Реализуемые дисциплины

  • "Микробиология, вирусология" — бакалавриат "Биология", специалитет "Лечебное дело", специалитет "Педиатрия", специалитет "Медицинская биофизика", специалитет "Медицинская биохимия", специалитет "Медицинская кибернетика", магистреская программа "Биология".
  • "Микробиология, вирусология — микробиология полости рта" —  специалитет "Стоматология"
  • "Микробиология" —  специалитет "Фармация"
  • "Клиническая микробиология и вирусология в перинатологии, неонатологии и педиатрии" —  специалитет "Педиатрия"

На кафедре обеспечены все условия для проведения научно-исследовательской работы и обучению аспирантов по направлению "Биологические науки".

Материально-техническое обеспечение

  • бактериологические лаборатории;
  • лаборатория для работы с анаэробами;
  • молекулярно-генетическая лаборатория;
  • гнотобиологическая лаборатория.

Научно-исследовательская работа

  • Описание новых видов облигатно анаэробных микроорганизмов нормальной микробиоты кишечника человека.
  • Исследования количественного и качественного состава нормальной микробиоты человека с использованием технологий MALDI-TOF MS и секвенирования фрагментов гена 16S рРНК.
  • Исследования внутривидовой изменчивости бактерий с использованием молекулярно-генетических и сравнительно-геномных подходов.
+
-
Публикации кафедры

2019

  • Sigalova O.M., Chaplin A.V., Bochkareva O.O., Shelyakin P.V., Filaretov V.A., Akkuratov E.E., Burskaia V., Gelfand M.S. Chlamydia pan-genomic analysis reveals balance between host adaptation and selective pressure to genome reduction. BMC Genomics. 09.2019; (20):710.
  • Ефимов Б.А., Чаплин А.В., Соколова С.Р., Черная З.А., Пикина А.П., Савилова А.М., Кафарская Л.И. Опыт применения культурального, масс-спектрометрического и молекулярного методов в исследовании кишечной микробиоты у детей. Вестник Российского государственного медицинского университета (Вестник РГМУ). 09.2019; (4):57-68.
  • Пименова А.С., Борисова О.Ю., Петрова М.С., Гадуа Н.Т., Борисова О.Ю., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С. Сравнительные испытания по оценке эффективности ПЦР-диагностики коклюша при использовании на преаналитическом этапе исследования традиционных вискозных тампонов и универсальных велюр-тампонов. Клиническая лабораторная диагностика. 09.2019; 64(8):493-496.
  • Гадуа Н.Т., Борисова А.Б., Пименова А.С., Борисова О.Ю., Петрова М.С., Шамшева О.В., Афанасьев С.С., Кафарская Л.И., Власов Е.В., Афанасьев М.С., Алешкин А.В., Бунин С.В., Алешкин В.А. Выявление Bordetella holmesii среди больных, госпитализированных в стационар с подозрением на коклюш и коклюшеподобные заболевания. Журнал инфектологии. 06.2019; 11(2):45-52.

2018

  • Fitzgerald C.B., Shkoporov A.N., Sutton T.D.S., Chaplin A.V., Velayudhan V., Ross R.P., Hill C. Comparative analysis of Faecalibacterium prausnitzii genomes shows a high level of genome plasticity and warrants separation into new species-level taxa. BMC Genomics. 12.2018; 19(1):931.
  • Борисова О.Ю., Гуров А.В., Гадуа Н.Т., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Борисова А.Б. Микробиоценоз небных миндалин у практически здоровых лиц. Вестник оториноларингологии. 11.2018; 83(5):31-35.
  • Пименова А.С., Борисова О.Ю., Петрова М.С., Власов Е.В., Воронина И.С., Борисова А.Б., Афанасьев С.С., Донских Е.Е., Кафарская Л.И., Алешкин В.А., Алешкин А.В., Афанасьев М.С., Караулов А.В. Оптимизация метода ускоренной генодиагностики коклюша на основе изотермической амплификации (LAMP). Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 11.2018; (5):37-46.
  • Efimov B.A., Chaplin A.V., Shcherbakova V.A., Suzina N.E., Podoprigora I.V., Shkoporov A.N. Prevotella rara sp. nov., isolated from human faeces. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 10.2018; 68(12):3818-3825.
  • Полякова С.И., Коровина Н.Ю., Чаплин А.В., Ефимов Б.А., Мамедова К.А., Шумилов П.В., Савилова А.М., Ребриков Д.В. Пищевая непереносимость и кишечная микробиота у детей аутистического спектра. Педиатрия. Журнал им. Г.Н. Сперанского. 03.2018; 97(2):187-193.
  • ChaplinAV, Polyakova S.I., Kochetkova T.O., Sokolova S.R., Goltsov A.Y., Trofimov D.Y., Efimov B.A. Noncontiguous finished genome sequence of Megasphaera sp. ASD88, isolated from faeces of a child with autism spectrum disorder. New Microbes and New Infections. 01.2018; 22:13-16.

2017

  • Мелкумян А.Р., Припутневич Т.В., Кочетов А.Г., Любасовская Л.А., Анкирская А.С., Дубоделов Д.В., Родченко Ю.В., Муравьева В.В., Тартаковский И.С., Цибин А.Н., Кафарская Л.И., Ефимов Б.А., Зубков В.В., Рюмина И.И., Шмаков Р.Г., Павлович С.В., Кан Н.Е., Тютюнник В.Л., Сухих Г.Т. Микробиологическая диагностика инфекций, вызванных стрептококком группы В, у беременных и новорожденных. Лабораторная служба. 12.2017; 6(2):54-75.
  • Новосельцев М.В., Хамаганова И.В., Хромова С.С. Хроническая экзема у пациентки с сахарным диабетом 2-го типа, ассоциированная с инфекцией, обусловленной Klebsiella SPP. Клиническая дерматология и венерология. 11.2017; (5):12-15.
  • Алешкин А.В., Борисова О.Ю., Гадуа Н.Т., Бочкарева С.С., Чернова В.А., Требунских И.П., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Алешкин В.А., Афанасьев М.С., Борисова А.Б., Караулов А.В. Микробиоценоз кожи у больных бромгидрозом. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 10.2017; (5):53-58.
  • Борисова О.Ю., Пименова А.С., Чаплин А.В., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Алешкин В.А., Алешкин А.В., Афанасьев М.С., Караулов А.В. Ускоренный способ генодиагностики дифтерии на основе изотермальной амплификации для выявления ДНК возбудителя. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 10.2017; (5):24-32.
  • Пименова А.С., Борисова О.Ю., Цвиркун О.В., Басов А.А., Алешкин В.А., Афанасьев С.С., Донских Е.Е., Пикина А.П., Кафарская Л.И., Афанасьев М.С., Караулов А.В. Эффективность применения молекулярно-генетической диагностики при обследовании очагов коклюшной инфекции. Инфекция и иммунитет. 05.2017; 7(2):162-170.
  • Чаплин А.В., Ребриков Д.В., Болдырева М.Н. Микробиом человека. Вестник Российского государственного медицинского университета (Вестник РГМУ). 04.2017; (2):5-13.
  • Чагина И.А., Переварова Ю.С., Переваров В.В., Чаплин А.В., Борисова О.Ю., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Алешкин В.А. Полиморфизм гена dtxR у современных штаммов Сorynebacterium diphtheriae. Вестник Российского государственного медицинского университета (Вестник РГМУ). 03.2017; (1):34-41.

2016

  • Shkoporov A.N., Efimov B.A., Kondova I., Ouwerling B., Chaplin A.V., Shcherbakova V.A., Langermans J.A. Peptococcus simiae sp. nov., isolated from rhesus macaque faeces and emended description of the genus Peptococcus. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 12.2016; 66(12):5187-5191.
  • Борисова О.Ю., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Петрова М.С., Попова О.П., Алешкин В.А., Кафарская Л.И., Донских Е.Е., Юсуф Е.В., Остапенко Н.А., Москвина Т.И., Щербакова Т.А. Структура популяции штаммов возбудителя коклюша на территории россии. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 12.2016; (4(89)):22-28.
  • Кафарская Л.И., Шкопоров А.Н., Чаплин А.В., Пикина А.П., Ефимов Б.А. Практика педиатра: роль пробиотиков в нормализации баланса микробиоты кишечника у детей. Вопросы детской диетологии. 11.2016; 14(3):22-28.
  • Пикина А.П., Шкопоров А.Н., Кулагина Е.В., Хохлова Е.В., Чаплин А.В., Володин Н.Н., Кафарская Л.И., Короткий Н.Г., Ефимов Б.А. Сравнительное генетическое типирование изолятов Staphylococcus aureus, выделенных с поверхности кожи, из носовой полости и кишечника у детей, страдающих атопическим дерматитом. Вестник Российской академии медицинских наук. 11.2016; 71(5):367-374.
  • Чагина И.А., Борисова О.Ю., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Алешкин В.А., Несвижский Ю.В., Афанасьев М.С., Алешкин А.В., Юсуф Е.В., Москвина Т.И., Пономарева Л.И., Караулов А.В. Состав популяции штаммов возбудителя дифтерии, циркулирующих в России. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 10.2016; (5):50-60.
  • Хромова С.С., Ахмедов Х.Б. Интерфероновый статус у пациентов со смешанными хламидийно-микоплазменными инфекциями. Вестник науки и образования. 09.2016; (3 (15)):50-52.
  • Хромова С.С., Ахмедов Х.Б. Интерфероновый статус у пациентов со смешанными инфекциями, передаваемыми половым путем. International Scientific Review. 09.2016; (3 (13)):217-219.
  • Хромова С.С., Ахмедов Х.Б. Цитокиновый статус у пациентов со смешанными инфекциями, передаваемыми половым путем. European Science. 09.2016; (3 (13)):87-88.
  • Shkoporov A.N., Chaplin A.V., Shcherbakova V.A., Suzina N.E., Kafarskaia L.I., Bozhenko V.K., Efimov B.A. Ruthenibacterium lactatiformans gen. nov., sp. nov., an anaerobic, lactate-producing member of the family Ruminococcaceae isolated from human faeces. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 08.2016; 66(8):3041-3049.
  • Борисова О.Ю., Чагина И.А., Чаплин А.В., Кафарская Л.И., Алешкин В.А. Антибиотикочувствительность штаммов Corynebacterium diphtheriae, выделенных в России. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 06.2016; 18(2):18.

2015

  • Борисова О.Ю., Алешкин В.А., Пименова А.С., Крюков А.И., Кунельская Н.Л., Гуров А.В., Шадрин Г.Б., Товмасян А.С., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И. Микробный состав микрофлоры ротоглотки у больных с тонзиллярной патологией. Инфекция и иммунитет. 12.2015; 5(3):225-232.
  • Гадуа Н.Т., Борисова О.Ю., Пименова А.С., Алешкин В.А., Донских Е.Е., Кафарская Л.И. Генотипическая вариабельность структуры гена, кодирующего пертактин, штаммов bordetella pertussis, выделенных в России. Медицинский альманах. 12.2015; 40(5):126-129.
  • Подопригора Г.И., Кафарская Л.И., Байнов Н.А., Шкопоров А.Н. Бактериальная транслокация из кишечника: микробиологические, иммунологические и патофизиологические аспекты. Вестник Российской академии медицинских наук. 12.2015; 70(6):640-650.
  • Прокопенко П.Г., Шкопоров А.Н., Петренко О.Ю., Ефимов Б.А., Негребецкий В.В., Терентьев А.А. Рекомбинантный N-домен беременность-специфического гликопротеина из клеток E. coli: изучение спектра поликлональных антител. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 12.2015; 160(7):88-92.
  • Chaplin A.V., Efimov B.A., Smeianov V.V., Kafarskaia L.I., Pikina A.P., Shkoporov A.N. Intraspecies genomic diversity and long-term persistence of Bifidobacterium longum. PLoS ONE. 11.2015; 10(8):1-33.
  • Chaplin A.V., Shkoporov A.N., Efimov B.A., Pikina A.P., Borisova O.Y., Gladko I.A., Postnikova E.A., Lordkipanidze A.E., Kafarskaia L.I. Draft genome sequence of Lactobacillus fermentum NB-22. Genome Announcements. 11.2015; (4):1-2.
  • Shkoporov A.N., Chaplin A.V., Khokhlova E.V., Shcherbakova V.A., Motuzova O.V., Bozhenko V.K., Kafarskaia L.I., Efimov B.A. Alistipes inops sp. nov. and Coprobacter secundus sp. nov., isolated from human faeces. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 11.2015; 65(12):4580-4588.
  • Борисова О.Ю., Чагина И.А., Чаплин А.В., Комбарова С.Ю., Кафарская Л.И., Алешкин В.А. Особенности структуры гена tox, кодирующего дифтерийный токсин штаммов Corynebacterium diphtheria, выделенных в России в 2010-2015 гг. Инфекционные болезни. 11.2015; 13(3):12-17.
  • Егшатян Л.В., Ткачева О.Н., Кафарская Л.И., Шкопоров А.Н., Тяхт А.В. Изменения кишечной микрофлоры, ассоциированные с возрастом и образом жизни. Ожирение и метаболизм. 11.2015; 12(2):3-9.
  • Чаплин А.В., Бржозовский А.Г., Парфёнова.Т.В., Кафарская Л.И., Володин Н.Н., Шкопоров А.Н., Ильина Е.Н., Ефимов Б.А. Изучение видового разнообразия бактерий рода Bifidobacterium кишечной микрофлоры с использованием метода MALDI-TOF масс-спектрометрии. Вестник Российской академии медицинских наук. 11.2015; 70(4):435-440.
  • Averina O., Alekseeva M., Shkoporov A., Danilenko V. Functional analysis of the type II toxin-antitoxin systems of the MazEF and RelBE families in Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697. Anaerobe. 06.2015; 35(В):59-67.
  • Shkoporov A.N., Khokhlova E.V., Savochkin K.A., Kafarskaia L.I., Efimov B.A. Production of biologically active scFv and VHH antibody fragments in Bifidobacterium longum. FEMS Microbiology Letters. 06.2015; 362(12):-.
  • Борисова О.Ю., Алешкин А.В., Гадуа Н.Т., Бочкарева С.С., Ефимов Б.А., Чернова В.А., Алешкин В.А., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Воропаева Е.А., Рубальский Е.О., Афанасьев М.С., Караулов А.В. Количественный и качественный состав микробиоты подмышечных впадин у практически здоровых лиц. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 06.2015; (2):17-24.
  • Nikitina A.S., Kharlampieva D.D., Babenko V.V., Shirokov D.A., Vakhitova M.T., Manolov A.I., Shkoporov A.N., Taraskina A.E., Manuvera V.A., Lazarev V.N., Kostryukova E.S. Complete Genome Sequence of an Enterotoxigenic Bacteroides fragilis Clinical Isolate. Genome Announcements. 05.2015; 3(3):e00450-15.

2014

  • Борисова О.Ю., Алешкин А.В., Гадуа Н.Т., Бочкарева С.С., Ефимов Б.А., Чернова В.А., Алешкин В.А., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Киселева И.А. Микробиота кожи подмышечных впадин у лиц с микроэкологическими изменениями. Лечение и профилактика. 12.2014; (4(12)):33-38.
  • Сидоренков А.В., Говоров А.В., Пушкарь Д.Ю., Павлов К.А., Шкопоров А.Н., Хохлова Е.В., Корчагина А.А., Григорьев М.Э., Чехонин В.П. Российская тест-система РСА3: первые результаты. Экспериментальная и клиническая урология. 12.2014; (2):36-43.
+
-
Патенты на изобретения

Патент 2623149 Российская Федерация, МПК G01N 33/50 (2006.01). Способ и набор для диагностики дифтерии с верификацией токсигенных штаммов возбудителя / Борисова О.Ю., Пименова А.С., Чаплин А.В., Алешкин В.А., Афанасьев С.С., Кафарская Л.И., Афанасьев М.С. заявитель и патентообладатель: ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н.Габричевского Роспотребнадзора (RU).  – № 2016146369/15 (002196); заявл. 25.11.2016 г.; опубл. 22.06.2017, Бюл. № 18. – 11с.:  http://www.findpatent.ru/patent/262/2623149.html