Клиника располагается на 2-х базах: в городской клинической больнице № 31 и в городской клинической больнице № 17. Они имеют в своем составе специализированные отделения (хирургия желудка и пищевода, желчевыводящих путей и поджелудочной железы, заболеваний кишечника), отделения реанимации и интенсивной терапии, лучевой и лабораторной диагностики. Руководителями подразделений являются высококвалифицированные специалисты-клиницисты – доктора и кандидаты медицинских наук. Они также принимают участие в педагогическом  процессе на кафедре. Ежегодно в клиниках  выполняется  3-5 тысяч  неотложных и плановых операций на органах брюшной полости, широко применяются  малоинвазивные технологии лечения  - эндо- и лапароскопические вмешательства. Наиболее сложные операции выполняются сотрудниками клиники.

Особое значение имеет совместная работа кафедры и научно-исследовательской лаборатории хирургической гастроэнтерологии и эндоскопии, оснащенной современными методами: эндоскопической, функциональной, ультразвуковой диагностикой, оперативной эндоскопией. На кафедре и в лаборатории разработаны и внедрены в клиническую практику  современные методы эндоскопической, функциональной диагностики, оперативных и эндоскопических способов лечения патологии органов желудочно-кишечного тракта. Научные исследования направлены на обоснование дифференцированного подхода к выбору метода операции с целью снижения летальности и послеоперационных осложнений, т. е. отвечают нуждам практического здравоохранения и являются фундаментом педагогического процесса.

Специалисты со всей страны стремятся попасть на стажировку  и учиться в клинике. Их отзывы всегда свидетельствовали о том, что они отдают должное руководству кафедры и лаборатории за организацию лечебной  работы, четко сформулированные задачи  и научно-практическую значимость  их результатов. Нужды практического здравоохранения и повседневная работа хирургических отделений больницы тесно связаны с аргументированными планами научных исследований.