Отдел абдоминальной хирургии сформировался на базе кафедры факультетской хирургии № 1 ЛФ (заведующий член-корреспондент РАН, профессор А.В. Сажин). Основными научными направлениями отдела абдоминальной хирургии НИИ клинической хирургии РНИМУ им. Н.И. Пирогова является изучение современных методов диагностики и лечения пациентов с экстренной и плановой абдоминальной хирургической патологией.