С 1989 г. кафедру возглавил профессор Валерий Федорович Демин, ученик и первый аспирант В.Ф. Таболина, исполнявший в течение 17 лет обязанности проректора по международным связям, известный педиатр, ученый. Основные направления работы кафедры были посвящены проблемам крови у детей, адаптации новорожденных, внутриутробной гипотрофии, проблемам экологии. Демин В.Ф. являлся автором многих патентов, среди них: «Способ профилактики дисбактериоза кишечника у новорожденных детей», «Способ скринингового обследования пациентов с помощью тест-системы ELI-Ren для диагностики и прогноза заболеваний органов мочевой системы».

С 2006 по 2010 г. кафедру возглавил его ученик Сергей Олегович Ключников.

В последствие большая часть этого коллектива в 2001 г. вошла в состав кафедры госпитальной педиатрии московского факультета. Возглавила кафедру ученица академика В.А. Таболина профессор Лидия Ивановна Ильенко, декан Московского факультета, а с 2013 г. декан педиатрического факультета.  

С момента своего основания кафедра продолжила научные исследования, посвященные актуальным проблемам перинатологии и педиатрии.

По инициативе профессора Л.И. Ильенко на кафедре в 2001 году был создан курс традиционных методов лечения с ФУВ. На курсе проводится первичная специализация и повышение квалификации врачей, осуществляется интеграция традиционных методов лечения в практическую медицину. Благодаря сотрудникам кафедры в практическом здравоохранении нашли широкое применение средства природного происхождения для лечения и профилактики первичной и вторичной гипогалактии, коррекции патологических состояний у новорожденных и детей раннего возраста, созданы лечебные и профилактические программы для часто болеющих детей, разработаны комплексные программы выхаживания новорожденных из групп высокого риска по нарушению адаптации.

Среди научно-клинических направлений кафедры особое внимание уделяется вопросам: питания беременных при физиологической и осложненной беременности, прогнозирования и профилактики аллергии у детей раннего возраста с позиций перинатальных факторов, наблюдения детей, родившихся в вертикальной позиции роженицы, а также детей после оперативного родоразрешения, конституционального подхода в педиатрии, особенностям адаптации, наблюдения и реабилитации недоношенных детей с низкой и экстремально массой тела.

В разделе неонатологии, нутрициологии приоритетным направлением является прогнозирование и профилактика пищевой аллергии у детей в антенатальном и постнатальном периоде, коррекция витаминно-минеральной недостаточности у детей с аллергическими заболеваниями.  

В разделе гастроэнтерология на кафедре занимаются синдром нарушенного кишечного всасывания, воспалительными заболеваниями толстой кишки, функциональными нарушениями моторики органов пищеварения, проблемами состояния микробиоценоза кишечника, функциональным питанием детей.

В разделе гематология на базе РДКБ приоритетное направление занимает лечение детей с сосудистыми заболеваниями, терапия иммунной тромбоцитопенической пурпуры.

В направлении онкогематологии уделяют внимание  вопросами оптимизации подходов к диагностике и лечению: острых нелимфобластных лейкозов у детей, гастроэнтерологических осложнений химиотерапии у онкологических больных в педиатрической практике на базе Морозовской детской городской клинической больницы, так же сотрудники кафедры занимаются организационными аспектами проведения клинических исследований и мониторинга безопасности исследуемых лекарственных препаратов.

В разделе нефрология  сотрудники занимаются такой патологией, как: нефротический синдром у детей, наследственные заболевания почек, пузырно-мочеточниковый рефлюкс, рефлюкс-нефропатия, артериальная гипертензия, инфекции мочевой системы у детей, нейрогенная дисфункция мочевого пузыря, энурез.

В разделе кардиология – такой патологией как: врождённые пороки сердца, нарушения ритма сердца у детей.

В настоящее время кафедра госпитальной педиатрии № 2 ПФ и кафедра госпитальной терапии педиатрического факультета на базе ГКБ им. Е.О. Мухина проводит уникальное клиническое исследование по применению термического гелия (аппарат «Гелиокс») при кислородном голодании.  

Заведующий кафедрой, заслуженный врач РФ, доктор медицинских наук, профессор Л.И. Ильенко – эксперт по средствам природного происхождения государственного фармакологического комитета, член этического комитета при Фармкомитете МЗРФ, эксперт ВОЗ по традиционным методам диагностики и лечения, Лауреат Премии Правительства Москвы, Лауреат Серебряной Доски Всемирной Организации здравоохранения «За развитие альтернативной медицины в мире», Лауреат Национального Конкурса Российская марка «Золотой знак качества», имеет почетный знак «Международное призвание» Европейского комитета по Наградам и Премиям ООН, в 2019 г. Лауреат Премии Персона года, в 2020 г. Лауреат Премии имени академика Ю. Е. Вельтищева.

В настоящее время на кафедре работают 9 докторов медицинских наук и 13 кандидатов медицинских наук. Большинство сотрудников кафедры выпускники второго медицинского университета, ученики известных педиатров: Н.И. Нисевич, В.А. Таболина, А.В. Мазурина, Н.С. Кисляк, М.Ф. Дещекиной, В.Ф. Демина сохраняют традиции, продолжают и развивают дело своих великих учителей.

Доцент кафедры Картавцева Лариса Руслановна является главным внештатным специалистом ДЗ  г. Москвы по первичной медико-санитарной помощи детскому населению, первый заместитель директора ГКУ «Дирекция по координации деятельности медицинских организаций ДЗМ».

Доцент кафедры Лазарева Светлана Ильтезяревна является заместителем министра здравоохранения Московской области, руководитель регионального проекта: «Развитие детского здравоохранения, включая создание современной инфраструктуры оказания медицинской помощи детям».

Доцент кафедры Тиганова Ольга Александровна является главным внештатным детским специалистом онкологом ДЗ г. Москвы.

Результаты научных изысканий по основным направлениям обобщены в 72 монографиях и руководствах, 76 учебных пособиях и методических рекомендациях, в более чем в 3000 публикациях в ведущих отечественных и зарубежных научных журналах. Под редакцией профессора Ильенко Л.И. и при участии профессоров и доцентов кафедры создан учебник по госпитальной педиатрии.

Сотрудники кафедры имеют патенты на изобретение: «Способ консервативного лечения тупой травмы глазного яблока, осложненной внутриглазным кровоизлиянием», «Способ диагностики пищевой аллергии».

Под руководством Л.И. Ильенко и профессоров кафедры защищено 4 докторские диссертации и 16 кандидатских диссертаций.

В 2008 году сотрудники кафедры стали лауреатами Премии Мэра г. Москвы за цикл работ по грудному вскармливанию.

В течение 19 лет кафедра осуществляет координацию программы Всемирной организации здравоохранения и ЮНИСЕФ по продвижению, поощрению и поддержке естественного вскармливания. В 2019 году клинической базе – Перинатальному центру ГКБ им. Е.О. Мухина присвоено звание "Больница, доброжелательного отношения к ребенку", в 2019 г. кафедре присвоено звание "Учреждение, доброжелательного отношения к ребенку" за многолетний плодотворный труд в поддержке и продвижении исключительно грудного вскармливания.

Кафедра госпитальной педиатрии № 2 ПФ принимает участие реализации проектов ДЗ г.  Москвы: «Школа профессионального роста» и «Доброжелательная детская поликлиника».

В 2017 г. сотрудники кафедры З.А. Кондрашова и М.Н. Абузин получили премию на Пироговской медицинской конференции молодых ученых за устный доклад "Использование сиролимуса в лечении детей с сосудистыми заболеваниями".

В 2019 г. на конференции "Лунц-Мазуринские чтения" аспирантка А.С. Наумова (научный руководитель: доцент кафедры О.А. Тиганова) заняла первое место с докладом "Локальный рецидив гиалино-васкулярного типа болезни Кастлемана у 10-летней девочки".

В 2020 году студенты научного кружка кафедры госпитальной педиатрии № 2 ПФ стали победителями Межрегиональной студенческой олимпиады по педиатрии и неонатологии.

Кафедра работает в тесном сотрудничестве с другими кафедрами университета: оториноларингологии, офтальмологии, дерматовенерологии, инфекционных болезней у детей, гигиены, госпитальной терапии, поликлинической и неотложной педиатрии, фармакологии педиатрического факультета, биоэтики лечебного факультета.

Сотрудники кафедры ведут совместные научные исследования с ведущими российскими и зарубежными медицинскими учреждениями и организациями.

Несмотря на свою молодость, кафедра имеет сложившиеся традиции и научно-педагогические достижения и обладает высоким потенциалом для дальнейшего роста и развития.