Кафедра организована в 1931 году и явилась первой в нашей стране кафедрой детской хирургии. Все годы существования базой кафедры является Детская городская клиническая больница № 13 им. Н.Ф. Филатова, которая пользуется известностью не только в г. Москве, но и далеко за её пределами. Первым руководителем (директором) кафедры был известный топограф-анатом и специалист по костно-суставному туберкулезу – профессор Константин Дмитриевич Есипов.

Кафедра хирургических болезней детского возраста является одним из крупнейших научно-практических коллективов в РНИМУ. На ней проходят обучение студенты специалитета "Лечебное дело" (дисциплина "Детская хирургия") и студенты специалитета "Педиатрия" (дисциплины "Общий уход за больными взрослыми и детьми хирургического профиля", "Детская хирургия", "Анестезиология, реанимация и интенсивная терапия", "Амбулаторная хирургия детского возраста", "Неонатальная хирургия и интенсивная терапия"), ординаторы  (специальности 31.08.02 "Анестезиология и реаниматология", 31.08.15 "Детская урология-андрология", 31.08.16 "Детская хирургия") и аспиранты. На кафедре работает студенческий научный кружок, постоянно проводятся научно-практические и студенческие мероприятия, реализуются программы дополнительного профессионального образования.

Хирургия пороков развития и заболеваний органов грудной клетки – одно из ведущих направлений научной и лечебной деятельности клиники. Базами кафедры являются торакальные отделения ДГКБ № 13 им. Н.Ф. Филатова и отделение торакальной хирургии РДКБ МЗ РФ. Клиника традиционно занимается проблемами хирургического лечения заболеваний органов брюшной полости. Использование и внедрение новых технологий при операциях на органах брюшной полости, толстой кишке и промежности у детей позволило достичь хороших и удовлетворительных функциональных исходов при лечении такой сложной патологии как спаечная болезнь брюшины, врожденные пороки развития аноректальной зоны, недержание кала и мочи, высоких кишечных свищах, болезни Гиршпрунга, заболеваниях гепатобилиарной системы.