Основная база кафедры патологической анатомии и клинической патологической анатомии ИБПЧ располагается в Городской клинической больнице им. С.П. Боткина.
В ГКБ им. С.П. Боткина имеется лекционный зал на 290 мест, 4 учебные аудитории, одна из них — компьютерный класс, который по локальной коммуникационной сети связан с сервером сканирующего микроскопа, позволяющего создавать электронный архив и использовать его в практических занятиях для студентов 3-го курса, для сдачи экзаменов, а также при проведении элективов. Три учебные комнаты оснащены мультимедийными системами для демонстрации презентаций к практическим занятиям, бинокулярными микроскопами. На кафедре имеется музей микро- и макроскопических препаратов, которые позволяют демонстрировать разнообразные патологические процессы. В одной из аудиторий установлено оборудование, позволяющее проводить дистанционное обучение и консультации гистологических препаратов (телемедицина и телепатология).