За достижения в области научных исследований Стрельникову В.В. присуждены премии и награды: премия ГНТП «Геном человека», междисциплинарная программа «Науки о жизни и биотехнология», 1999 г.; премия Фонда содействия отечественной медицине в номинации «Медико-биологические науки», 2004 г., 2008 г.; премия Международной академической издательской компании «Наука/Интерпериодика» за лучший цикл публикаций в журнале «Молекулярная биология», 2005 г.; премия Американской ассоциации онкологов за исследование эпигенетики рака молочной железы, 2006 г.; премия Европейского Общества Генетики Человека за выдающееся исследование коллектива молодых ученых на тему «Исследование метилирования и аномалий экспрессии генов, ассоциированных с раком молочной железы», 2006 г.; почетная грамота президиума Российской академии медицинских наук «За плодотворный труд по развитию медицинской науки и здравоохранения», 2009 г.; Премия Российского общества онкологов «In vita veritas» в номинации «Лучший научно-исследовательский проект», 2013 г.