Кафедра факультетской терапии лечебного факультета ведет свою историю с 2003 года. В этом году был организован курс госпитальной терапии Московского факультета при кафедре госпитальной терапии № 2 лечебного факультета РГМУ. В 2005 году он был преобразован в кафедру госпитальной терапии Московского факультета. В 2012 году кафедра была переведена на лечебный факультет РНИМУ им. Н.И. Пирогова и ей было присвоено название кафедра факультетской терапии. С момента основания курса, а затем и кафедры ей руководит профессор, доктор медицинских наук Оксана Андреевна Кисляк.

В 2016 году в состав кафедры вошел курс "Внутренних болезней", ранее преподаваемый на кафедре внутренних болезней медико-биологического факультета (МБФ).

Основной клинической базой кафедры факультетской терапии Лечебного факультета является многопрофильная Городская клиническая больница № 29 им. Н.Э. Баумана Департамента здравоохранения г. Москвы. С 2016 года второй клинической базой кафедры является Клиника ФГБНУ «НИИ питания».