РНИМУ им. Н.И. Пирогова является одним из ключевых участников проекта по развитию непрерывного медицинского образования в России и реализует программы дополнительного профессионального медицинского образования на циклах профессиональной переподготовки (свыше 500 часов), циклах повышения квалификации (от 18 до 500 часов) и стажировках. 

Другое направление деятельности — повышение квалификации специалистов немедицинских специальностей (преподавателей, научных сотрудников, психологов).