Совет обучающихся (СО) — это коллегиальный орган самоуправления, охватывающий своей деятельностью всех обучающихся РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России. Каждый третий понедельник месяца (после заседания Ученого совета Университета) проводится заседание Совета обучающихся.

На заседаниях Совета интересы обучающихся доверено представлять членам Совета — выдающимся активистам, являющимся представителями направлений внеучебной деятельности или старостами факультетов. Один из членов Совета также представляет Университет на федеральном уровне и входит в состав Совета студентов Минздрава России.