Родился 20 октября 1936 г. в г. Луганске. Окончил в 1955 г. русскую мужскую школу одинадцатилетку в г. Сухуми и в том же году поступил на лечебный факультет 2-го Московского государственного медицинского института (ныне Российский государственный медицинский университет).

В 1962 г. поступил в аспирантуру на кафедру гигиены этого же института и после ее окончания с 1965 г. работает на этой кафедре.

В 1966 г. защитил кандидатскую и в 1971 г. докторскую диссертацию.

Одновременно в 80-90 годах являлся деканом лечебного факультета, а затем проректором по научной работе.

Область научных исследований: экология человека, санитарная микробиология, гигиены окружающей среды. Имеет более 350 печатных работ, в том числе 7 монографий, более 20 учебников и руководств.

Под руководством Ю.П.Пивоварова успешно защищено 24 докторских и более 30 кандидатских диссертации.