В РОНЦ РАМН Б.К. Поддубный пришёл в 1964 г. После окончания 1 ММИ им. И.М. Сеченова.

Он активно занимался организацией и созданием эндоскопической службы в СССР. В 1976 г. он создал и возглавил многопрофильное эндоскопическое отделение в РОНЦ РАМН, одно из первых в СССР, в котором получили своё развитие диагностическая и лечебная эндоскопия. С 2009 г. — ведущий научный сотрудник того же отделения. В 1979 г. Он защитил докторскую диссертацию «Эндоскопическая семиотика и диагностика опухолевых заболеваний желудка», он автор более 400 научных трудов и 8 монографий.

Б.К. Поддубный занимается широким кругом онкологических проблем: оперативной эндоскопической хирургией рака желудочно-кишечного тракта и бронхо-лёгочной системы. Его имя широко известно в России и за рубежом. Круг научных интересов: от диагностики до различных минимально инвазивных радикальных эндоскопических методов лечения опухолей трахеобронхиального дерева, пищевода, желудка, ободочной и прямой кишки.

Б.К. Поддубный  является экс-президентом Российского эндоскопического общества.