Важнейшим направлением деятельности коллектива кафедры с момента ее организации и по настоящее время является учебно-методическая работа. Первая программа преподавания туберкулеза в медицинских ВУЗах страны была разработана  под непосредственным руководством В.Л.Эйниса. В последующем  программы и типовые планы занятий по туберкулезу со студентами на различных факультетах института годы неоднократно перерабатывались. В 1934 г. опубликован учебник по туберкулезу под редакцией В.Л.Эйниса, выдержавший 6 изданий.

Особое внимание В.Л.Эйниса и его сотрудников уделялось разработке физиологического обоснования функциональных нарушений при туберкулезе, изучению компенсаторных механизмов и реадаптации к труду, вопросам комплексного лечения больных туберкулезом.

Кафедре туберкулеза принадлежит инициатива в разработке функциональных методов исследования, изучение вопросов кислородной терапии при туберкулезе (В.Л. Эйнис, Б.Я. Садогурский) и определения активности туберкулезного процесса c помощью туберкулиноэозинофильной пробы (Ф.А. Михайлов). В.Л. Эйнис много работал по созданию современной классификации туберкулеза.

В 1952 году кафедра туберкулеза переезжает на базу городской клинической больницы №5, а в 1970 году —  в пятиэтажный корпус нового противотуберкулезного диспансера №4, обслуживавшего население Москворецкого района столицы. Основным направлением научно-исследовательской работы кафедры становится изучение патогенеза туберкулеза, что неразрывно связано с проблемой диагностики, раннего выявления, терапии ранних форм, профилактики и излечения туберкулеза.

Методы раннего выявления туберкулеза, неразрывно связаны с  туберкулинодиагностикой. Сотрудниками кафедры и ГИСК им.Л.А. Тарасевича поведены совместные  исследования и клинические испытания 10 видов туберкулина и «туберкулиновая марка» для выработки отечественного стандарта туберкулина, адекватного по качеству международному. Всесторонне изучались вопросы изменения туберкулиновой чувствительности при различных видах туберкулина и различных методах его введения, испытание различных серий туберкулина, что способствовало  быстрейшему созданию национального стандарта туберкулина в СССР.

Под руководством И.Е. Кочновой коллективом кафедры и врачами, окончившими 2-ой МГМИ или аспирантуру при кафедре, разрабатывалась химиотерапия различных проявлений туберкулеза, особенно «ранних» его форм.

С институтом антибиотиков и Всесоюзным научно-исследовательским химикофармакологическим институтом кафедра проводила клинические испытания новых лекарственных средств – бекантила, этоксида, виомицина, циклосерина, пассомицина, метазида, салюзида, дигидрострептомицина, стрептосалюзида, этамбутола и др. Вопросы эффективности химиотерапии разрабатывались в аспекте патогенетической сущности туберкулезного процесса, в ависимости от чувствительности и резистентностимикобактерий туберкулеза к антибиотикам и химиопрепаратам, а также в связи с состоянием и функцией бронхов, в зависимости от иммунобиологического состояния больного, в т.ч. и от состояния обменных процессов.

Большое внимание уделялось изучению активности остаточных изменений, формирующихся на различных этапах излечения туберкулеза. Этому вопросу посвящены многолетние исследования и наблюдения И.Е. Кочновой, диссертационные исследования О. Ченцовой, В.Ф. Разумовской, В.П. Сухановского, Н.Н. Ильяш, Л.Л. Кацилло и др. Сотрудники кафедры активно участвовали во  внедрении современных диагностических методов: рентгенологического, трахеобронхоскопии, исследования промывных вод бронхов, цитологического исследования, в т.ч. при биопсии и пункциях, туберкулинодиагностики, различных биохимических методик и тестов, аллергологических и ферментативных реакций, необходимых для определения активности туберкулеза. Были внедрены методики определения инактивации препаратов группы ГИНК, концентрации антибиотиков и химиопрепаратов в крови больных, что дало возможность индивидуализировать лечение. В оценке состояния сердечно-сосудистой системы, в тесном содружестве терапевтической и хирургической клиник используются электро- и фонокардиография, оксигемометрия, механокардиография и др.

В схеме лечения у пациентов широко применялись различные методы антибактериальной, патогенетической терапии, коллапсотерапевтические и хирургические вмешательства. Опубликована серия работ, посвященная вопросам эффективности различных методов вакцинации, а также особенностям течения туберкулеза у вакцинированных, развитию и характеру поствакцинальной аллергии, которые послужили основой для обоснования внедрения в практику современного метода вакцинации и ревакцинации и составлении инструкции о методах специфической профилактики.

Огромное внимание на кафедре всегда уделялось научно-исследовательской работе студентов и молодых ученых. Воспитано не одно поколение кружковцев, многие из которых стали фтизиатрами, работают как в практическом здравоохранении, так и в научно-исследовательских институтах фтизиатрического профиля. По инициативе кафедры туберкулеза и под непосредственным руководством профессора И.Е. Кочновой были проведены Всероссийские и Всесоюзные конференции научных студенческих обществ медицинских и фармацевтических институтов РФ, посвященные вопросам диагностики, лечения и профилактики туберкулеза.

Преподавание фтизиатрии студентам педиатрического факультета длительное время осуществлялось совместно сотрудниками кафедры туберкулеза и кафедры госпитальной педиатрии. С 1965 года преподавать детский туберкулез на кафедре туберкулеза начала доцент Н.Н. Ильяш. Через год, 1 сентября 1966 г. при кафедре был организован курс детского туберкулеза, что позволило более дифференцированно проводить преподавание туберкулеза студентам педиатрического факультета. Заведовал курсом детского туберкулеза с момента его основания в 1966 г. по 1989 г. доцент Валерий Павлович Сухановский. Вместе с ним преподавание детского туберкулеза вела ассистент Н.Н.Ильяш. Они проводили интенсивную научно-педагогическую работу, сочетая ее с большой лечебно-консультативной помощью детям г. Москвы. Впоследствии работу со студентами педиатрического факультета курировал доцент Гаврилов Александр Анатольевич — выпускник 2 МОЛГМИ, долгое время проработавший на кафедре факультетской педиатрии.

В этот период на кафедре была разработана программа по туберкулезу для студентов педиатрического факультета, совместно с 1 ММИ, составлены методические указания по подготовке интернов-фтизиатров. Издается большое количество методических разработок и учебных пособий. Под редакцией Н.А.Васильева изданы учебники «Туберкулез» в 1990 и в 1996 г. «Фтизиопульмонология». Основным направлением научных исследований оставалось изучение особенностей клиники, диагностики и лечения туберкулеза в различных возрастных группах в современных условиях. С этого периода времени на кафедре огромное внимание стало уделяться совершенствованию иммунодиагностики и иммунотерапии больных туберкулезом. В лечении пациентов применялись различные патогенетические средства как специфической, так и неспецифической иммунотерапии. Изучались особенности клинических проявлений туберкулеза органов дыхания, методы ранней диагностики активности туберкулезного процесса с постановкой в динамике ряда иммунологических тестов, цитологическое исследование бронхоальвеолярной лаважной жидкости и материала, полученного при щеточной биопсии бронхов с целью дифференциальной диагностики туберкулеза. Традиционным направлением деятельности кафедры является проблема профилактики туберкулеза. В этой связи разработаны тесты для раннего выявления периода первичного инфицирования, определены причины поствакцинальных осложнений у детей раннего возраста, разработана система раннего выявления и специфической профилактики туберкулеза. Кроме того, на кафедре проведено изучение особенностей туберкулезного процесса у детей раннего возраста в изменившихся социально-экономических условиях, а также сочетания туберкулеза с различными сопутствующими заболеваниями у взрослых. Эти исследования позволили разработать совершенно новый раздел фтизиопатологии – патоморфоз туберкулеза в клиническом аспекте. На базе туберкулезной клинической больницы №7 по инициативе и активном участии сотрудников кафедры был открыт консультативно-диагностический центр для детей раннего и дошкольного возраста. Большое практическое и теоретическое значение имеют работы коллектива кафедры по углубленному изучению аллергии и иммунитета при туберкулезе у различных контингентов, подвергшихся и не подвергшихся вакцинации БЦЖ. Исследования последних лет позволили предложить минимальный комплекс аллергологического обследования для выявления лекарственного антигена у лиц с побочными реакциями на туберкулостатики, диагностировать у этих больных латентную аллергию, усовершенствовать патогенетическую терапию при туберкулезе.