Институт хирургии создан в 2024 году в рамках реализации программы развития РНИМУ им. Н.И. Пирогова "Приоритет 2030". Институт объединяет кафедры хирургического профиля и научные подразделения, отвечающие за разработку и внедрение новых методов диагностики и лечения в различных областях медицины.