Факультетская терапевтическая клиника была основана на базе медицинского факультета МВЖК в 1909 г. Первым руководителем кафедры был крупный отечественный ученый – профессор Эдуард Владимирович ГОТЬЕ, ученик выдающегося русского терапевта А.А. Остроумова. Вновь организованная клиника размещалась в бывшем каретном сарае, переименованном в «летний корпус» 1-й Градской больницы, и располагала 52 койками. В штате клиники были 1 профессор и 3 ассистента. В 1911 г. клиника получила здание, специально построенное по инициативе и при активном содействии Э.В. Готье, с лабораторией и аудиторией, которая и до настоящего времени носит его имя.

В 1922-1924 гг. кафедрой заведовал  профессор Александр Петрович ЛАНГОВОЙ. Основой научной тематики кафедры в тот период были клинические проблемы болезней желудка, печени, почек и подострого септического эндокардита. В 1924-1930 гг. кафедрой руководил профессор Николай Александрович КАБАНОВ. Под его началом разрабатывалось «физиолого-биологическое» направление, изучались проблемы конституциональных особенностей организма, наследственности и их значение в патологии.  А.П. Ланговой и Н.А. Кабанов являлись ближайшими учениками А.А. Остроумова.

Продолжительное время – с 1931 г. по 1952 г. – клиникой руководил видный советский терапевт, заслуженный деятель науки РСФСР, профессор Элиазар Маркович ГЕЛЬШТЕЙН. В этот период клиника расширилась до 120 штатных коек, были организованы биохимическая, бактериологическая и экспериментальная лаборатории, два рентгеновских кабинета, электрокардиографический кабинет, кабинет для исследования газообмена, оборудованы водолечебница, палаты для кислородной терапии.

В 1931 г. центральной научной проблемой кафедры стали вопросы клиники и патогенеза ревматизма. Одновременно разрабатывались проблемы гипертонической болезни, легочных заболеваний. Сотрудниками кафедры была создана концепция о клинической эволюции ревматических поражений сердца. Было установлено, что суставной ревматизм может протекать и без поражений сердца. Было показано, что наиболее существенные биохимические нарушения при ревматизме соответствуют изменениям, свойственным экспериментальной аллергии, особенно, если последняя поддерживается в условиях хронической сенсибилизации (Э.М. Гельштейн, Н.Л. Стоцик, Б.Н. Рубинштейн). Экспериментальными исследованиями было впервые показано десенсибилизирующее влияние салицилатов на гипертонический процесс в миокарде. В дальнейшем изучались особенности течения ревматизма в условиях военного времени (М.Г. Багдатьян). Было показано значительное снижение заболеваемости ревматизмом, исчезновение суставных форм, а также заметное учащение в послевоенный период летальности от затяжного септического эндокардита у больных ревматизмом. Материалы по изучению ревматизма были доложены Э.М. Гельштейном на Всесоюзной конференции по ревматизму (1933), на Международном конгрессе по ревматизму (Москва, 1934), а также на ХШ съезде терапевтов.

Факультетская терапевтическая клиника явилась в СССР пионером в области изучения рентгенокимографии сердца. В.Г. Гинзбургом была сконструирована первая советская модель рентгенокимографа. Э.М. Гельштейн опубликовал монографию «Клиническое значение рентгенокимографии сердца» (1937), явившуюся одной из первых в отечественной и зарубежной литературе.

Большое место в научной тематике клиники занимали вопросы клинической химиотерапии: лечение малярии синтетическими препаратами (Б.Н. Рубинштейн, Р.С. Дубровская), лечение некоторых инфекций сульфаниламидами (Э.М. Гельштейн, Р.С. Дубровская, В.Б. Роттенберг, Ф.М. Шапиро и др.).

Э.М. Гельштейном совместно с академиком АМН СССР В.Ф. Зелениным был выпущен учебник «Частная патология и терапия внутренних болезней» (1935, 1940, 1942, 1947, 1950), ставший настольной книгой врачей. В 1947 г. вышла книга Э.М. Гельштейна «Алиментарная дистрофия». Им также была написана монография «Инфаркт миокарда» (1948, 1951). Были опубликованы работы М.Г. Багдатьян «О клинике послевоенного ревматизма» и «О длительности жизни ревматиков и причинах их смерти». Под руководством Э.М. Гельштейна было защищено 10 докторских и кандидатских диссертаций. Сотрудники кафедры опубликовали более 180 научных работ.

С 1952 г. по 1976 г. факультетской терапевтической клиникой заведовал выдающийся советский ученый, академик АМН СССР, вице-президент АМН СССР, Герой Социалистического Труда, профессор Анатолий Иннокентьевич НЕСТЕРОВ. Научно-исследовательская работа кафедры в тот период была сосредоточена на проблеме ревматизма и болезней суставов. На основании многочисленных исследований, проведенных в клинике, А.И. Нестеров разработал и обосновал инфекционно-нейрогенную теорию патогенеза ревматизма с участием аллергических механизмов. Большую роль сыграли исследования, подтвердившие этиологическую роль бета-гемолитического стрептококка группы А в развитии ревматизма. Были также отмечены нарушения высшей нервной деятельности у больных ревматизмом и ревматоидным артритом (РА). Проводились исследования по висцеральной патологии при РА, по изучению гипертонии малого круга кровообращения при пороках сердца. Коллектив клиники уделял большое внимание проблеме лечения больных ревматизмом и РА.

По предложению А.И. Нестерова был разработан и внедрен в практику метод бициллино-аспириновой профилактики рецидивов ревматизма, позволивший снизить их число в 3-4 раза. Также по его инициативе была организована ревматологическая служба в СССР: кардиоревматологические центры, диспансеры, кабинеты для взрослых и детей. Эта система была утверждена специальным приказом министра здравоохранения СССР (1958). В 1962 г. в Москве насчитывалось 64 ревматологических кабинета. В 1979 г. это число увеличилось до 173. В настоящее время их 147.

А.И. Нестеров был инициатором созданий первого в СССР кардиоревматологического диспансера, открытого в 1961 г. при ГКБ № 1 им. Н.И. Пирогова. Теперь он преобразован в Московский городской ревматологический центр, который совместно с кафедрой факультетской терапии лечебного факультета РГМУ проводит большую лечебно-профилактическую, педагогическую и организационно-методическую работу в столице.

На кафедре факультетской терапии был разработан и внедрен в практику метод комплексного гормонально-медикаментозного лечения больных ревматизмом, что позволило снизить длительность активного периода болезни, летальность и инвалидизацию больных. В результате планомерно проводимых профилактических мероприятий сократилась первичная заболеваемость ревматизмом. Таким образом, кафедра явилась инициатором организации в СССР противоревматической службы, в результате чего в поликлиниках была выделена штатная единица врача-ревматолога.

В целях совершенствования диагностики ревматизма и ревматических заболеваний группой сотрудников АМН СССР при кафедре успешно разрабатывались новые иммунологические и функциональные методики (электроэнцефалография, векторкардиография и др.). Определению титров противострептококковых антител и ревматоидного фактора в реакции геммагглютинации были посвящены научные труды В.Н. Анохина и Ю.К. Токмачева. В настоящее время эти методы широко вошли в клиническую практику.

В многотомном руководстве по внутренним болезням, изданном в 1960-е гг., редактором 8-го тома был А.И. Нестеров. В этом томе сотрудниками кафедры написаны главы о лечении и профилактике ревматизма и РА. А.И. Нестеровым и Я.А. Сигилиным издана монография «Клиника коллагеновых болезней», удостоенная премии им. Н.Д. Стражеско (2-е издание – 1966 г.). В 1973 г. вышла в свет фундаментальная монография А.И. Нестерова «Ревматизм». В 1976 г. издана монография М.В. Курашовой «Амилоидоз почек при ревматоидном артрите». За цикл работ по изучению патоморфогенеза, клиники, диагностики, лечения и профилактики ревматических заболеваний А.И. Нестеров совместно с А.И. Струковым и Е.М. Тареевым были удостоены Ленинской премии (1974).

В 1958 г. по инициативе А.И. Нестерова был создан Институт ревматизма (ныне – Институт ревматологии), который он возглавлял в течение 12 лет. С 1961 г. также по инициативе А.И. Нестерова было возобновлено издание журнала «Вопросы ревматизма», главным редактором которого он был до 1979 г. В 1979-1990 гг. редакцию этого журнала возглавлял В.Н. Анохин. На его страницах освещались основные достижения отечественной и зарубежной ревматологии, обсуждались направления развития практической ревматологии и актуальные научные исследования.

Всесоюзное ревматологическое общество было создано также по инициативе А.И. Нестерова. При его непосредственном участии и участии сотрудников кафедры были организованы и проведены 1-й и 2-й Всесоюзные съезды ревматологов (Москва, 1971, 1978). С 1952 г. сотрудники кафедры принимали участие в работе всех европейских и международных конгрессов и симпозиумов (Женева, 1953; Гаага, 1955; Торонто, 1957; Стамбул, 1959; Рим, 1981; Афины, 1987 и т.д.), а также в работе большинства национальных ревматологических конгрессов стран Восточной Европы. В 1961 г. была проведена Всесоюзная ревматологическая конференция с международным участием (Г. Селье, Ф. Хенч, Коста, Стойя и др.).

За годы руководства факультетской терапевтической клиникой Э.М. Гельштейном и А.И. Нестеровым из ее состава вышли профессора С.М. Мелких (Москва), Е.И. Цукерштейн (первый директор 2-го МГМИ, Москва, затем - Ленинград), В.И. Никитин (Архангельск), М.Г. Астапенко, В.И. Сачков, И.Е. Сперанская, Ю.К. Токмачев, В.Н. Анохин, Я.А. Сигилин, Л.В. Иевлева (Москва), Е.С. Мясоедов (Иваново), Р.Ф. Гавалова, Р.А. Карабаева (Ташкент) и др.

С 1976 г. кафедрой руководил ближайший ученик А.И. Нестерова – заслуженный деятель науки РФ, профессор Василий Нефедович АНОХИН. Основным научным направлением кафедры оставалась разработка вопросов этиологии, патогенеза, лечения ревматических и неревматических заболеваний, в т.ч. проблемы этиологического диагноза ревматизма, инфекционного эндокардита, неревматического кардита, вопросов дифференциального диагноза, поражения сердца при этих заболеваниях, этиологии и лечения различных заболеваний суставов. Большое внимание уделялось изучению и внедрению в практику новых методов исследования. Был создан эхокардиографический кабинет, научная задача которого – разработка вопросов дифференциальной диагностики различных пороков сердца и кардиомиопатии, выявление эхокардиографических признаков поражения сердца при ревматизме, инфекционном эндокардите, пролапсе митрального клапана и др. Был защищен ряд диссертаций, а также проведено изучение функциональных методов исследования, включающих в себя велоэргометрическую пробу, ортостатическую, калий-индераловую пробы для дифференциации органических и функциональных поражений миокарда. Освоены временные методы иммунологических исследований, отражающих функциональное состояние иммунной системы организма при различных ревматических заболеваниях. Продолжалось совершенствование методов диагностики, лечения и профилактики ревматизма, РА, заболеваний суставов, инфекционного эндокардита, изучались вопросы дифференцированной терапии больных ревматизмом глюкокортикостероидами.