В 1984 г. окончила лечебный факультет 2-го Московского медицинского института им. Н.И. Пирогова по специальности "Лечебное дело", с 1984 г по 1986 гг. обучалась в  клинической ординатуре на кафедре пропедевтики внутренних болезней лечебного факультета, с 1986 по 1989 гг. обучалась в клинической аспирантуре по специальности "Кардиология" на кафедре пропедевтики внутренних болезней лечебного факультета 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова.

В 1989 г. защитила кандидатскую диссертацию, посвященную изучению роли гепатографии, в 1995 г. защитила докторскую диссертацию на тему "Клинические формы абдоминальной ишемической болезни и факторы риска осложнений со стороны органов пищеварения при операции аорто-коронарного шунтирования у больных ишемической болезнью сердца".

С 1989 по 2013 гг. работала в 3 -м Центральном военном клиническом госпитале им. А.А. Вишневского в качестве  врача ревматологического отделения кардиологического цента, с 1997 г. в должности заведующей лабораторией (отделением) клинической липидологии в 3 ЦВКГ им. А.А. Вишневского Минобороны России. С 2013 по 2016 гг. в должности начальника отдела лечебно-оздоровительного обеспечения Управления делами (Департамента) МИД России, с 2016 г. по настоящее время в должности начальника отдела ГБУ «Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента» Департамента здравоохранения города Москвы, является научным руководителем по терапии ФГБУ «Поликлиника № 1» Управления делами Президента Российской Федерации.

Осуществляла научное руководство 10 кандидатских и 3 докторских диссертаций.

Автор более 150 научных статей, 2 монографий, имеет 15 рационализаторских предложений.

Круг научных  интересов: сердечно-сосудистые заболевания включая превентивную кардиологию, ангиология включая мультифокальный атеросклероз с ракурсом на периферическое атеросклеротическое поражение сосудистого русла, в частности, брюшной аорты и непарных висцеральных ветвей, почечных артерий с ишемическими проявлениями в виде ишемической болезни органов пищеварения,  ишемической болезни почек; клиническая липидология (первичные и вторичные дислипидемии и ассоциированные метаболические заболевания), гемореология,   микробиота и микробиом  кишечника. 

О.Ш. Ойноткинова является президентом Национального общества по изучению проблем липидологии и ассоциированных метаболических заболеваний, руководителем секции липидологии и ассоциированных метаболических заболеваний в РНМОТ, научным руководителем школы липидологии и ассоциированных метаболических заболеваний, научным руководителем и ведущей авторской программы «Интеграция знаний в клиническую липидологию» на 1-м медицинском канале, научным руководителем и организатором ежегодных научно-практических конференций: "Чтения, посвященные памяти профессора В.В. Мурашко «Достижения персонифицированной медицины сегодня, результаты практического здравоохранения завтра»"; "Клиническая липидология вчера, сегодня, завтра"; "Гастрофорум. Доказательная гастроэнтерология: от теории к практике".

Член Российского научного медицинского общества терапевтов, Национального общества "Профилактическая кардиология", Российского кардиологического общества, Европейского кардиологического  общества, Межрегионального общества внутренней, спортивной и профилактической медицины. Неоднократно представляла результаты  исследований на международных форумах, в том числе конгрессе Европейского общества кардиологов.

Член диссертационного совета по внутренним болезням в РНИМУ им. Н.И. Пирогова, член Ученого совета и Научного совета ГБУ «НИИОЗММ» Департамента здравоохранения города Москвы, эксперт РФФИ, член экспертного совета по здравоохранению Комитета по социальным вопросам Федерального Собрания Совета Федерации, руководитель Комитета по непрерывному медицинскому образованию Национальной медицинской палаты, член Российского профессорского собрания.

О.Ш.Ойноткинова является членом редакционного совета журналов: «Атеросклероз и дислипидемии», «Атеросклероз», «Кардиоваскулярная терапия и профилактика», «Клиническая геронтология», «Доказательная гастроэнтерология», «Академия  медицины и спорта», «Focus Эндокринологии».