Отделения ЦКБ МП:

• консультативно-диагностический центр
• 1-е хирургическое отделение 20 хирургических коек, 10 сосудистых коек, 8 гинекологических коек, 7 урологических коек, 12 травматологических коек
• 2-е хирургическое отделение - 40 коек
• терапевтическое отделение (заболевания органов дыхания, кровообращения, пищеварения)
• 1-е неврологическое отделение
• 2-е неврологическое отделение (реабилитация после инсультов, лечение посттравматических энцефалопатий, дорсопатии)
• отделение паллиативной помощи – 50 коек
• анестезиолого-реанимационное отделение
• отделение эндоскопии
• отделение функциональной диагностики 

При больнице расположены два городских специализированных центра:

• Флебологический центр – крупнейший московский центр, занимающийся вопросами лечения патологии венозной системы нижних конечностей.
• Городской неврологический центр, включающий отделение восстановительного лечения (массаж, мануальная терапия, лечебная физкультура, иглорефлексотерапия, гирудотерапия, ведут прием гомеопат и фитотерапевт).

На территории больницы действует Патриаршее подворье. Оно состоит из двух храмов и часовни: 1) храм Святителя Алексия Митрополита Московского (1 корпус); 2) храм Тихвинской иконы Божьей Матери (2 корпус); 3) храм-часовня в честь Козельщанской иконы Божией Матери. Настоятель храмов – иерей Александр Доколин.

Больница является ведомственным учреждением Московской Патриархии и курируется отделом благотворительности и социальной службы Московской Патриархии.

Также при больнице имеется консультативно-диагностический центр. Здесь ведут консультативный прием сотрудники кафедр, хирурги, отоларингологи, аллергологи, кардиологи, гинекологи, эндокринологи, психиатры, дерматологи, онкологи, гастроэнтерологи, офтальмологи, стоматологи.