В результате исследований патогенеза аллергических и псевдоаллергических процессов была открыта новая, ранее неизвестная реакция иммунной системы на антигенную стимуляцию, выражающаяся в угнетении глюкокортикоид-индуцированного апоптоза лимфоцитов, что сопровождалось абсолютным и относительным увеличением глюкокортикоид-резистентной их фракции. На основе этого открытия была сформулирована (1991–1996) концепция патогенеза глюкокортикоидной зависимости, развивающейся при лечении глюкокортикоидными гормонами больных аутоиммунными заболеваниями.

Анализ биологической сущности феномена атопии позволил сделать заключение, что атопия отличается от анафилаксии тем, что в ее развитии принимают участие не только специфические (иммунные), но и неспецифические (неиммунные) механизмы. К последним относятся: 1) нарушение равновесия симпатических и парасимпатических влияний; 2) повышение проницаемости слизистых оболочек и/или кожи; 3) повышенная способность базофилов, тучных и других клеток освобождать медиаторы на неспецифические стимулы такой силы, на которые не отвечают клетки здоровых людей. Объединение двух типов механизмов создает новое качество, характеризующее феномен атопии (1997–1999). На базе этих представлений выделены разные конституциональные типы больных — атопиков и предложена новая классификация форм бронхиальной астмы.

По результатам исследований сотрудниками кафедры было опубликовано более 400 научных работ, защищено 31 кандидатских и 7 докторских диссертаций.

В 2009–2014 годах под руководством д.м.н. профессора Ю.В. Балякина проводились научные исследования по изучению продукции активных форм кислорода полиморфно-ядерными лейкоцитами периферической крови у пациентов с воспалительными заболеваниями органов брюшной полости.

В 2010–2015 годах под руководством д.м.н. С.В. Чаусовой проводились научные исследования по изучению механизмов непереносимости псевдоаллергенов (нестероидных противовоспалительных препаратов, пищевых красителей). По результатам данных исследований в 2016 году получены 2 патента на изобретения. 

В 2019–2024 гг. под руководством доктора медицинских наук, профессора РАН Н.А. Маянского при поддержке гранта Российского научного фонда было выполнено фундаментальное исследование в области медицинской микробиологии и антимикробной резистентности. В рамках проекта «Геномная эволюция Pseudomonas aeruginosa в условиях формирования резистентности к карбапенемам и колистину in vitro» получены новые данные о скорости и генетических механизмах адаптации P. aeruginosa к воздействию меропенема и колистина. Исследование охватывало штаммы различных генетических типов, включая представителей клональных комплексов высокого эпидемического риска.

В 2019–2021 гг. научная группа профессора Н.А. Маянского охарактеризовала актуальную серотиповую структуру российской популяции Streptococcus pneumoniae. Полученные данные уточнили научные подходы для совершенствования вакцинопрофилактики пневмококковых инфекций.