Окончил Московский Государственный Университет им. М. В. Ломоносова. Защитил кандидатскую (2003 год) и докторскую (2011 год) диссертации по разработке и применению генетически кодируемых флуоресцентных инструментов.

Чудаков Д. М. является автором более 60 статей в рецензируемых журналах. Индивидуальный индекс цитирования: 7400. Индекс Хирша: 45.

Научные достижения:

Расшифровал механизм обратимой фотоактивации флуоресценции, подразумевающий цис-транс изомеризацию хромофора, и получил целый ряд так называемых фотоактивируемых белков с высоким контрастом активации. Флуоресцентные характеристики таких белков могут обратимо либо необратимо изменяться в ответ на облучение светом определенной длины волны, что предоставляет уникальные возможности для прицельной маркировки и слежения за живыми объектами, а также для технологий флуоресцентной микроскопии сверх-высокого разрешения.

Разработал палитру ярких мономерных флуоресцентных белков, флуоресцирующих в диапазоне всего видимого спектра и позволяющих проводить многоцветное мечение молекул в живых клетках: TagBFP, TagCFP, TagGFP, TagYFP, TagRFP, а также дальне-красные белки mKate и mKate2. Белок TagRFP является самым ярким из разработанных мономерных красных флуоресцентных белков, существенно опережая немногие имеющиеся аналоги, и хорошо зарекомендовал себя в химерных конструкциях с различными исследуемыми белками. Белок mKate2 является абсолютным лидером по яркости среди мономерных дальне-красных флуоресцентных белков.

Разработал яркие быстро созревающие белки: TurboGFP, TurboYFP, TurboRFP, TurboFP602, а также яркий дальне-красный белок Катюша (Katushka, TurboFP635). Уникальное для флуоресцентных белков сочетание высокой яркости и длинноволнового излучения позволяет эффективно детектировать сигнал Катюши в живых тканях, проницаемость которых повышена в дальне-красной области спектра. Катюша существенно повышает чувствительность технологий прижизненной визуализации клеток и тканей в интактных трансгенных организмах, и в перспективе может найти свое применение в практической медицине.

Получил ряд высоко-контрастных генетически кодируемых сенсоров на основе флуоресцентных белков, в том числе сенсоров концентрации кальция, сенсоров программируемой клеточной гибели.

С участием Чудакова Д. М. получен первый и единственный на сегодняшний день генетически кодируемый фотосенсибилизатор KillerRed.

Разработанные Чудаковым Д. М. флуоресцентные инструменты широко используются в научных лабораториях и на фармацевтических компаниях.