Рождение кафедры патофизиологии связано с организацией Московских высших женских курсов (МВЖК). Родоначальником кафедры был Александр Богданович Фохт. Он начал преподавание курса общей патологии на МВЖК в 1909 г. А.Б.Фохт был блистательным экспериментатором, разрабатывал принципиально новые подходы и методы в исследовании патологических процессов. Предложенные им методы бескровного воспроизведения инфаркта миокарда, пороков сердца, недостаточности перикарда могут быть использованы в экспериментальных лабораториях и сегодня.

В 1925 г. на кафедру общей патологии 2 МГУ пришел профессор Александр Александрович Богомолец. Это был относительно молодой ученый, защитивший докторскую диссертацию в 28 лет. Именно А.А.Богомолец принял активное участие в переименовании кафедры общей патологии в кафедру патологической физиологии, выделив, таким образом, ее в самостоятельную медицинскую дисциплину. Произошло это в 1925 г. на II съезде патологов.

Интенсивную преподавательскую работу А.А.Богомолец сочетал с многосторонними научными исследованиями. Научная работа, как в лабораториях, так и на кафедре "била ключом". А.А. Богомолец создал отделы экспериментальной патологии при медико-биологическом институте Главнауки, при институте по изучению высшей нервной деятельности, а затем при институте переливания крови. Сотрудниками А.А. Богомольца разрабатывались вопросы иммунитета, эндокринологии, обмена веществ, онкологии, кровообращения. Была начата работа над многотомным руководством по патологической физиологии. Два первых тома вышли в 1924 и 1929 гг., а в 1941 г. за создание оригинального 4-томного руководства по патофизиологии академик А.А.Богомолец был удостоен Государственной премии.

В 1933-1950 гг. кафедру возглавлял профессор Гавриил Петрович Сахаров. Ученики Г.П.Сахарова вспоминают, что он был одним из самых любимых профессоров студенческой молодежи, а патофизиология — наиболее интересным предметом в учебной программе. Г.П.Сахаров был выдающийся теоретик с широким кругом научных интересов: иммунология, эндокринология, геронтология, наследственность и конституция.

В 1952 г. заведующим кафедрой был избран академик АМН СССР, заслуженный деятель науки РСФСР и ТАССР, лауреат Государственной премии СССР Андрей Дмитриевич Адо, руководивший кафедрой в течение 35 лет. Это был наиболее яркий период в истории кафедры. Под руководством А.Д.Адо были защищены 100 кандидатских и около 30 докторских диссертаций, изданы 4 учебника, вышли 3 выпуска патофизиологического практикума, многочисленные сборники научных трудов кафедры с участием видных отечественных и зарубежных ученых и др. Итогом научных исследований А.Д.Адо и руководимых им коллективов явились монографии "Частная аллергология" и "Общая аллергология", последняя из которых была отмечена Государственной премией (1984 г.).

На основе курса лекций при участии наиболее опытных преподавателей был написан учебник "Патологическая физиология". При создании учебных руководств и в научных исследованиях А.Д.Адо уделяет внимание не только общим вопросам патофизиологии, но так же философским и мето¬дологическим аспектам.

Характерная черта этого ученого — интерес к клиническим аспектам развиваемых теоретических направлений. Андрей Дмитриевич Адо - руководитель и создатель самой большой в нашей стране школы патофизиологов и аллергологов. В числе его учеников — клиницисты и исследователи самых разных специальностей.

 В 1986 г. кафедру патофизиологии возглавил ученик А.Д.Адо — член-корр. РАМН, профессор Геннадий Васильевич Порядин. Под его руководством был обновлен практикум по патофизиологии, подготовлены и изданы методические разработки для студентов по наиболее сложным разделам, переработан лекционный курс. В этой большой работе принимали участие все сотрудники кафедры. В учебный процесс внедрены тестовый контроль, решение ситуационных задач и другие современные методологические подходы к учебному процессу.

Наряду с решением проблем совершенствования процесса преподавания, сотрудники кафедры продолжали (и продолжают сегодня) интенсивные многоплановые научные исследования проблем аллергии и иммунопатологии. Механизмы формирования анафилактических реакций гладких мышц, анализ функциональной активности иммуно-регуляторных лимфоцитов при немедленной аллергии, изучение рецепторных механизмов в формировании повышенной чувствительности, разработка подходов к терапии аллергических состояний и многие другие вопросы являются предметом специальных исследований, которые проводят сотрудники кафедры. В последние годы большое внимание уделяется исследованиям патогенетических основ не только аллергических болезней, но и других иммунопатологических состояний (ревматоидный артрит, рассеянный склероз, постинфекционные миокардиты и др.). Значительное внимание уделяется изучению формирования нарушений в иммунной системе при бронхиальной астме у детей.

В 2017 г. Геннадий Васильевич передал кафедру Салмаси Жеану Мустафаевичу, перейдя на должность почетного профессора.