Кафедра биоинформатики МБФ была создана д.б.н., профессором РАН Лагуниным Алексеем Александровичем по инициативе ректора РНИМУ имени Н.И. Пирогова профессора А.Г. Камкина в сентябре 2014 года для преподавания биоинформатики и связанных с ней дисциплин студентам Университета. Она стала первой кафедрой биоинформатики в российских медицинских вузах. Направление научных интересов кафедры лежит в области объединения подходов и методов системной биологии, хемо- и биоинформатики в медико-биологических исследованиях и компьютерном конструировании лекарств, а также анализ данных высокопроизводительного секвенирования (NGS) в клинических и научных исследованиях. Основной научной базой кафедры является лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича.

В 2019 году кафедра стала выпускающей для магистратуры по направлению обучения 06.04.01 Биология, профиль «Медицинская биоинформатика», в 2020 году – выпускающей кафедрой для специалитета 30.05.03 Медицинская кибернетика, профиль «Биоинформатика», а в 2025 году – выпускающей кафедрой для магистратуры по направлению обучения 06.04.01 Биология, профиль «Компьютерное конструирование лекарств». Кафедра биоинформатики МБФ также отвечает за специализацию «Биоинформатика» у студентов специальности  06.05.02 Фундаментальная и прикладная биология.

Для проведения занятий со студентами используется 4 компьютерных класса, с интерактивными проекторами, современными высокопроизводительными персональными компьютерами и доступом в локальную сеть Университета и Интернет. Компьютерные классы № 046, 046.1, 075 рассчитаны на обучение групп из 15 студентов, а компьютерный класс № 055 – рассчитан на обучение 12 студентов.