ОЗВУЧИТЬ

Кафедра биоинформатики МБФ

Кафедра биоинформатики приглашает студентов МБФ для выполнения производственных практик и дипломных работ по следующим направлениям:

  • Анализ NGS данных для выявления наследственных заболеваний и подбора персонализированной терапии;
  • Использование методов компьютерного конструирования лекарств для создания и поиска новых лекарственных веществ.
  • Использование методов системной биологии и OMICS данных в биомедицинских исследованиях;
  • Использование описания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей в виде их структурных формул для анализа сходства и функциональных особенностей биологических макромолекул в биомедицинских исследованиях;
  • Анализ биомедицинских изображений;
  • Математическое моделирование в биологии и медицине.
+
-
Дипломные работы, выполненные на базе кафедры биоинформатики МБФ

Студент

Специальность

Тема диплома

Руководитель

2024

Порфирьева Е.С.

Магистратура Биология, профиль Молекулярная иммунология

Прогноз патогенных аминокислотных замен в белках, связанных с первичным иммунодефицитом

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Пролыгина Ю.О.

Магистратура Биология, профиль Молекулярная иммунология

Компьютерный прогноз неоэпитопов опухолей

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

2023

Журавлева С.И.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Создание классификационных моделей «структура-свойство» для прогноза аминокислотных замен в белках, приводящих к лекарственной резистентности опухолей.

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Дмитриев Д.А.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Прогнозирование влияния мутаций гена OTOF на развитие заболевания спектра аудиторных нейропатий.

Доцент
Б.В. Шилов

Дублин А.Р.

Медицинская биохимия

Компьютерный прогноз синергизма лекарственных веществ в отношении цитотоксичности к опухолевым клеточным линиям

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Смирнов А.С.

Медицинская кибернетика

Предсказание Т-клеточных эпитопов на основе структурных формул последовательностей белков

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Шобик Р.Ю.

Медицинская кибернетика

Компьютерный поиск новых ингибиторов поло-подобной киназы 1 типа (PLK1)

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Дмитриев А.А.

Бакалавриат Биология

Прогнозирование нарушений механизма сплайсинга по структуре нуклеотидных последовательностей на основе MNA-дескрипторов и Байесовского алгоритма

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Лебедев Н.В.

Бакалавриат Биология

Прогнозирование Nε-ацетилирования лизина на основе дескрипторов многоуровневых атомных окрестностей и Байесовского алгоритма

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

2022

Кондратьева О.В.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Поиск новых лекарственных мишеней для терапии ХОБЛ

Доцент Иванов С.М.

Кремлякова Ю.А.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Прогноз патогенных мутаций в белок не кодирующих областях генома на основе дескрипторов нуклеотидных остатков

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Передкова Л. С.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Анализ дифференциальной генной экспрессии клеток крови пациентов с ВИЧ

Доцент Иванов С.М.

Сезганова А. С.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Создание (Q)SAR моделей для прогноза цитотоксичности соединений в отношении клеточных линий рака молочной железы

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

2021

Кульмухаметова О.Н.

Магистратура Биология, профиль Медицинская биоинформатика

Анализ субпопуляций гетерогенных нейрональных культур, полученных in vitro дифференцировкой из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, при помощи секвенирования РНК единичных клеток

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

2019

Полынцева В.Ю.

Медицинская кибернетика

Поиск зависимости между клиническими данными, полиморфизмом генов врожденного иммунитета и развитием пневмонии новорожденных

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

Романова М.А.

Медицинская кибернетика

Компьютерная оценка ингибирования hERG канала на основе анализа связи "структура-активность"

Зав. кафедрой А.А. Лагунин

2018

Ивашкин А.А.

Медицинская кибернетика

Виртуальный поиск новых ингибиторов МЕК киназ с помощью анализа связи "структура-активность" и молекулярного докинга

Доцент
Б.В. Шилов

Учебно-методические материалы

Вводные занятия

Учебная дисциплина "Биоинформатика". Специалитет "Медицинская биофизика", Медицинская биохимия", Медицинская кибернетика"

+
-
Основные разделы программы дисциплины
  1. Биоинформатика как наука. Виды биологических последовательностей. Источники. Биоинформатические базы данных. Основы поиска записей, их использование в практической работе. Геномные браузеры. Основные научные проекты — генераторы молекулярно биологических данных.
  2. Парное выравнивание. Матрицы замен. BLAST, PSI-BLAST.
  3. Множественное выравнивание. Профили. Домены. Базы данных PROSITE и PFAM.
  4. Филогенетический анализ и молекулярная эволюция.
  5. Структурная биоинформатика.
  6. Биоинформатические подходы  к анализу РНК. Экспрессия генов: анализ микроэррейных данных.
  7. Биоинформатика для протеомных исследований. Белок-белковые взаимодействия. Регуляторные и метаболические пути. Построение и анализ биологических сетей.
  8. NGS – секвенирование следующего поколения.
  9. Сборка геномов. Биоинформатика в медицинских исследованиях и клинике.