НМИЦ неврологии РНИМУ основан на базе кафедры неврологии, нейрохирургии и медицинской генетики лечебного факультета ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России и тесно интегрирован с ней в части реализации образовательной, клинической, научной и иной инновационной деятельности.

Клиническая деятельность НМИЦ неврологии РНИМУ им Н.И. Пирогова реализуется клиническими базами кафедры неврологии, нейрохирургии и медицинской генетики лечебного факультета, которые координируются лечебным отделом РНИМУ им. Н.И. Пирогова. НМИЦ неврологии РНИМУ им Н.И. Пирогова координирует оказание неврологической помощи в структурных подразделениях РНИМУ им. Н.И. Пирогова, включая неврологическую помощь в обособленном структурном подразделении «Российский геронтологический научно-клинический центр», ответственный за осуществление функции НМИЦ по профилю «Геронтология». Особенности телемедицинской деятельности представлены в разделе «Телемедицина».

В части нейрохирургических аспектов оказания медицинской помощи населению заключен договор о совместной деятельности с ФГАУ НМИЦ нейрохирургии им. ак. Н.Н. Бурденко МЗ РФ, который также выступает в качестве клинической базы кафедры неврологии, нейрохирургии и медицинской генетики лечебного факультета РНИМУ им Н.И. Пирогова.

Для осуществления научной деятельности работа НМИЦ неврологии РНИМУ им Н.И. Пирогова была также тесно интегрирована с деятельностью научно-исследовательской лаборатории сосудистых заболеваний головного мозга, сотрудники которого выполняют организационно-методическую и аналитическую деятельность по профилю «Неврология».

С целью расширения объема медицинской, научно-практической, образовательной, инновационной деятельности и их интегрирования заключен договор о совместной деятельности по данным направлениям с ФГБУ «Федеральный центр мозга и нейротехнологий» ФМБА России.