В 1939 г. в Голицынском корпусе 1-й Градской больницы было организовано 2-е хирургическое отделение — филиал факультетской хирургической клиники. Осенью 1940 г. это отделение стало базой вновь открытой на педиатрическом факультете 2-го МГМИ госпитальной хирургической клиники. Её первый руководитель – Александр Николаевич БАКУЛЕВ. Госпитальная хирургическая клиника работала только год и была свернута в связи с началом Великой Отечественной войны в 1941 г.

В 1944 г. после возвращения из эвакуации в Омск педиатрический факультете 2-го МГМИ возобновил свою работу. Была восстановлена и кафедра факультетской хирургии педиатрического факультета. Сначала она базировалась в Шабловской хирургической больнице, а затем (1945) вновь на базе 2-го хирургического отделения 1-й Градской больницы (85 коек). Заведующим кафедрой был назначен профессор Георгий Матвеевич НОВИКОВ.

В 1952 г. госпитальную хирургическую клинику педиатрического факультета 2-го МГМИ возглавил профессор Андрей Владимирович ГУЛЯЕВ.

В 1953 г. клиника была переведена в новый корпус во 2-й Градской больнице (220 коек), что расширило возможности кафедры.

Одно из основных направлений научной деятельности кафедры в 1952–1963 гг. — хирургическое лечение заболеваний сердца и легких. А.В. Гуляев первым в СССР осуществил внутрисердечное вмешательство вальвулотомию при стенозе устья легочной артерии (1952). Руководимая им клиника одной из первых включилась в разработку различных вопросов хирургического лечения приобретенных пороков сердца.

Особое место в трудах клиники занимают исследования по травматическому шоку, острой кровопотере, анестезиологии и реанимации.

Важным направлением научной работы клиники явилась хирургия печени, желчных путей и поджелудочной железы.

В 1977–1981 гг. кафедрой хирургических болезней педиатрического  факультета 2-го МГМИ заведовал профессор Э.П. ДУМПЕ — ученик академиков А.Н. Бакулева и В.С. Савельева.

Э.П. Думпе внес большой вклад в развитие отечественной флебологии. Он предложил ряд оригинальных операций для лечения варикозной болезни, острых венозных тромбозов и профилактики эмболии легочной артерии. Э.П. Думпе — автор 3 монографий и более 100 научных работ.

С 1982 г. и по настоящее время кафедрой руководит профессор Игорь Иванович ЗАТЕВАХИН.