С 1989 года – научный сотрудник на кафедре акушерства и гинекологии педиатрического факультета 2 Московского ордена Ленина Государственного медицинского института им. Н.И. Пирогова (ныне – РНИМУ им. Н.И. Пирогова). С 1992 года работал в должности ассистента кафедры. С 2006 года – доцент кафедры акушерства и гинекологии педиатрического факультета РНИМУ. Все эти годы работал под руководством академика РАМН, профессора Г.М. Савельевой.

В 1994 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Диагностическое и прогностическое значение допплерометрии кровотока в системе мать-плацента-плод у беременных с гестозом».

Основное направление научной и практической деятельности С.А. Калашникова – исследования в области методов диагностики, ведения беременности, родоразрешения и исходов при многоплодной беременности. В клинике внедрены самые современные методы лечения осложнений многоплодной беременности, такие как амниодренирование, фетоскопическая лазерная хирургия, использование аппарата «Cell – saver» при операциях кесарева сечения.

Имеет более 30 публикаций, в том числе и в зарубежной печати.

Проводит практические и теоретические занятия со студентами и ординаторами.

С 1995 года С.А. Калашников имеет высшую врачебную категорию, владеет методами хирургического лечения в акушерстве, ультразвуковой диагностикой, современными методами ведения беременности и родов. Ведет практическую лечебную работу в Центре планирования семьи и репродукции, а также в Клиническом госпитале MD GROUP.