Кафедра госпитальной хирургии № 1 Российского национального исследовательского медицинского университета им. Н.Н. Пирогова основана в 1911–1912 году, как кафедра медицинского факультета Высших женских курсов на базе Бахрушинской больницы (ныне больница им. А.А. Остроумова), которую возглавил д.м.н. С.Ф. Чиж, а затем на кафедре трудились известные ученые – профессора В.М. Минц, Н.Н. Теребинский, В.С. Левит, И.Н. Рыбушкин.

С 1953 по 1985 год кафедрой заведовал доктор медицинских наук профессор Валентин Сергеевич Маят.

Он создал хирургическую школу, хорошо известную у нас в стране и за рубежом, подготовил 10 докторов и 48 кандидатов медицинских наук. Воспитанниками, которые многие годы работали на кафедре, стали академиками РАМН – профессора В.Д. Федоров (директор института им. А.В. Вишневского), Ю.М. Панцырев (почетный зав. кафедрой госпитальной хирургии № 2 РГМУ), Г.И. Воробьев (директор НИИ проктологии); профессора Ю.А. Нестеренко, А.А. Гринберг, Ю.И. Галлингер (руководитель отделения эндоскопической хирургии им. Б.В. Петровского), профессор А.В. Чжао (зам. главного врача института им. А.В. Вишневского), профессор С.Г. Шаповальянц (зав. кафедрой госпитальной хирургии № 2 РНИМУ им. Н.И. Пирогова). Многие профессора  руководили кафедрами, лабораториями, отделениями в научных и лечебных учреждениях страны.

С именем В.С. Маята связано становление хирургической клиники на базе многопрофильной городской клинической больницы № 15, где образовался коллектив единомышленников, где не было разделения между сотрудниками кафедры и хирургами больницы. Главным хирургом клиники был профессор А.Е. Богданов, в прошлом сотрудник кафедры. Долгое время возглавлял хирургию сотрудник кафедры профессор И.С. Абрамов.

С 1985 г. заведующим кафедрой избран профессор, заслуженный деятель науки РФ, лауреат Государственной премии СССР, академик МАИ Юрий Александрович Нестеренко. Диапазон его научных интересов был необычайно широк. Основными перспективными  научными направлениями явились фундаментальные исследования проблем язвенной болезни желудка и 12-перстной кишки; деструктивного  и хронического панкреатита, хирургического лечения хронической дуоденальной непроходимости; обтурационной желтухи, заболеваний большого дуоденального сосочка; гнойной хирургической инфекции. Ю.А. Нестеренко  разработана оригинальная методика пластики задней стенки пахового канала при грыжах (метод Нестеренко-Салова). Ю.А.Нестеренко - автор более 300 научных работ по различным разделам грудной, абдоминальной и ургентной хирургии, в том числе 5 монографий, 1 учебника.

Сотрудники кафедры и больницы много сделали для развития хирургии г. Москвы и России. В клинике был разработан диагностический и лечебный алгоритм лечения деструктивного панкреатита, оригинальные методики блокады белковосинтезирующей функции поджелудочной железы при деструктивном панкреатите (проф. В.В. Лаптев), внедрены в практику новые высокотехнологические методы ультразвуковой диагностики и лечения (проф. С.В. Михайлусов, к.м.н. Е.В. Моисеенкова), эндоскопические методы. В тесном сотрудничестве врачей больницы и сотрудников кафедры предложены оригинальные хирургические методы лечения гнойных осложнений панкреонекроза, лечения обширных флегмон волосистой части головы и гнойно-некротических заболеваний мягких тканей, лечения больных с синдромом диабетической стопы, лечения ран методом управляемого отрицательного давления, кожная пластика ран (к.м.н. С.В. Горюнов, С.Ю. Жидких и к.м.н. Д.В. Ромашов). Разработана методика поясничной видеосимпатэктомии, первыми в Москве внедрили в практику видеолапароскопическое ушивание перфоративных дуоденальных язв, видеолапароскопическую холецистэктомию и аппендэктомию (проф. С.Г. Шаповальянц).

В течение многих лет заместитель главного врача по хирургии профессор А.А. Гринберг являлся сотрудником кафедры. Под руководством профессоров выполнены 12 докторских и 52 кандидатских диссертаций, в том числе практическими  врачами и заведующими отделений (13 кандидатских диссертаций).

С 2000 года по настоящее время кафедрой руководит профессор, доктор медицинских наук Ступин Виктор Александрович. Кафедра и сотрудники больницы продолжают славные традиции госпитальной клиники.