Кафедра госпитальной хирургии начала функционировать в 1911-1912 учебном году, как кафедра медицинского факультета Московских высших женских курсов  в Бахрушинской больнице (ныне больница имени А.А. Остроумова), которую возглавил профессор Чиж Сергей Францевич.

В 1922 году кафедра госпитальной хирургии перешла в бывшую больницу для престарелых им. Медведковых (в последующем 5-я городская клиническая больница, а в настоящее время ЦКБ Московского Патриархата).

Среди руководителей кафедры в 20-х голах в истории хирургии остались ряд известных в стране имен. Научно-практическая деятельность сотрудников в тот период была посвящена важным вопросам общей хирургии, в частности хирургии желудка (профессор П.Д. Соловов), экспериментальному обоснованию операций на сердце (профессор Н.Н. Теребинский). 

С 1926 по 1953 годы кафедрой руководил  профессор Левит Владимир Семенович, заслуженный деятель науки, генерал-майор медицинской службы. За время руководства кафедрой им был существенно перестроен педагогический процесс. Обрели свою реальность принципы «госпитальности» в обучении студентов, сформированные еще 150 лет тому назад великим Н.И. Пироговым, и живущие в Российских медицинских университетах до настоящего времени. Коллектив кафедры во главе с ее шефом старались обеспечить преподавание хирургических болезней, приближенное к реальной жизни будущих врачей.  Стало неотъемлемым правилом – работа у постели больного, обучение первичным практическим навыкам, совершенствование знаний по лабораторной диагностике хирургических заболеваний.

Основным направлением научно-практической деятельности коллектива в этот период были такие разделы абдоминальной хирургии, как хирургия желудка, изучение последствий оперативных вмешательств, хирургическое лечение заболеваний кишечника и другие. Научные работы, выходящие в тот период из клиники, а также доклады на отечественных и международных съездах хирургов отличались глубиной клинической проработки и патофизиологической направленностью. Этому не в малой степени способствовало тесное сотрудничество с Всесоюзным институтом  экспериментальной медицины (ВИЭМ), руководимым известным физиологом, профессором Розенковым И.П.

В России первая резекция кардиального отдела желудка при раке была сделана профессором В.С. Левитом в 1928 году,  первая операция при грыже пищеводного отверстия диафрагмы – им же  в 1929 году.

Фундаментальное «Руководство по хирургии», соавтором которого был В.С. Левит, остается настольной книгой для практических хирургов и настоящее время.

Большой вклад профессор В.С.Левит и его старшие сотрудники внесли в военно-полевую хирургию. В изданном в послевоенные годы руководстве «Опыт советской медицины в ВОВ» сотрудниками кафедры – участниками  войны, написаны ряд важных разделов.

С 1953 года, на протяжении 30 лет, кафедру госпитальной хирургии возглавлял профессор Маят Валентин Сергеевич, Герой Социалистического Труда, заслуженный деятель науки, лауреат государственных премий.

Этот период для кафедры  характеризуется дальнейшим совершенствованием педагогического процесса, научной и лечебной  работы его состава. В 50-70-е годы основным направлением  научно-практической деятельности сотрудников становятся: 1) изучение постгастрорезекционной патологии, внедрение и обоснование органосохраняющих операций на желудке в сочетании с ваготомией при дуоденальной язве,  2) хирургия порока сердца, 3) разработка методов диагностики и  лечения перитонита. Этот этап в жизни кафедры госпитальной хирургии явился весьма плодотворным. Этому способствовали новые материально-технические возможности, авторитет руководителя кафедры, высокий профессионализм и преданность своему делу его старших помощников, энтузиазм молодых сотрудников (профессора И.Н. Рыбушкина, доцента З.И. Бесфамильной, доцента Э.Ф. Саксен, ассистентов Ю.М. Панцырева, Ю.А. Нестеренко, В.Д. Федорова). Важным событием в оптимизации научной, лечебной и педагогической работы была организация при кафедре проблемной научно-исследовательской лаборатории гастроэнтерологии (1967 год). Неоспоримая заслуга в этом принадлежит профессору В.С. Маяту.                

Перестройка процесса преподавания в институте, проходившая в 70-е годы, потребовала организации новых кафедр. В 1974 году от традиционной кафедры госпитальной хирургии была отделена кафедра госпитальной хирургии №2, которая расположилась и до настоящего времени работает на базе городской клинической больницы №31. Несомненно, что педагогическая, научная и лечебная работа новой кафедры проводилась с учетом традиций клиники госпитальной хирургии, руководимой профессорами В.С. Левитом, В.С. Маятом.

Заведующим вновь созданной кафедры был избран Панцырев Юрий Михайлович – воспитанник кафедры  госпитальной хирургии. на которой работал со студенческой скамьи, после окончания с отличием 2-го Московского медицинского института, пройдя путь от ординатора до профессора (1966). Педагогическая, научная и практическая деятельность Юрия Михайловича, начавшаяся на кафедре госпитальной хирургии, характеризовалась профессионализмом, методической направленностью, требовательностью к себе и сотрудникам новой кафедры, им заложены основы хорошо организованного научного процесса. Будучи талантливым ученым, профессор Ю.М. Панцырев внес большой вклад в проблемы диагностики  и хирургического лечения постгастрорезекционных  синдромов, дуоденальных и желудочных язв, применив одним из первых в стране органосохраняющие операции на желудке при осложненной язвенной болезни. Клиника, руководимая Юрием Михайловичем, стала лидером в хирургической гастроэнтерологии. Большие достижения руководителя кафедры отмечены Государственной премией, премией мэра г. Москвы,  орденами нашей страны. Кафедра госпитальной хирургии №2 была признана руководством вуза одной из  ведущих  в институте.

В 2000 году на должность заведующего кафедрой по конкурсу избран профессор Шаповальянц Сергей Георгиевич. Ю.М. Панцырев становится почетным заведующим кафедрой и заведующим НИЛ хирургической гастроэнтерологии и эндоскопии, научным руководителем, которой он был со дня ее основания в 1967 году. Сотрудники кафедры за время ее 30-ти летнего существования работают совместно с лабораторий хирургической гастроэнтерологии и эндоскопии.

Следует отметить, что работающие в настоящее время сотрудники клиники, обучающиеся ранее и перешедшие на другую работу, помнят о том, что в этих стенах они прошли порой нелегкую школу науки, но их научная продукция является настоящей, весомой, необходимой им не только для получения ученой степени или диплома, но и имела значение для решения более глобальных научно-практических проблем.