В 1996 году защитила кандидатскую диссертацию на тему: «Оценка эффективности аутотрансплантации почек у детей при мегауретере», имеет высшую квалификационную категорию.

В 2010 году защитила докторскую диссертацию на тему «Диагностика и тактика хирургического лечения кортикальных кистозных поражений почек у детей».

Член научного общества детских хирургов Москвы и Московской области, Ассоциации детских хирургов России.

Область научных интересов: детская урология, андрология, эндохирургия.

Врублевская Е.Н. является соавтором учебника «Хирургические болезни детского возраста» 2004 г., «Национальное руководство по детской хирургии» 2008 г., «Эндоскопическая хирургия в педиатрии» 2016 г., соавтор «Детская хирургия» Национальное руководство Краткое издание 2016 г.
Имеет более 95 публикаций из них  2 учебно-методических, используемых в педагогической практике.