У истоков создания кафедры Иммунологии МБФ стояли два талантливых ученых и выдающихся организатора: ректор 2 МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова — академик Ю.М. Лопухин и академик Р.В. Петров. По их инициативе на кафедре экспериментальной хирургии в 1971 году был организован курс неинфекционной  иммунологии с основами иммуногенетики. В 1974 г. курс был преобразован в кафедру Иммунологии МБФ, первую в стране. Её возглавил один из основателей современной иммунологии в нашей стране академик Рэм Викторович Петров, автор первого учебника по иммунологии, с именем которого связаны основные этапы становления в нашей стране преподавания иммунологии как самостоятельной дисциплины.

В 1994 кафедру возглавил д.м.н. профессор Леонид Васильевич Ковальчук, который проработал на кафедре с первых дней ее основания до последнего дня своей жизни, воспитавший ни одно поколение клинических иммунологов. Под его руководством подготовлено более 20 докторов и 40 кандидатов наук, обоснован принцип преподавания дисциплины в два этапа в рамках одной кафедры. В 1992-1993 году кафедра получила статус клинической и начала преподавание общей и клинической иммунологии на лечебном и педиатрическом факультетах РГМУ. В 1995 году в номенклатуру врачебных и провизорских специальностей введена специальность “Врач аллерголог-иммунолог”. В это же время на кафедре была разработана отечественная классификация иммунодефицитов человека, двухэтапный принцип оценки иммунного статуса человека и обосновано топическое применение иммунопепетидов а также сформулированы новые подходы к оценке системы врожденного иммунитета.

В 2012 году кафедру возглавила выпускница МБФ, д.м.н., профессор Ганковская Людмила Викторовна. Под руководством Людмилы Викторовны на кафедре проводились научные исследования в рамках направления “Персонализированная медицина”, создан Центр Коллективного Пользования персонализированной медицины, оснащенный современным оборудованием. Создание центра позволило привлечь сотрудников клинических кафедр к проведению фундаментальных исследований, по изучению молекулярно-генетических механизмов врожденного иммунитета в патогенезе социально значимых заболеваний.

С 2021 года на кафедре открыто уникальное направление подготовки в магистратуре — молекулярная иммунология. Магистерская программа является единственной в стране. Она ориентирована на подготовку специалистов в области молекулярной биологии и медицины.

В 2021 году заведующим кафедрой стал  доктор медицинских наук, член-корреспондент РАН, д.м.н., директор ФГБУ "ГНЦ Институт иммунологии ФМБА России" Хаитов Муса Рахимович. Под его руководством был создан препарат от новой коронавирусной инфекции "МИР19".

Сегодня на кафедре работает коллектив высококвалифицированных преподавателей, многие из которых являются выпускниками МБФ. Обучение на кафедре сочетает в себе сохранение традиций и интеграцию науки в образовательный процесс.