Защитил кандидатскую диссертацию в 1982 г. «Оценка функционального состояния почек при мегауретере у детей». В 2004 г. защитил докторскую диссертацию «Кишечная деривация при тяжелых формах недержания мочи у детей».

Область научных интересов: детская урология-андрология.

Член Российской ассоциации детских хирургов, Профессиональной Ассоциации Андрологов России.

Член редколлегии журналов "Детская хирургия", "Андрология и генитальная хирургия".

Автор более 300 научных работ. Соавтор учебника «Хирургические болезни детского возраста» 2004 г., национального руководства «Детская хирургия» 2008 г., руководство для врачей "Детская хирургия: клинические разборы" 2011 г., учебника "Детская хирургия" 2014 г., 14 учебно-методических пособий и методических рекомендаций. Имеет 3 патента на изобретения.

Под руководством С.Л. Коварского защищено 7 кандидатских и 2 докторские диссертации.