объемы, а также использовать особую конструкцию потолка, обеспечившую рассеянный свет, необходимый для музейных экспозиций. Его эскиз стал основой рабочих чертежей. Работы велись под контролем инженера З.С. Анцишкиной и закончились в конце 2005 г.

Для размещения экспозиции «Кабинет врача ХIХ – начала ХХ века» сделали подиум, а для маскировки несущей колонны смонтировали конструкцию, имитирующую голландскую печь. Нужно отметить, что только печь и текстильная часть явились «новоделом» в экспозиции, основу же составили подлинные антикварные вещи (изобразительного, вещевого и документального фондов), что соответствовало требованиям музеологии. Каждый экспонат являлся оригинальным и неповторимым, каждый ждал своей очереди в подробнейшем изучении и научной атрибуции, для того, чтобы занять свое место в картине воссозданного прошлого, заговорить и перекинуть мостик от прошедшего времени к современности. Экспозицию «Кабинет врача» установили в мае 2006 г. (авторы – Е.С. Дорофеева, О.А. Трефилова и Т.Е. Назарова). Практически сразу же экспозиция стала доступна для экскурсионной работы со студентами.

В 2007 г. приняли «Положение о музее истории РГМУ и Отечественной медицины» и придали ему самостоятельный статус, создав отдельную структурную единицу – «Музей истории РГМУ и Отечественной медицины», в ведение которого перешел анализ исторических событий и роль медиков Университета в отечественном здравоохранении.

До 2009 года единственным сотрудником музея была его заведующая – Е.С. Дорофеева.