Кафедра стоматологии при 2-ом Московском Университете, впоследствии переименованном во 2-ой Московский ордена Ленина Государственный медицинский институт (МОЛГМИ), затем в Российский государственный медицинский университет им. Н.И. Пирогова (РГМУ), в настоящее время — Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова была создана в 1922 г. Основателем кафедры одонтологии – так называлась кафедра вначале, стал известный хирург, основоположник Российской судебной стоматологии и военной челюстно-лицевой травматологии доктор медицины Гилярий–Здислав Иванович Вильга.

С 1925 по 1933 гг. кафедрой руководил профессор Карл Иванович Коган, о котором Сергей Михайлович Эйзенштейн в своих мемуарах писал: «Кто в Москве не знает Карла Ивановича Когана — мага и чародея стоматологии и остеологии?». Возглавляя кафедру,  Карл Иванович  много сделал для ее развития. В 1925 г. он стал организатором одной из первых в стране лабораторий экспериментальной стоматологии. Основным направлением научной работы кафедры в те годы являлось изучение морфологии зуба и околозубных тканей, этиологии и патогенеза парадонтита. Карлом Ивановичем были опубликованы ряд научных работ: «О рассасывании дентина тканью пульпы при хронических пульпитах» (1924), «Об инъекционном методе лечения невралгии тройничного нерва» (1929), работы организационного плана: «Развитие кафедры одонтологии 2 Московского Государственного Университета» (1927), «Итоги и перспективы деятельности Московского Одонтологического Общества» (1927).

С 1933 по 1934 гг. кафедру возглавлял профессор Г.Л. Фельдман – представитель терапевтической стоматологии. Занимаясь изучением методов диагностики и лечения пульпита, Г.Л. Фельдман стал одним из пионеров консервативного метода лечения травматического пульпита. Наиболее известными среди его научных работ стали: «Действие формалина и трикрезолформалина на парадонт при лечении и пломбировании корней» (1927); «Современное состояние консервативного зубоврачевания в свете экспериментальных данных» (1930).

В 1930 году, когда на месте расформированного 2-го Московского университета, был создан 2-й Московский медицинский институт, именно здесь первоначально предполагалось организовать центр высшего стоматологического образования в стране. С этой целью, на медико-профилактическом (впоследствии – лечебном) факультете должно было создаваться стоматологическое отделение. В 1934 г. сюда перешел на работу основоположник российской стоматологической высшей школы – Александр Иванович Евдокимов, впоследствии — член-корр. АМН СССР, кавалер четырех орденов Ленина, председатель Всесоюзного научного медицинского общества стоматологов. Им основан первый в Москве стационар неотложной хирургической стоматологической помощи, который до настоящего времени сохраняет свои ведущие позиции.

Александр Иванович Евдокимов заведовал кафедрой вплоть до 1938 г., пока не перешел на заведование кафедрой хирургической стоматологии Московского медицинского стоматологического института им. Н.А Семашко (ММСИ) ныне Московский государственный медико-стоматологический университет им. Н.А Семашко (МГМСУ). 

В октябре 1939 г. кафедра была преобразована в курс стоматологии при кафедре госпитальной хирургии лечебного факультета. Курс возглавил доцент Яков Иосифович Гутнер (1989–1974). Основными направлениями его научной деятельности были проблемы терапевтической стоматологии и обезболивания в стоматологии. Яков Иосифович является автором популярных в те годы монографий «Оперативная техника лечения кариеса зубов», «Клиника и лечение болезней пульпы и периодонта», «Практикум по терапевтической стоматологии». Его работы внесли значимый вклад в изучение и разработку методик лечения периодонтитов и его осложненных форм. В том же 1939 году, в соответствии с приказом Народного комиссариата обороны СССР, при 2-ом Московском медицинском институте был создан военный факультет, который функционировал до 1944 года. Для курсантов этого факультета Я.И. Гутнер разработал специальный курс военной челюстно-лицевой травматологии, им был написан ряд работ, касающихся травмы и воспалительных процессов челюстно-лицевой области: «Транспортная иммобилизация огнестрельных переломов челюстей», «Огнестрельные остеомиелиты челюстей и их особенности», «Слюнные свищи огнестрельного происхождения», «Методика удаления инородных тел при слепых ранениях челюстей», «Повреждения зубов и санация полости рта у челюстных раненых», «Хирургическое лечение абсцедирующих форм лимфаденита».               

В годы Великой Отечественной войны сотрудники клиники были призваны на фронт. Однако уже в 1943 г. кафедра была восстановлена, 2-ой Московский медицинский институт переведен из Омска, куда он был эвакуирован, обратно в Москву. Новым руководителем кафедры стал ученик профессора Ильи Генриховича Лукомского кандидат медицинских наук Иосиф Михайлович Старобинский.

В 1957 г. преподавание стоматологии во 2-ом МОЛГМИ возглавил ведущий в СССР специалист по реконструктивно-восстановительной хирургии лица и шеи профессор Федор Михайлович Хитров, лауреат Ленинской премии, заслуженный деятель науки РСФСР, являющийся автором 30 новых способов закрытия дефектов лица и шеи.

С 1958 по 1984 г. кафедру возглавляла ученица профессора Ф. М. Хитрова  Клавдия Александровна Молчанова. Клавдия Александровна Молчанова родилась в 1919 году, по окончании в 1942 г. Московского стоматологического института, работала в 4-м главном управлении МЗ СССР. В 1965 г., под руководством профессора Ф. М. Хитрова, Клавдия Александровна защитила докторскую диссертацию на тему: «Зияющие дефекты стенок гортанной части глотки и шейного отдела пищевода после операции удаления гортани и методика их устранения».  К.А. Молчановой был детально исследован процесс васкуляризации стебельчатого лоскута, и разработаны методы, способствующие ее оптимизации. Результатом этой работы можно считать  изданную Клавдией Александровной в 1970 г. монографию: «Пластика зияющих дефектов глотки, шейного отдела пищевода и рубцово суженой трахеостомы.»

С 1984 по 1998 гг. кафедрой руководил заслуженный врач РФ, профессор Владислав Петрович Зуев. В связи с отчетливо выраженной тенденцией к возрастанию удельного веса и утяжеления характера повреждений челюстно-лицевой области, отмечаемой уже с 70-х годов, научная тематика кафедры постепенно переключается на изучение имунобиологических аспектов воспалительных заболеваний челюстно-лицевой области, травм и их последствий. В 1988 г. на проблемной комиссии АМН СССР кафедра стоматологии 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова, возглавляемая профессором  В.П. Зуевым, признана ведущим учреждением в стране по изучению сочетанной челюстно-лицевой травмы. Владислав Петрович Зуев был одним из инициаторов выделения челюстно-лицевой хирургии в качестве отдельной врачебной специальности. В 1991 г. кафедра была переименована из кафедры стоматологии в кафедру челюстно-лицевой хирургии и стоматологии. Сотрудниками кафедры было разработано положение об отделении челюстно-лицевой хирургии. Соответствующим образом были переработаны учебные программы для студентов, ординаторов и аспирантов.

С 1999 по 2010 гг. кафедрой заведовал заслуженный врач РФ, профессор Андрей Георгиевич Притыко, директор научно Научно-практического центра медицинской помощи детям с пороками развития черепно-лицевой области и врожденными заболеваниями нервной системы, выпускник педиатрического факультета 2-го МОЛГМИ (1986). По егт инициативе кафедра впервые получила учебную базу в клинике НПЦ медицинской помощи детям с пороками развития черепно-лицевой области и врожденными заболеваниями нервной системы. Расширилась научная тематика кафедры, в план занятий со студентами и ординаторами были включены разделы, касающиеся изучения врожденных заболеваний черепно-лицевой области и их лечения. Лекции по этому новому направлению читали профессора кафедры Притыко Андрей Георгиевич и Бельченко Виктор Алексеевич. Параллельно, сотрудниками кафедры разрабатывались новые лекарственные композиции остеопластических материалов, создавались протоколы хирургического лечения больных с травмами костей лицевого скелета, в которых обобщался опыт, накопленный в ходе исследований предыдущих лет. Научные разработки кафедры в эти годы удостоены медалями 4-х международных выставок, защищены 5 патентами, из которых 2 Европейских.

В сентябре 2010 г. в связи с созданием в РГМУ стоматологического факультета кафедру реорганизовывают и переименовывают в кафедру челюстно-лицевой хирургии и стоматологии.

С 2010 по 2020 гг. кафедру возглавлял профессор Виктор Алексеевич Бельченко. Профессор В.А. Бельченко один из основателей черепно-лицевой хирургии в России, автор 20 изобретений, автор и соавтор более 300 научных работ, в области черепно-челюстно-лицевой хирургии, среди которых две монографии. Среди учеников профессора Бельченко 2 доктора и 12 кандидатов медицинских наук. В феврале 2013 г. Виктор Алексеевич назначен главным внештатным специалистом по челюстно-лицевой хирургии Департамента здравоохранения города Москвы. С апреля 2014 года возглавляет Челюстно-лицевой госпиталь для ветеранов войн.

С сентября 2020 г. кафедру возглавил кандидат медицинских наук, заведующий отделением стоматологии отдела медицинского сопровождения РНИМУ им Н.И. Пирогова  Еремин Дмитрий Анатольевич.