В 1994 году окончил лечебный факультет Московской медицинской академии им. И.М. Сеченова.

Активно занимался экспериментальной научной работой под руководством академика М.И. Перельмана на тему: «Аллотрансплантация трахеи», «Аутотрансплантация лёгкого».

1994-1997 гг. — врач-ординатор отделения общей хирургии РНЦХ РАМН.

В 1997 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата медицинских наук на тему: «Сочетанные операции с использованием лапароскопической техники в общей хирургии».

1997-2006 гг. — работал в должности младшего, затем старшего, после ведущего научного сотрудника отделения хирургии пищевода и желудка РНЦХ РАМН.

В 2003 году защитил докторскую диссертацию на тему: «Выбор метода эзофагопластики у больных с ожоговыми стриктурами пищевода».

2006-2018 гг. — работал в должности заведующего кафедрой госпитальной хирургии №2 Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России.

2019-2023 год работал в должности профессора на кафедре хирургии повреждений с курсом военно-полевой хирургии Российского биотехнологического университета на базе Главного клинического госпиталя МВД РФ.

В 2020 году присвоено учёное звание профессор.

С 2023 года работает в РНИМУ им. Н.И. Пирогова в должности профессора кафедры Топографической анатомии и оперативной хирургии им. академика Ю.М. Лопухина.

Автор свыше 200 печатных работ, 3 монографий, 9 учебно-методических пособий, 6 патентов РФ на изобретение, соавтор 2 учебников «Хирургические болезни» под редакцией академика А.Ф. Черноусова (2017) и профессора Н.Н. Крылова (2019).

Под руководством Черноокова А.И. защищено 4 диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук и 1 — доктора медицинских наук.

В течение многих лет является участником, докладчиком и модератором на мировых, европейских, российских съездах, конгрессах, мастер-классах, посвящённых различным аспектам плановой и экстренной хирургии.