Кафедра физического воспитания 2-го МГМИ была организована в конце 1930 г. На заведование кафедрой была приглашена профессор Вероника Валентиновна Гориневская. С 1931 г. кафедра физкультуры разделилась на кафедру факультета охраны материнства и младенчества (ОММ), которую возглавила В.В. Гориневская, и кафедру лечебного факультета, во главе которой встал доцент Ю.Н. Жаворонков.

В 1936 г. на заведование кафедрой физкультуры был назначен доцент Андрей Андреевич Жемчужников.

С началом Великой Отечественной войны кафедра физкультуры была объединена с кафедрой военно-санитарной подготовки. В послевоенные годы во 2-м МГМИ была восстановлена кафедра физкультуры, которая проводила практические занятия на младших и теоретические занятия на старших курсах, а также факультативные занятия на всех курсах.

В 1946 г. произошло слияние кафедры физического воспитания, лечебной физкультуры и врачебного контроля, во главе которой стал доцент Михаил Соломонович Гернер. С 1950 г. учебные занятия по физической культуре велись по-новому. Был введен курс спортивной специализации, помогающий готовить спортсменов-разрядников.

С 1953 г. кафедру физического воспитания, лечебной физкультуры и врачебного контроля возглавил профессор Сергей Михайлович Иванов. С этого времени кафедра устанавливает тесные контакты с кафедрами клинического профиля лечебного и педиатрического факультетов.

Изучение лечебной физкультуры при нервных и ортопедических заболеваниях проводилось в детской ортопедо-неврологической поликлинике. Кафедра физкультуры также приняла на себя организационно-методическое руководство лечебной физкультурой на базе больницы им. Н.Ф. Филатова. На клинической базе лечебного факультета осуществлялось организационно-методическое и научное руководство постановкой лечебной физкультуры, и разрабатывались ее новые методы.

С.М. Иванов в течение длительного времени изучал влияние физической культуры на организм здоровых и больных детей. Опубликованы монографии «Лечебная физкультура при бронхиальной астме у детей» (1965), «Лечебная физкультура при хронической пневмонии у детей» (1968).

Научная деятельность кафедры была направлена и на изучение физиологических механизмов формирования двигательных навыков; выяснение влияния физических упражнений на организм взрослых и детей; разработку комплекса физических упражнений при заболеваниях органов дыхания и кровообращения. На педиатрическом факультете занятия проводились в детской поликлинике № 22, а на лечебном - в поликлинике № 53 г. Москвы.

С 1963 г. кафедру физкультуры возглавил заслуженный мастер спорта СССР Александр Александрович Степанов. С начала 1968 г. кафедра физического воспитания, лечебной физкультуры и врачебного контроля приказом по МЗ РСФСР была разделена на две самостоятельные: кафедру физического воспитания (заведующий - А.А. Степанов) и кафедру лечебной физкультуры и врачебного контроля (заведующий – С.М. Иванов).

С 1979 г. объединенную кафедру физического воспитания, лечебной физкультуры и врачебного контроля возглавил ученик С.М. Иванова профессор Афанасий Варламович Чоговадзе. В годы его руководства кафедрой коллектив много внимания уделял изучению различных проблем физического воспитания, реабилитации и спортивной медицины. Большинство научных исследований посвящено вопросам физического развития, динамики состояния здоровья и физической работоспособности молодежи, спортсменов высокого класса, профилактике, лечению, реабилитации при заболеваниях и отклонениях различных функциональных систем организма. В этот период произошла смена поколений в коллективе. На кафедру пришло много молодых специалистов. Возникла научная школа профессора А.В. Чоговадзе.

В 1997 г. А.В. Чоговадзе передал руководство кафедрой своему ученику Борису Александровичу Поляеву, продолжая работать в коллективе в качестве профессора кафедры. Была создана кафедра реабилитации и спортивной медицины, являющаяся сегодня ведущей в России.

За годы существования кафедры ее сотрудниками было подготовлено и издано более 40 монографий, учебников, руководств, сборников трудов, около 600 статей, методических разработок, практических рекомендаций, 4 учебных фильма по вопросам лечебной физкультуры, спортивной медицины, физиотерапии, массажу и др. За это время сотрудники кафедры приняли участие во всесоюзных, всероссийских съездах, конференциях, а также международных семинарах по вопросам реабилитации и спортивной медицины.