Важнейшим направлением деятельности кафедры является научно-исследовательская работа, к выполнению которой широко привлекаются и студенты. Это позволило проводить оптимальный отбор выпускников для прохождения аспирантуры, а затем рекомендовать некоторых из них на преподавательскую работу. Так преподавателями кафедры стали выпускники МБФ Ю.В. Балякин, О.Ю. Филатов, С.В. Чаусова, Е.А. Усанова, А.В. Иванова.

Научные исследования на кафедре общей патологии посвящены исследованию патогенеза аллергических и псевдоаллергических процессов. Дальнейшее развитие этого направления привело к открытию ряда новых важных фактов. Так, на основе снижения активности глюкокортикоидных гормонов в тканях при аллергической альтерации (Ю.Л. Гулый, С.М. Орлов, Ю.П. Сюсюкин, 1964–1967 гг.) сделано заключение о развитии при аллергии вненадпочечниковой глюкокортикоидной недостаточности и вскрыты некоторые ее механизмы.

В 70-е годы была обнаружена важнейшая, ранее неизвестная реакция иммунной системы на антигенную стимуляцию, выражающуюся в торможении глюкокортикоид-зависимого апоптоза лимфоцитов крови людей, лимфатических узлов и зобной железы животных. Эта реакция проявлялась относительным и абсолютным ростом глюкокортикоидрезистентной фракции лимфоцитов (Д.С. Донадзе, Е.Э. Арутюнова, И.А. Ходакова, Ю.В. Балякин, С.В. Смирнова). Эти данные позволили обосновать концепцию патогенеза глюкокортикоидной зависимости, развивающейся у больных аутоиммунными заболеваниями при лечении их глюкокортикоидными гормонами. Основу этой зависимости составляет неадекватность выработавшегося в процессе эволюции приспособительного механизма, направленного на обеспечение иммунного ответа в условиях стресса. Суть этого механизма заключается в том, что лимфоциты, осуществляющие эффекторную функцию иммунного ответа, становятся резистентными к лимфолитическому действию глюкокортикоидов. Более того, глюкокортикоиды стимулируют увеличение количества этих лимфоцитов. Это биологически целесообразно при поступлении в организм экзогенных антигенов. При аутоиммунных заболеваниях иммунный ответ направлен против своих антигенов. Поэтому лечение глюкокортикоидами включает порочный круг — идет подавление воспаления и отсюда клиническое улучшение и одновременно стимулируется иммунная реакция против собственных тканей, что усиливает повреждение и не дает возможности прекратить лечение глюкокортикоидами. Для предотвращения глюкокортикоидной зависимости было предложено сочетать прием глюкокортикоидов одновременно с иммунодепресантами (1990, 1991).

В 90-е годы были продолжены работы по изучению феномена угнетения глюкокортикоид-зависимого апоптоза лимфоидных клеток. Результаты этих исследований были обобщены в докторской диссертации Ю.В. Балякина «Феномен глюкокортикоидной резистентности лимфоидных клеток» (1999). Одновременно были развернуты исследования по анализу сути феномена атопии. Последнее связано с тем, что суть атопии обычно сводится только к более облегченному включению IgE-опосредованного иммунного механизма на антигены окружающей среды. Анализ и обобщение данных литературы позволили сформулировать представление об атопии как феномене, в развитии которого принимают участие не только имунные (IgE-опосредованные), но и группа неиммунных (неспецифических) механизмов, что создает особое качество, отличающее атопию от анафилаксии (1997, 1999). Исходя из того, что признаки атопии (специфические и неспецифические) кодируются не менее, чем 20 генами, расположенными на разных хромосомах, создаются условиях для их независимой друг от друга передачи, что приводит к образованию различных наборов генов их атопического генотипа у каждого индивидуума. Это лежит в основе формирования как минимум трех конституциональных типов людей: двух крайних - истинный атопический с преобладанием IgE-иммунных механизмов и псевдоатопический - с преобладанием неспецифических механизмов развития и средний между ними конституциональный тип с иммунными и неиммунными механизмами. Эту концепция была использована для обоснования новой классификации форм бронхиальной астмы (1999, 2000).

Тесно связано с этим направлением изучение способности лейкоцитов крови образовывать активные формы кислорода при аллергических и псевдоаллергических заболеваниях (О.Ю. Филатов). Выявлены различия в образовании этих форм кислорода при атопии и псевдоатопии. Результаты этих экспериментов обобщены в докторской диссертации О.Ю. Филатова (1999).

Разработан и внедрен в практику метод лабораторной диагностики повышенной чувствительности к различным аллергенам, включая пенициллин (Пыцкий В.И., Филатов О.Ю.) и к псевдоаллергенам (салицилат натрия, анальгин, новокаин и др.) (Чаусова С.В., Филатов О.Ю., Пыцкий В.И.).

По результатам исследований сотрудниками кафедры было опубликовано более 400 научных работ, защищено 33 кандидатских и 8 докторских диссертаций. В стадии выполнения находятся 4 диссертационных исследования. Студентами выполнено и защищено более 50 выпускных квалификационных работ.

В 1985 году получено авторское свидетельство № 1436643. Приоритет 13.12.85. Зарегистрир. 8.07.88.

В 2016 году получены 2 патента на изобретения: Патент № 2575567 «Способ диагностики in vitro повышенной чувствительности к псевдоаллергенам и подбора противоаллергических препаратов». Авторы: Чаусова С.В., Гуревич К.Г., Бондарева Г.П., Усанова Е.А., Филатов О.Ю., Малышев И.Ю.;

Патент № 2587327 «Способ диагностики in vitro специфической сенсибилизации организма к бактериальным аллергенам» Авторы: Чаусова С.В., Гуревич К.Г., Бондарева Г.П., Усанова Е.А., Арутюнова Е.Э., Балякин Ю.В.

В 2019–2024 гг. под руководством доктора медицинских наук, профессора РАН Маянского Н.А. при поддержке гранта Российского научного фонда было выполнено фундаментальное исследование в области медицинской микробиологии и антимикробной резистентности. В рамках проекта «Геномная эволюция Pseudomonas aeruginosa в условиях формирования резистентности к карбапенемам и колистину in vitro» получены новые данные о скорости и генетических механизмах адаптации P. aeruginosa к воздействию меропенема и колистина. Исследование охватывало штаммы различных генетических типов, включая представителей клональных комплексов высокого эпидемического риска.

В 2019–2021 гг. научная группа профессора Н.А. Маянского охарактеризовала актуальную серотиповую структуру российской популяции Streptococcus pneumoniae. Полученные данные уточнили научные подходы для совершенствования вакцинопрофилактики пневмококковых инфекций.

С результатами научных исследований кафедра постоянно участвует в крупных российских и международных съездах, конгрессах, конференциях, симпозиумах. В.И. Пыцким опубликовано несколько монографий: «Кортикостероиды и аллергические процессы» (1976), «Аллергические заболевания» (1984, 1991, 1999). В.И. Пыцкий, Ю.В. Балякин, О.Ю. Филатов являются соавторами трех учебников по патофизиологии для студентов медицинских вузов. В 2013 г. была издана монография «История общей патологии. Годы и люди» (Г.В. Порядин, Ю.В. Балякин, Ж.М. Салмаси). Научные работы кафедры были высоко оценены на конкурсах ГОУ ВПО РГМУ им. Н.И. Пирогова (В.И. Пыцкий, Ю.В. Балякин, О.Ю. Филатов), что нашло выражение в присуждении четырех дипломов лауреатов за лучшую научно-исследовательскую работу. В 1990 г. в Актовый день института В.И. Пыцкий выступил с актовой речью «Новое представление о механизме развития глюкокортикоидной зависимости».

С 2019 по 2026 годы на кафедре общей патологии увеличилось количество преподаваемых дисциплин. Помимо дисциплин «Общая патология: патологическая анатомия, патофизиология» и «Патология» кафедра стала реализовывать новые дисциплины, такие как «Клиническая лабораторная диагностика», «Лабораторная медицина: принципы и практика», «Гистология», «Основы онкологии», «Системы управления лабораторной информацией», «Секционный курс», а также «Практика по гистологии» и другие.

Всего на кафедре реализуются 16 дисциплин для образовательных программ по специальностям 30.05.01 «Медицинская биохимия», 30.05.02 «Медицинская биофизика», 30.05.03 «Медицинская кибернетика», 31.05.01 «Лечебное дело» (профиль «Фундаментальная медицина»), 06.05.02 «Фундаментальная и прикладная биология», 33.05.01 «Фармация», 31.05.03 «Стоматология», а также направлениям подготовки  06.03.01 «Биология» (бакалавриат), 06.04.01 «Биология» (магистратура), 12.04.04 «Биотехнические системы и технологии» (магистратура). Также на кафедре проводятся учебные и производственная практики.

С 2022 года на кафедре обучаются ординаторы по специальности 31.08.05 «Клиническая лабораторная диагностика».

За свой многогранный и добросовестный труд сотрудники кафедры награждены Почетными грамотами Министерства здравоохранения, Министерства образования, Президиума РАМН, знаками «Отличник здравоохранения», «Международное признание».

Дальнейшее развитие кафедры общей патологии МБФ будет вносить существенный вклад в подготовку высококлассных специалистов – выпускников Института биомедицины (МБФ).