ОЗВУЧИТЬ

Кафедра молекулярной биологии и медицинской биотехнологии МБФ

Научная работа

+
-

Список публикаций кафедры

Статьи с 2020 года

  1. Kozin M., Kulakova O., Kiselev I., Baulina N., Boyko A., Favorova O. Mitonuclear interactions influence multiple sclerosis risk // Gene. — 2020. — Vol. 758. — P. 144962. — DOI: 10.1016/j.gene.2020.144962.
  2. Osmak G., Kiselev I., Baulina N., Favorova O. From miRNA Target Gene Network to miRNA Function: miR‑375 Might Regulate Apoptosis and Actin Dynamics in the Heart Muscle via Rho‑GTPases‑Dependent Pathways // International Journal of Molecular Sciences. — 2020. — Vol. 21, № 24. — P. 9670. — DOI: 10.3390/ijms21249670.
  3. Рожков А. Н., Щекочихин Д. Ю., Баулина Н. М., Матвеева Н. А., Фаворова О. О., Аксельрод А. С., Тебенькова Е. С., Гогниева Д. Г., Копылов Ф. Ю. Анализ уровней циркулирующих микро‑РНК у пациентов с коронарной болезнью сердца при различной степени риска развития сердечно‑сосудистых осложнений. Корреляция с данными МСКТ‑КА // Вестник Российской академии медицинских наук. — 2020. — Т. 75, № 4. — С. 283–291. — DOI: 10.15690/vramn1325.
  4. Козин М. С., Киселев И. С., Бойко А. Н., Кулакова О. Г., Фаворова О. О. Сочетанное влияние ядерного и митохондриального геномов на риск развития рассеянного склероза // Неврология, нейропсихиатрия, психосоматика. — 2020. — Т. 12, № 1S. — С. 15–19. — DOI: 10.14412/2074‑2711‑2020‑1S‑15‑19.
  5. Киселев И. С., Козин М. С., Баулина Н. М., Павлова Г. В., Бойко А. Н., Кулакова О. Г., Фаворова О. О. Полиморфные варианты локуса PVT1 влияют на тяжесть течения рассеянного склероза // Неврология, нейропсихиатрия, психосоматика. — 2020. — Т. 12, № 1S. — С. 4–8. — DOI: 10.14412/2074‑2711‑2020‑1S‑4‑8.
  6. Baulina N., Kiselev I., Favorova O. Imprinted Genes and Multiple Sclerosis: What Do We Know? // International Journal of Molecular Sciences. — 2021. — Vol. 22, № 3. — P. 1346. — DOI: 10.3390/ijms22031346.
  7. Kiselev I. S., Kulakova O. G., Boyko A. N., Favorova O. O. DNA Methylation As an Epigenetic Mechanism in the Development of Multiple Sclerosis // Acta Naturae (англоязычная версия). — 2021. — Vol. 13, № 2. — P. 45–57. — DOI: 10.32607/actanaturae.11043.
  8. Киселев И. С., Кулакова О. Г., Бойко А. Н., Фаворова О. О. Вовлечение эпигенетического механизма метилирования ДНК в развитие рассеянного склероза // Acta Naturae (русскоязычная версия). — 2021. — Т. 13, № 2(49). — С. 45–57. — DOI: 10.32607/actanaturae.11043.
  9. Сидько А. Р., Осьмак Г. Ж., Титов Б. В., Сухинина Т. С., Фаворова О. О. Полиморфные варианты генов PIK3CA, CDKN2B‑AS1 и AGTR1 ассоциированы с возрастом дебюта инфаркта миокарда // Кардиологический вестник. — 2021. — Т. 16, № 1. — С. 43–48. — DOI: 10.17116/Cardiobulletin20211601143.
  10. Козин М. С., Киселёв И. С., Баулина Н. М., Павлова Г. В., Бойко А. Н., Кулакова О. Г., Фаворова О. О. Риск рассеянного склероза: анализ взаимодействий между вариантами ядерного и митохондриального геномов // Молекулярная биология. — 2021. — Т. 55, № 6. — С. 956–964. — DOI: 10.31857/S0026898421060070.
  11. Kozin M. S., Kiselev I. S., Baulina N. M., Pavlova G. V., Boyko A. N., Kulakova O. G., Favorova O. O. Risk of Multiple Sclerosis: Analysis of Interactions between Variants of Nuclear and Mitochondrial Genomes // Molecular Biology. — 2021. — Vol. 55. — P. 839–846. — DOI: 10.1134/S0026893321050071.
  12. Матвеева Н. А., Баулина Н. М., Киселев И. С., Титов Б. В., Фаворова О. О. Повышенный уровень микроРНК miR‑375 в культуре эндотелиальных клеток HUVEC влияет на экспрессию генов, вовлечённых в развитие сердечно‑сосудистых заболеваний // Кардиологический вестник. — 2022. — Т. 17, № 1. — С. 29–35. — DOI: 10.17116/Cardiobulletin20221701129.
  13. Pisklova M., Osmak G., Favorova O. Regulation of SMAD Signaling Pathway by miRNAs Associated with Myocardial Fibrosis: In silico Analysis of Target Gene Networks // Biochemistry (Moscow). — 2022. — Vol. 87, № 8. — P. 832–838. — DOI: 10.1134/S0006297922080144.
  14. Писклова М. В., Осьмак Г. Ж., Фаворова О. О. SMAD‑сигнальный путь — объект регуляторных эффектов микроРНК, ассоциированных с фиброзом миокарда: in silico анализ сетей взаимодействия генов‑мишеней // Биохимия. — 2022. — Т. 87, № 7. — С. 843–850. — DOI: 10.31857/S0320972522070016.
  15. Matveeva N. A., Titov B. V., Bazyleva E. A., Kuchinskaya E. A., Kozin M. S., Favorov A. V., Pevzner A. V., Favorova O. O. Association of Polymorphic Genome Variants in the 2q32.1 Locus with the Development of Vasovagal Syncope // Molecular Biology. — 2023. — Vol. 57, № 5. — P. 843–847. — DOI: 10.1134/S0026893323050126.
  16. Kiselev I. S., Kulakova J. G., Baturina O. A., Kabilov M. R., Boyko A. N., Favorova O. O. DNA Methylation Profile of CD14+ Monocytes Changes in Primary Progressive Multiple Sclerosis // Molecular Biology. — 2023. — Vol. 57, № 5. — P. 836–842. — DOI: 10.1134/S0026893323050047.
  17. Киселев И. С., Кулакова О. Г., Батурина О. А., Кабилов М. Р., Бойко А. Н., Фаворова О. ОО. Изменение профиля метилирования ДНК CD14+ моноцитов при первично‑прогрессирующем рассеянном склерозе // Молекулярная биология. — 2023. — Т. 57, № 5. — С. 819–826. — DOI: 10.31857/S002689842305004X.
  18. Матвеева Н. А., Титов Б. В., Базылева Е. А., Кучинская Е. А., Козин М. С., Фаворов А. В., Певзнер А. В., Фаворова О. О. Ассоциация полиморфных вариантов генома в области 2q32.1 с развитием вазовагальных обмороков // Молекулярная биология. — 2023. — Т. 57, № 5. — С. 827–832. — DOI: 10.31857/S0026898423050130.
  19. Писклова М. В., Баулина Н. М., Киселев И. С., Затейщиков Д. А., Фаворова О. О., Чумакова О. С. Уровни отдельных циркулирующих микроРНК при гипертрофической кардиомиопатии ассоциированы с эхокардиографическими показателями // Терапевтический архив. — 2023. — Т. 95, № 4. — С. 302–308. — DOI: 10.26442/00403660.2023.04.202162.
  20. Титов Б. В., Матвеева Н. А., Базылева Е. А., Певзнер А. В., Фаворова О. О. Поиски эпистатически взаимодействующих генетических вариантов, ассоциированных в составе биаллельных сочетаний с вазовагальными обмороками // Генетика. — 2024. — Т. 60, № 3. — С. 85–93. — DOI: 10.31857/S0016675824030092.
  21. Titov B. V., Matveeva N. A., Bazyleva E. A., Pevzner A. V., Favorova O. O. Search for Epistatically Interacting Genetic Variants That Are Associated with Vasovagal Syncope within Biallelic Combinations // Russian Journal of Genetics. — 2024. — Vol. 60. — P. 360–366. — DOI: 10.1134/S1022795424030153.
  22. Mikhailova D. M., Skverchinskaya E., Sudnitsyna J., Butov K. R., Koltsova E. M., Mindukshev I. V., Gambaryan S. Hematin‑ and Hemin‑Induced Spherization and Hemolysis of Human Erythrocytes Are Independent of Extracellular Calcium Concentration // Cells. — 2024. — Vol. 13, № 6. — P. 554. — DOI: 10.3390/cells13060554.
  23. Accogli A., Shakya S., Yang T., Insinna C., Kim S. Y., Bell D., Butov K. R., Severino M., Niceta M., Scala M. et al. Variants in the WDR44 WD40‑repeat domain cause a spectrum of ciliopathy by impairing ciliogenesis initiation // Nature Communications. — 2024. — Vol. 15, № 1. — P. 365. — DOI: 10.1038/s41467‑023‑44611‑2.
  24. Pisklova M. V., Baulina N. M., Matveeva N. A., Favorova O. O. miRNA biogenesis and functioning: 30 years since their discovery // Bulletin of Russian State Medical University. — 2025. — № 1. — P. 4–10. — DOI: 10.24075/brsmu.2025.001.
  25. Писклова М. В., Баулина Н. М., Матвеева Н. А., Фаворова О. О. Биогенез и функционирование микроРНК: 30 лет после их открытия // Вестник Российского государственного медицинского университета (Вестник РГМУ). — 2025. — № 1. — С. 4–10. — DOI: 10.24075/vrgmu.2025.001.
  26. Koltsova E., Avilova A., Nikolaeva E., Kolchin N., Butov K. Engineered Fluorescent Variants of Lactadherin C2 Domain for Phosphatidylserine Detection in Flow Cytometry // Biomolecules. — 2025. — Vol. 15, № 5. — P. 673. — DOI: 10.3390/biom15050673.
  27. Кольцова Е. М., Колчин Н. А., Николаева Е. И., Бутов К. Р. Рекомбинантные белковые биосенсоры липидов клеточных мембран // Биологические мембраны. — 2025. — Т. 42, № 2. — С. 87–106. — DOI: 10.31857/S0233475525020017.
  28. Koltsova E. M., Kolchin N. А., Nikolaeva E. I., Butov K. R. Recombinant Protein Biosensors of Cell Membrane Lipids // Biochemistry (Moscow) Supplement Series A: Membrane and Cell Biology. — 2025. — Vol. 19, № 3. — P. 241–258. — DOI: 10.1134/S1990747825700205.
  29. Чабин И. А., Подоплелова Н. А., Кольцова Е. М., Бутов К. Р., Обыденный С. И., Сметанина Н. С., Пантелеев М. А. Детекция фосфатидилсерин‑экспрессирующих эритроцитов в цельной крови // Вопросы гематологии/онкологии и иммунопатологии в педиатрии. — 2025. — Т. 24, № 2. — С. 104–110. — DOI: 10.24287/1726‑1708‑2025‑24‑2‑104‑110.
  30. Lin J., Butov K. R., Sveshnikova A. N., Gambaryan S., Panteleev M. A. Surface‑dependent reactions in blood coagulation and fibrinolysis: beyond procoagulant platelets // Biophysical Reviews. — 2025. — Vol. 17, № 5. — P. 1543–1556. — DOI: 10.1007/s12551‑025‑01376‑w.

Научные исследования кафедры проводятся в области фундаментальной медицины и направлены в основном на изучение структуры и функции генома при комплексных (многофакторных) заболеваниях большой социальной значимости – рассеянном склерозе (РС) и сердечно-сосудистых заболеваниях (ССЗ).

  • Одним из основных направлений научной работы кафедры в течение многих лет является выяснение молекулярных основ генетической предрасположенности к РС и таким ССЗ как инфаркт миокарда (ИМ), инсульт, атеросклероз и артериальная гипертония. Для выявления совокупного вклада независимо действующих и/или взаимодействующих полиморфных генов в развитие этих заболеваний был разработан оригинальный статистический подход, использующий метод Монте-Карло Марковскими цепями (MCMC) и статистику Вилкоксона-Манна-Уитни. Для реализации этого подхода создано программное обеспечение APSampler, которое может использовать данные индивидуального геномного типирования десятков и сотен полиморфных участков генов-кандидатов.
  • Предложены композитные маркеры развития изучаемых заболеваний и характера их клинического течения, включающие полиморфные варианты нескольких генов. С использованием оригинального биоинформатического подхода показано, что кумулятивный эффект носительства полиморфных вариантов нескольких генов может определяться или аддитивным вкладом этих вариантов, или эпистатическими взаимодействиями между ними.
  • Показаны сходство и различия генетической природы двух основных форм РС: ремитирующей и первично-прогрессирующей. Выявлены эпистатические взаимодействия между вариантами ядерного и митохондриального геномов при РС. Фармакогенетические и фармакогеномные исследования ответа на лечение РС иммуномодулирующими препаратами позволили предложить маркеры для предпочтительного использования одного из препаратов.
  • В последние годы в исследованиях кафедры для анализа вовлеченности генома в развитие РС и ССЗ активно используются методы функциональной геномики. Гендер-специфический анализ дифференциальной экспрессии регуляторных микроРНК в мононуклеарных клетках крови больных РС и здоровых контролей с помощью высокопроизводительных методов секвенирования позволил впервые показать повышение экспрессии многих генов регуляторных микроРНК из импринтированного локуса DLK1-DIO3 на хромосоме 14, наблюдаемое только у больных ремиттирующим РС мужчин по сравнению со здоровыми мужчинами. Эти результаты были валидированы методом RT-qPCR на независимой выборке. Аналогичный подход применительно к ИМ выявил две дифференциально экспрессирующиеся микроРНК: miR-208b и miR-375 с измененными уровнями в плазме при ИМ. Обе микроРНК могут быть биомаркерами ИМ.
  • Предложен и использован применительно к дифференциально экспрессирующимся микроРНК и к микроРНК, полиморфные варианты которых ассоциированы с ИМ, метод предсказания их функциональной роли на основании биоинформатического анализа топологических характеристик сетей ген-генных взаимодействий ее непосредственных мишеней.
  • Проводится полнотранскриптомный анализ экспрессии генов при РС и ССЗ. Разработка подхода, основанного на последовательном сокращении числа выявленных дифференциально экспрессирующихся генов с помощью биоинформатических методов, открывает возможность предложить высокоэффективные композитные маркеры, основанные на оценке уровней экспрессии небольшого числа генов («транскрипционная подпись»).
  • Все большее внимание в исследованиях кафедры уделяется эпигенетическим процессам при патологических состояниях. Проведен полногеномный анализ метилирования ДНК у больных РС. Впервые показано участие этого эпигенетического механизма в формировании основных форм заболевания.
  • Разработан метод диагностики редкого моногенного ССЗ – семейного гиперальдостеронизма первого типа (глюкокортикоид-подавляемый гиперальдостеронизм). У двух больных из собранной в течение многих лет коллекции ДНК 330 больных с первичным гиперальдостеронизмом выявлено наличие химерного гена CYP11B2/CYP11B1. Для этих больных проведен семейный анализ и обнаружены родственники, являющиеся носителями химерного гена. В мире описано всего несколько десятков семей с таким генетическим дефектом.

Среди других направлений научной работы сотрудников кафедры можно выделить

  • исследования пластичности нейральных стволовых и прогениторных клеток взрослого организма в процессах дифференцировки и пролиферации в норме и патологии (проф. Павлова Г.В.);
  • поиск и характеристика новых эпигенетических маркеров (аномальное метилирование, некодирующие РНК) для ряда злокачественных новообразований и аутоиммунных заболеваний (проф. Залетаев Д.В.);
  • анализ транскриптома в норме и при патологии сердечно-сосудистой системы, а также клонирование, изучение и модификация свойств ферментов-тромболитиков (доц. Скамров А.В).