Окончила 2-й МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова с отличием в 1987 г. С этого времени по 1993 г. работала старшим лаборантом на кафедре. С 1993 по 2008 гг. работает ассистентом, доцентом, профессором кафедры. С 2008 г. заведует кафедрой.

В 1992 г. защитила кандидатскую диссертацию на тему "Гуморальная регуляция функций почек у детей с рефлюкс-нефропатией". За время работы на кафедре ею опубликовано более 70 работ в отечественных журналах и материалах научно-практических конференций. Пятнадцать из них приняты в качестве стендовых и устных докладов и опубликованы за рубежом в материалах конференций Европейского общества педиатров-нефрологов и Международной ассоциации детских нефрологов. С.С. Паунова выполняет научные исследования по изучению клинико-патогенетических особенностей формирования рефлюкс-нефропатии у детей.

В 2004 г. защитила докторскую диссертацию на тему «Патогенетические основы формирования рефлюкс-нефропатии у детей», результаты которой явились основанием для изобретения способа диагностики рефлюкс-нефропатии (патент РФ № 2239838 от 10 ноября 2004 г.)

Широко сотрудничает с коллегами за рубежом. В 1993 г. (Словакия) и 1995 г. (Чехия) участвовала в работе Европейской школы детских нефрологов, где выступала с научными сообщениями и демонстрацией больных. В 1997 г. (Оренбург), 1998 г. (Воронеж), 2001 г. (Владивосток), 2010 г. (Оренбург) работала в качестве переводчика, модератора лекций и практических занятий, лектора для слушателей Европейской школы детских нефрологов для врачей России. С 1997 г. является членом Европейского общества педиатров-нефрологов и Международной ассоциации педиатров-нефрологов.

Под ее руководством защищена кандидатская диссертация «Медиаторы воспаления и фиброгенеза при инфекции мочевой системы у детей». Выполняются исследования по изучению роли металлопротеиназ в фиброзировании почек у детей при инфекции мочевой системы.

Член оргкомитета Всемирного дня почки. Член Высшей Аттестационной комиссии.