В 1963 г. с созданием медико-биологического факультета был образован курс морфологии и цитологии при кафедре нормальной анатомии человека, который в 1965 г. был преобразован в кафедру морфологии и цитологии МБФ.  В 2024 году в ходе институционального преобразования Пироговского Университета кафедра морфологии стала частью Института анатомии и морфологии имени академика Ю.М. Лопухина. В июле  2025 г. произошло объединение под эгидой кафедры морфологии с кафедрой гистологии. Руководителем объединенной кафедры морфологии стал д.м.н., доцент Кислов Максим Александрович.