Школа по биоинформатике (анализ данных ChIP-seq)

Время проведения: с 23 по 24 апреля 2021 года

Место проведения: дистанционно

Кафедра биоинформатики медико-биологического факультета РНИМУ им. Н.И. Пирогова, обучающая магистров по специальности Биология, профиль «Медицинская биоинформатика» в рамках проекта по созданию «Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины» приглашает на бесплатную дистанционную двухдневную школу по биоинформатике (анализ данных ChIP-seq), которая состоится с 23 по 24 апреля 2021 года.

Школа представляет собой курс для специалистов, имеющих базовый уровень образования в области молекулярной биологии и интересующихся современными методами биоинформатики в этой области знания. Курс посвящен получению навыков анализа данных ChIP-seq для определения участков связывания белков с геномной ДНК и знакомству с технологией ChIP-seq, которая основана на комбинации иммунопреципитации хроматина и секвенировании. Такие исследования проводят для определения того, как факторы транскрипции и модифицированные гистоны взаимодействуют с ДНК in vivo и дополняют исследования, нацеленные на изучение дифференциальной экспрессии генов с использованием RNA-seq или микрочипов.

В процессе занятий участники получат представление о технологии ChIP-seq и научатся применять статистический язык программирования R для анализа и визуализации данных ChIP-seq.

Опыта программирования не требуется.

Курс состоит из нескольких разделов и включает:

  • Основы работы с языком статистического программирования R в среде программирования R-studio.
  • Знакомство с библиотеками R-bioconductor, предназначенными для работы с ChIP-seq данными.
  • Создание workflow для оценки связывания белков с геномной ДНК на конкретных примерах.