Окончил в 1974 году педиатрический факультет 2 МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова. После окончания института работал врачом-реаниматологом в Морозовской больнице. В 1985 г. защитил кандидатскую диссертацию «Диагностика и лечение острой гепатоцеребральной недостаточности при острых нейротоксикозах у детей». С 1986 г. — ассистент кафедры поликлинической педиатрии, 1990 г. – доцент. С 1990  по 1994 гг. работал приглашенным профессором на кафедре педиатрии Ганнемановского университета, Филадельфия, США. В 1995 г. защитил докторскую диссертацию «Диагностика, клиника, патогенез и направленная иммунотерапия эндотоксемии у детей». В 1995 г. стал профессором кафедры, в 2004 году — заведующим кафедрой, внеся весомый вклад в дальнейшее ее становление.  

Была создана программа преподавания первого в стране курса неотложной педиатрии, организованы элективные циклы по скорой и неотложной помощи, пульмонологии и аллергологии, подростковой медицине. Кафедра была переименована в кафедру поликлинической и неотложной педиатрии и приобрела новый статус, что отразилось в объеме подготовки студентов и врачебных кадров. Указом Президента РФ в 2005 году за личные заслуги в подготовке квалифицированных медицинских кадров и высокопрофессиональную лечебную и научную деятельность Б.М. Блохину присвоено звание «Заслуженный врач Российской Федерации». В 2005 году Б.М. Блохин в рамках программы по неотложной педиатрии организовал первый в стране симуляционный курс по неотложным состояниям у детей, не имеющий аналогов в Европе. В 2009 году под руководством Б.М. Блохина была создана новая учебная программа по курсу скорой медицинской помощи и кафедра была переименована в кафедру поликлинической и неотложной педиатрии, скорой медицинской помощи.

В 2009 году Б.М. Блохин организовал и возглавил научно-образовательный инновационный центр «Неотложные состояния в педиатрии». В 2010 году центр был признан лучшим в Европе. В центре разрабатываются и внедряются высокотехнологичные инновационные образовательные системы оказания неотложной помощи детям в ургентных состояниях. Научная программа центра «Инновационные образовательные технологии обучения стандартам оказания экстренной медицинской помощи детям» была представлена к участию во Всемирной универсальной выставке «ЭКСПО-2010». Номинант от РГМУ 2011 года «Лучший преподаватель медицинского ВУЗа», за внедрение новых методик обучения студентов.

Тематика научных работ Блохина Б.М. охватывает многие разделы в педиатрии. К наиболее значимым научным исследованиям является изучение эндотоксемии, шока, посттравматической болезни, печеночной недостаточности, вопросов диагностики и лечебной тактики при оказании неотложной помощи детям с угрожающими состояниями, разработка критериев оценки развития и состояния здоровья, оптимизация терапии и предупреждение инвалидизации детей; разработка симуляционных программ обучения. За изобретение и внедрение метода «Лечение острой печеночной недостаточности путем трансплантации аллогенных и ксеногенных гепатоцитов у детей» удостоен звания Лауреата премии Московского комсомола.

 Под руководством и участием Блохина Б.М. в ВКНЦ РАМН была разработана технология получения моноклональных антител к эндотоксину для диагностики и лечения эндотоксического шока и сепсиса, получены авторские свидетельства на изобретения. За внедрение в практическое здравоохранение экспресс-тестов диагностики эндотоксемии и грам-отрицательной бактериемии, позволивших своевременно верифицировать диагноз шока, награжден Международным Дипломом и Золотой медалью Югославии, Почетной Грамотой Министерства Здравоохранения РФ и Серебряной медалью ВДНХ.

Блохин Б.М является автором более 300 научных работ, в том числе 17 монографий и руководств, 20 методических пособий, 6 патентов на изобретения, 20 новых медицинских технологий. Является Главным редактором журнала «Клиническая и неотложная педиатрия», членом  редколлегий и редакционных советов специализированных медицинских журналов: «Лечебное Дело», «Детские Инфекции»,  «Педиатрическая Фармакология», «Вопросы Практической    Педиатрии», «Вестник Педиатрической Фармакологии и Нутрициологии», «Медицинский Совет», «Практика Педиатра», «Детский Врач», «Мать и дитя», «Виртуальные технологии в медицине», «Медицинское образование и профессиональное развитие».

Б.М. Блохин — член Экспертного совета Высшей аттестационной комиссии Министерства образования и науки РФ, председатель Научного совета по педиатрии и детской хирургии РНИМУ, член экспертных советов  по мониторингу эффективности, безопасности и экономической приемлемости средств, изделий и методов для применения в медицинской практике при Министерстве Здравоохранения и социального развития РФ, по клиническим исследованиям Росздравнадзора, по лекарственным, средствам, применяемым в пульмонологии ФГУ Научного Центра экспертизы лекарственных средств, Этического комитета и Лечебного Совета РНИМУ, эксперт Национальной программы «Бронхиальная астма у детей», член проблемной комиссии «Скорая медицинская помощь» РАМН. В 2012–2014гг. являлся главным педиатром г. Москвы. В 1998 году в составе бригады врачей 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова, принимал участие в лечении пострадавших при землетрясении в Армении. В 1996–1998 гг. — вице-президент благотворительного фонда «Российская забота», директор медицинских программ Комитета обороны Государственной Думы РФ, 2002 г. — член общественной комиссии «Союза правых сил» Государственной Думы.

 Б.М. Блохин является членом специализированных Ученых советов по присуждению ученых степеней кандидата и доктора медицинских наук по педиатрии РНИМУ им. Н.И. Пирогова, ФГУ детской гематологии, онкологии, иммунологии, Департамента здравоохранения г. Москвы. Председатель аттестационной комиссии Департамента здравоохранения г. Москвы по присуждению квалификационных категорий в педиатрии.

 Профессор Б.М. Блохин является одним из ведущих специалистов в мире в области неотложных состояний у детей. Член Исполкома Союза педиатров России, Председатель Московского отделения Союза педиатров России, инициатор создания и председатель Российского общества по Неотложной педиатрии, председатель Европейской рабочей группы по симуляционному обучению неотложных состояний в педиатрии. Член комитета по образованию международного общества по симуляции в педиатрии (IPSS),член Правления Российского общества симуляционного обучения в медицине (РОСОМЕД). Является организатором и сопредседателем международных конгрессов по неотложной педиатрии и симуляционным образовательным программам. Член экспертного совета ВОЗ по воздействию экстремальных факторов на человека, международного совета «Pediatric Critical Care» США, почетный член Нью-Йоркской Академии наук, Американского Общества по критической медицине и Национального Общества по неотложной педиатрии Италии, Европейской академии педиатрии.