Кафедра микробиологии РНИМУ начала свою деятельность с ноября 1908 г. как кафедра бактериологии Московских высших женских курсов. Основатель и первая заведующая – профессор Прасковья Васильевна Циклинская. Она была первой русской женщиной, получившей звание профессора и работавшей в области бактериологии.

На кафедре МВЖК П.В. Циклинская вела теоретический и практический курсы по разделам морфологии, физиологии микроорганизмов и частной микробиологии. Учение об инфекции и иммунитете было выделено в особый курс, который читал профессор Л.А.Тарасевич. Профессор П.В.Циклинская сама принимала экзамены и руководила студенческим научным кружком, эта работа не замирала даже в тяжелые годы гражданской войны. Одновременно Прасковья Васильевна развернула многостороннюю научную деятельность, к которой привлекла и преподавателей кафедры. Она являлась автором многих трудов по вопросам общей и медицинской микробиологии. Исследования велись в сфере изучения нормальной микрофлоры кишечника, ее изменений по возрастам, в зависимости от питания и других условий. Труды П.В. Циклинской по этим направлениям в то время были непревзойденными. В 1917 г. ей была присуждена степень доктора медицинских наук Honoris Causa.

Большую роль в развитии кафедры микробиологии сыграл профессор Лев Александрович Тарасевич. Крупный организатор здравоохранения и общественный деятель, Л.А.Тарасевич в 1918 г. создал контрольную станцию, ставшую затем Институтом контроля сывороток и вакцин, где он был директором до самой смерти. Имя Л.А.Тарасевича пользовалось известностью за пределами России: он был тесно связан с Институтом Пастера в Париже, высоко ценили его в ученых кругах Германии. Медицинский факультет Гамбургского университета удостоил Л.А.Тарасевича высшей награды – Почетной Золотой медали. Общее число его работ – свыше 70. Усилиями профессоров П.В.Циклинской и Л.А.Тарасевича, коллектива педагогов и руководства МВЖК была организована кафедра микробиологии, хорошо поставлен и налажен педагогический процесс.

После смерти П.В. Циклинской раздел инфекции и иммунитета был слит с курсом общей и частной микробиологии. Профессором кафедры был избран Илья Львович Кричевский.

В 1924 г. произошло слияние ММИ и 2-го МГУ, при этом были объединены кафедры бактериологии, которые заняли первый этаж так называемого Тихомировского корпуса по М. Пироговской улице. К 1938 г. штат кафедры несколько увеличился и состоял из профессора, доцента, 4 ассистентов, 6 аспирантов, 2 лаборантов, препаратора и служителя. За время существования 2-го МГУ кафедра осуществляла учебный процесс на медицинском и на химико-фармацевтическом факультетах. Методы преподавания менялись, пока не были сведены к тому стилю, которого кафедра придерживается и в настоящее время. Профессор И.Л. Кричевский составил руководство по микробиологии, в течение ряда лет ставшее общепринятым во всех медицинских ВУЗах нашей страны, а программа курса микробиологии, разработанная коллективом кафедры, была принята Комитетом высшего образования в качестве типовой для всех вузов СССР.

Особенно плодотворным является период сосуществования кафедры с Микробиологическим институтом Наркомпроса, который, базируясь в помещениях 2-го МГУ, был в то время главным источником материальных средств для проведения научной работы. Коллектив разрабатывал следующие проблемы: патогенез инфекционных заболеваний; проблема иммунитета с физико-химической точки зрения; применение методов иммунитета для разрешения общебиологических проблем; химиотерапия и химиопрофилактика инфекционных заболеваний. Большинство ранних работ сотрудников профессора И.Л. Кричевского было посвящено изучению так называемого антигена Форсмана. Сам профессор, а также К.А.Фриде, Ф.Т. Гринбаум и другие были первыми исследователями, показавшими, что общие разным животным биохимические комплексы не исчерпываются этим антигеном. Перу И.Л. Кричевского и его сотрудников принадлежит большое количество работ, посвященных выяснению роли клеток РЭС в иммунитете при различных инфекциях при одновременном участии химиотерапевтических препаратов или серотерапии.

20 лет работала на кафедре и сыграла большую роль в ее педагогической деятельности профессор Мария Николаевна Лебедева – ученица П.В. Циклинской. Она являлась крупным педагогом-микробиологом, автором программ по микробиологии для медицинских ВУЗов, «Руководства к практическим занятиям по микробиологии» (5 изданий, переведен на иностранные языки). М.Н.Лебедева – автор учебника «Медицинская микробиология» (1960, 1969). Одновременно она изучала механизм действия химиотерапевтических препаратов, в первую очередь, сульфаниламидных, роль микроорганизма в процессе химиотерапии, закономерности лекарственной устойчивости микроорганизмов. Эти исследования стали первой в СССР докторской диссертацией в данной области.

В 1938 г. заведующим кафедрой был избран один из основоположников микробиологической науки профессор Николай Федорович Гамалея. За 65 лет деятельности Н.Ф. Гамалея опубликовал более 380 трудов по микробиологии, иммунологии, эпидемиологии и вирусологии. В 1948 г. Н.Ф. Гамалея прочитал первую Актовую речь во 2-м МГМИ «О микобактерии туберкулеза», положив таким образом начало университской традиции проведени яактовых дней.

После его смерти постановлением правительства СССР кафедре микробиологии 2-го МГМИ присвоено имя Николая Федоровича Гамалея (1949) и перед зданием биологического корпуса на Погодинской улице в Москве ему установлен памятник.

В 1945 г. должность профессора кафедры микробиологии 2-го МГМИ занял доктор медицинских наук профессор Григорий Яковлевич Синай. В довоенные годы он заведовал кафедрой микробиологии 3-го Московского медицинского института. В сложное послевоенное время он много сил отдавал организации учебного процесса, налаживанию научной работы, большое внимание уделял пришедшим на кафедру аспирантам. Под редакцией и в соавторстве с Г.Я.Синая вышло фундаментальное руководство «Микробиологические методы исследования при инфекционных заболеваниях» (1940, 1949).

В 1949 г. заведующим кафедрой был утвержден академик АМН СССР, профессор Владимир Дмитриевич Тимаков.

Он впервые ввел в курс микробиологии изучение основ молекулярной генетики микроорганизмов. Было организовано преподавание фундаментальных основ общей и молекулярной иммунологии, усовершенствовано преподавание курсов общей и частной микробиологии. Его учебник «Микробиология» дважды переиздан (1973, 1983). Среди его учеников – известные ученые-микробиологи С.В. Прозоровский, В.С. Левашев, В.М. Коршунов, Б.В. Пинегин и другие. Активно работал в этот период студенческий научный кружок. Ряд кружковцев защитили диссертации и остались работать на кафедре: Горячкина, Латышева, Калашникова, Савенкова, Щеголев, Андросов, Радакова, Клушина и многие другие. Немало учеников В.Д. Тимакова заняли высокие должности в различных научно-исследовательских учреждениях страны: член-корреспондент АМН СССР Д.Р. Каулен, профессора Б.Н. Ильяшенко, В.А. Зуев, С.М. Клименко, В.М. Бондаренко, Г.Б. Смирнов, В.П. Ненашев и другие. За три года на кафедре 30 человек окончили субординатуру, 15 из них – аспирантуру и защитили диссертации. На кафедре также была организована ординатура. Ее выпускники – врачи А.А. Демина, Н.И. Тюрина, Т.И. Сержантова и другие защитились и возглавили подразделения научно-исследовательских учреждений.

Хорошо понимая задачи высшей медицинской школы страны – внедрение в медицину физики, математики, кибернетики, развитие биофизики, биохимии, молекулярной биологии – В.Д. Тимаков не случайно стал одним из непосредственных участников создания первого в нашей стране и в мире медико-биологического факультета во 2-м МГМИ в 1963 г. Наряду с педагогической, сотрудники кафедры микробиологии под руководством В.Д.Тимакова выполняли научную работу по трем разделам, однако основной являлась проблема наследственности и изменчивости микроорганизмов. Всего по этой проблеме выполнено 7 кандидатских, разработаны 2 докторские и еще 3 кандидатские диссертации. Неразрывно с данной проблемой связаны исследования феномена бактериофагии. Большое внимание уделялось кафедрой эпидемиологии и профилактике кишечных инфекций (3 кандидатские диссертации, 12 статей).

Появившееся исследование о возможности существования микроорганизмов, лишенных клеточной стенки, привели В.Д.Тимакова в 50-60-х гг. ХХ века к разработке методов получения in vitro и выделения из организма больных L-форм бактерий. Владимир Дмитриевич – основоположник нового направления в медицинской микробиологии – микоплазматологии, получившего развитие в работах его учеников. Результаты по изучению L–форм бактерий и микоплазм обобщены в 3 монографиях, написанных в соавторстве с профессором  Г.Я. Каган «Биология L-форм бактерий» (1961), «Семейство Mycoplasmataceae и L-формы бактерий” (1967), «L-формы бактерий и семейство Mycoplasmataceae в патологии” (1973). За эти исследования В.Д.Тимаков и Г.Я.Каган были удостоены Ленинской премии (1974).

В 1954 г. В.Д. Тимаковым впервые в отечественной литературе был опубликован обзор результатов исследований, проводимых главным образом за рубежом, о генетической роли ДНК. Тогда и были начаты исследования по генетике в научном коллективе, руководимом им. Традиции, заложенные В.Д. Тимаковым, определяли дальнейшие пути развития созданной им школы исследователей, которые разрабатывают проблемы молекулярной биологии и генетики бактерий, генную инженерию. Профессора В.С. Левашев, Б.В. Пинегин, В.М. Коршунов, В.М. Бондаренко, Г.Б. Смирнов и другие продолжили исследования в этом направлении. Изучением вопросов, связанных с физиологическими основами иммунитета, занималась на кафедре А.В.Лизгунова, защитившая докторскую диссертацию по этой проблеме.

С 1977 по 1986 г. кафедру микробиологии возглавлял ученик В.Д. Тимакова доктор медицинских наук, профессор Вадим Сергеевич Левашев.

В.С. Левашев вел большую педагогическую работу, читая лекции по всем разделам микробиологии для студентов лечебного, педиатрического и медико-биологического факультетов. В лекциях он раскрывал перспективы развития микробиологии, взаимосвязь ее с другими медицинскими и биологическими дисциплинами. Много внимания уделялось практической значимости микробиологии. Под его руководством расширилось и углубилось преподавание основ молекулярной биологии, иммунологии и генетики микроорганизмов, а также курса вирусологии. Он был инициатором и одним из авторов учебника «Микробиология», вышедшего в 1983 г.

Под общей редакцией профессора В.С. Левашева в 1978, 1983, 1984, 1985 годах вышли «Методические указания к практическим занятиям по частной микробиологии с вирусологией», «Методические указания к лабораторным занятиям по общей микробиологии с иммунологией», «Методические указания с элементами программированного контроля по общей микробиологии с иммунологией» (разделы: Морфология и физиология микроорганизмов, Бактериофаги и генетика бактерий, Инфекция и иммунология), «Общая и частная вирусология». Он принимал участие в создании «Программы по микробиологии, вирусологии и иммунологии для студентов лечебного, педиатрического и стоматологического факультетов медицинских институтов» в 1986 г. В.С.Левашев был председателем методической комиссии МЗ СССР по микробиологии, председателем специализированного Ученого Совета по защите кандидатских диссертаций 2-го МОЛГМИ им. Н.И.Пирогова. До последних дней Вадим Сергеевич был заместителем главного редактора «Журнала микробиологии, эпидемиологии и иммунологии».

В 1986–2002гг. заведующим кафедрой был доктор медицинских наук, профессор Валерий Михайлович Коршунов. Он начинал путь в стенах 2-го МГМИ, еще студентом работая в кружке под руководством академика В.Д.Тимакова и профессора В.С.Левашева. После аспирантуры – ассистент, доцент, профессор, заведующий кафедрой микробиологии 2-го МОЛГМИ – РГМУ, ученый с мировым именем. Научные исследования В.М. Коршунова были посвящены изучению роли микрофлоры тела человека. Он был одним из основоположников гнотобиологии в нашей стране, проводил исследования в области космической медицины, оказывал помощь в ликвидации последствий аварии на ЧАЭС. В.М. Коршунов был замечательным педагогом, успешно сочетавшим традиции классической микробиологии с новейшими достижениями в этой области науки, читал блестящие лекции по этому предмету. В.М. Коршунов организовывал и участвовал во многих международных и российских научных конференциях, был членом комиссий МЗ РФ, экспертом ВОЗ, членом редколлегий ряда научных журналов. Коллектив кафедры, которой он руководил, активно сотрудничал с университетами Швейцарии, США, Германии, Франции. Профессор В.М. Коршунов принимал деятельное участие в жизни РГМУ, он был членом ученых советов, методических и проблемных комиссий, общественным деканом, заведующим отделом международных связей, членом Совета ВОИР. В.М. Коршунов – один из организаторов и бывший проректор МИМСР. Его жизнь трагически оборвалась в 2002 г. Университет потерял крупнейшего ученого, педагога, талантливого руководителя, прекрасного человека. Его дело продолжают ученики.

С февраля 2002 г. по настоящее время кафедру микробиологии возглавляет доктор медицинских наук, профессор Людмила Ивановна Кафарская. Она окончила аспирантуру в1987 г. по двум специальностям при кафедрах микробиологии и детских болезней № 2 2-го МОЛГМИ им. Н.И.Пирогова (РГМУ). Ученица академика РАМН В.А. Таболина и профессора В.М. Коршунова, Л.И. Кафарская продолжает традиции, заложенные предшественниками. Коллектив кафедры под ее руководством разрабатывает следующие основные научные направления: изучение микрофлоры тела человека, путей преодоления нарушений микробиоценоза, новых способов их коррекции. Активно внедряются в работу новые генетические методы, изучается плазмидный профиль перспективных штаммов бифидобактерий и лактобацилл, которые в дальнейшем составят новое поколение препаратов-пробиотиков. Наряду с опытными сотрудниками на кафедре трудится много молодежи. Коллектив полон энергии и творческих планов.