История создания кафедры онкологии началась с решения МЗ СССР 1973 г. о создании курсов онкологии при хирургических кафедрах высших медицинских учебных заведений. Возникновение кафедры онкологии 2-го МОЛГМИ было вызвано суровой реальностью роста заболеваемости злокачественными опухолями, поздней их диагностикой и, как следствие, малоутешительными результатами лечения.

Самостоятельный курс онкологии 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова был организован в 1974 г. на базе МНИОИ им. П.А.Герцена, его возглавил видный ученый, опытнейший врач и замечательный преподаватель, директор МНИОИ им. П.А. Герцена профессор С.И. Сергеев. На базе этого курса в 1977 г. новым заведующим и директором МНИОИ им. П.А. Герцена член-корреспондентом АМН, профессором Борисом Евгеньевичем ПЕТЕРСОНОМ была сформирована кафедра онкологии 2-го МОЛГМИ. Кафедрой под его руководством в 1979 г. написан и издан первый в СССР учебник для студентов медицинских институтов по онкологии. В работе над текстом учебника принимали участие сотрудники кафедры онкологии 2-го МОЛГМИ И.Н. Павлов, И.В. Кузьмин и З.П. Сливинская, А.И. Беневский. Данный учебник на протяжении более 15 лет являлся основным учебным пособием по онкологии для студентов и ординаторов, собрал множество положительных рецензий и откликов онкологов.

В 1982-1995 гг. кафедрой заведовал директор МНИОИ им. П.А. Герцена академик АМН Валерий Иванович ЧИССОВ. Он воспитал большое количество превосходных учеников, под его руководством сотрудниками кафедры изданы многие научные труды, способствующие продвижению и внедрению новых методов диагностики и лечения онкологических больных.

С 1995 г. по 2003 г. кафедрой онкологии РГМУ заведовал профессор Александр Иванович БЕНЕВСКИЙ, ученик академиков Н.Н. Блохина и Б.Е. Петерсона.

С декабря 2003 г. по сентябрь 2018 г. кафедру возглавлял доктор медицинских наук, профессор Сергей Борисович ПЕТЕРСОН. 

В настоящее время заведующим кафедрой является директор ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, академик РАН, профессор Иван Сократович СТИЛИДИ – признанный лидер в онкохирургии в России и за рубежом, опытный клиницист-онколог, универсальный хирург, в совершенстве владеющий всеми типами и объемами операций, в том числе сложными реконструктивными вмешательствами у детей и взрослых больных новообразованиями торако-абдоминальной локализации. Под его чутким научным руководством защищены 14 диссертаций на соискание ученой степени кандидата медицинских наук и 2 докторских диссертации. Является автором 422 научных трудов, двух монографий («Рак легкого», «Рак пищевода»), автором глав в книге «Инфекции в онкологии» и «Энциклопедия клинической онкологии», автором учебных фильмов. Имеет патент на изобретение.