Лечебную работу кафедра клинической функциональной диагностики ИНОПР осуществляет на двух клинических базах: в ГБУЗ «Госпиталь для ветеранов войн № 2 ДЗМ» (ГВВ № 2) и в ГБУЗ «Морозовская детская городская клиническая больница ДЗМ» (Морозовская ДГКБ).

Сотрудники кафедры активно участвуют в работе клинико-диагностических подразделений ГВВ № 2: работают в отделении функциональной диагностики, проводят исследования (суточное мониторирование ЭКГ и АД, нагрузочное тестирование, спирометрия), консультируют врачей отделения по сложным случаям диагностических заключений. Курация больных силами кафедры осуществляется в кардиологическом, гериатрическом, реанимационном, терапевтическом, нефрологическом отделениях ГВВ № 2 – ежегодно сотрудники кафедры курируют около 750 больных. Консультации тяжёлых больных проводятся во всех отделениях госпиталя (более 2000 консультаций в год).

Традиционным стало проведение силами кафедры клинической функциональной диагностики ИНОПР научно-практических конференций в ГВВ № 2 (6-8 в год).

В практику работы клинических баз кафедры внедрены методы диагностики и лечения: мониторирование ЭКГ и АД, неэнергоёмкие функциональные нагрузочные тесты, нагрузочное тестирование кардиологических больных, функциональное мониторирование АД, мониторирование ФВД, медикаментозное тестирование бронходилататоров (ингаляторы и небулайзер), небулайзертерапия.

В Морозовской ДГКБ сотрудники кафедры консультируют больных в клинических отделениях, а также в отделении ФД и Клинико-диагностической поликлинике. В практику Морозовской ДГКБ внедрены малоэнергоёмкие методы исследования гемодинамики и бронхолёгочной проходимости у детей с респираторными инфекциями.