2020 г.

• Hydrogeniiclostidium mannosilyticum gen. nov., sp. nov. isolated from human faeces. Chaplin AV, Sokolova SR, Shcherbakova VA, Suzina NE, Kochetkova TO, Goltsov AY, Trofimov DY, Efimov BA. Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Feb;70(2):1210-1216. doi: 10.1099/ijsem.0.003900.
• СТРУКТУРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ ГЕНОМА МЕТИЦИЛЛИН-РЕЗИСТЕНТНОГО STAPHYLOCOCCUS AUREUS (MRSA), УСТОЙЧИВОГО К ЦЕФТАРОЛИНУ ПРЕДСТАВИТЕЛЯ ЭПИДЕМИЧЕСКОГО КЛОНА ST239, ВЫДЕЛЕННОГО В РОССИИ. Дмитренко О.А., Чаплин А.В., Тихомиров Т.А., Балбуцкая А.А., Пхакадзе Т.Я., Альховский С.В. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2020. Т. 38. № 4. С. 170-179. 
• STRUCTURAL FEATURES OF THE GENOME OF METHICILLIN-RESISTANT STAPHYLOCOCCUS AUREUS (MRSA), A CEFTAROLINE-RESISTANT REPRESENTATIVE OF THE EPIDEMIC ST239 CLONE ISOLATED IN RUSSIA. Dmitrenko O.A., Tikhomirov T.A., Alkhovsky S.V., Chaplin A.V., Balbutskaya A.A., Pkhakadze T.Y. Molecular Genetics, Microbiology and Virology. 2020. Т. 35. № 4. С. 210-220. 
• CHARACTERIZATION OF THE GENOTYPE AND THE PHENOTYPE OF NONTOXIGENIC STRAINS OF CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE SUBSP. LAUSANNENSE ISOLATED IN RUSSIAN RESIDENTS. Borisova O.Yu., Chaplin A.V., Gadua N.T., Pimenova A.S., Afanasiev S.S., Donskikh E.E., Kafarskaya L.I., Alexeeva I.N., Rakitsky G.F. Bulletin of Russian State Medical University. 2020. № 2. С. 23-29.

2021 г.

• ВЫЯВЛЕНИЕ НЕТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE SUBSP. LAUSANNENSE, ВПЕРВЫЕ ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ. Борисова О.Ю., Чаплин А.В., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Алексеева И.Н., Ракицкий Г.Ф., Донских Е.Е., Кафарская Л.И. Проблемы медицинской микологии. 2021. Т. 23. № 2. С. 61.   
• ХАРАКТЕРИСТИКА ТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ. Борисова О.Ю., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Чаплин А.В., Чагина И.А., Урбан Ю.Н., Максимова Н.М., Корженкова М.П., Афанасьев С.С., Кафарская Л.И., Афанасьев М.С., Крикун В.В., Якунина О.Ю. Инфекция и иммунитет. 2021. Т. 11. № 4. С. 683-691.
• ОСОБЕННОСТИ ГЕНОМОВ И АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНЫЕ СВОЙСТВА ШТАММОВ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, ВЫДЕЛЕННЫХ У ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ. Бочарова Ю.А., Савинова Т.А., Лямин А.В., Кондратенко О.В., Поликарпова С.В., Жилина С.В., Федорова Н.И., Семыкин С.Ю., Чаплин А.В., Коростин Д.О., Маянский Н.А., Чеботарь И.В. Клиническая лабораторная диагностика. 2021. Т. 66. № 10. С. 629-634. 
• ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНОВ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТИ БАКТЕРИЙ В ДАННЫХ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ). Чаплин А.В., Коржанова М., Коростин Д.О. Клиническая лабораторная диагностика. 2021. Т. 66. № 11. С. 684-688. 
• ГЕНОМНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ШТАММОВ ACHROMOBACTER SPP., ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ В РОССИИ. Бочарова Ю.А., Савинова Т.А., Чаплин А.В., Лямин А.В., Кондратенко О.В., Поликарпова С.В., Жилина С.В., Федорова Н.И., Коржанова М., Маянский Н.А., Чеботарь И.В. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021. Т. 23. № 3. С. 220-225.    
• СИКВЕНС-ТИПОВОЕ РАЗНООБРАЗИЕ И АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНЫЕ СВОЙСТВА ШТАММОВ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ В МОСКВЕ. Бочарова Ю.А., Савинова Т.А., Федорова Н.И., Жилина С.В., Коростин Д.О., Чаплин А.В., Маянский Н.А. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021. Т. 23. № S1. С. 11-12.     
• ВЫЯВЛЕНИЕ НЕТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE SUBSP. LAUSANNENSE, ВПЕРВЫЕ ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ. Борисова О.Ю., Чаплин А.В., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Алексеева И.Н., Ракицкий Г.Ф., Донских Е.Е., Кафарская Л.И. Проблемы медицинской микологии. 2021. Т. 23. № 2. С. 61.
• ОСОБЕННОСТИ ГЕНОМИКИ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ УСТОЙЧИВОГО К МЕТИЦИЛЛИНУ ГОСПИТАЛЬНОГО ЭПИДЕМИЧЕСКОГО КЛОНА STAPHYLOCOCCUS AUREUS ST239-SCCMECIII. Дмитренко О.А., Чаплин А.В., Балбуцкая А.А., Альховский Т.А. Проблемы медицинской микологии. 2021. Т. 23. № 2. С. 74.
• ХАРАКТЕРИСТИКА ТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ. Борисова О.Ю., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Чаплин А.В., Чагина И.А., Урбан Ю.Н., Максимова Н.М., Корженкова М.П., Афанасьев С.С., Кафарская Л.И., Афанасьев М.С., Крикун В.В., Якунина О.Ю. Инфекция и иммунитет. 2021. Т. 11. № 4. С. 683-691.

2022 г.

• Diplocloster agilis gen. nov., sp. nov. and Diplocloster modestus sp. nov., two novel anaerobic fermentative members of Lachnospiraceae isolated from human faeces. Chaplin AV, Shcherbakova VA, Pikina AP, Sokolova SR, Korzhanova M, Belova VA, Korostin DO, Rebrikov DV, Kardonsky DA, Urban AS, Zakharzhevskaya NB, Suzina NE, Podoprigora IV, Das MS, Kholopova DO, Efimov BA. Int J Syst Evol Microbiol. 2022 Feb;72(2). doi: 10.1099/ijsem.0.005222.
• Hominibacterium faecale gen. nov., sp. nov., an anaerobic L-arginine-degrading bacterium isolated from human feces. Borhanudin N, Yang M, Chaplin AV, Li J, Wang Q, Dai LR, Wu KJ, Ma SC, Efimov BA, Cheng L. Arch Microbiol. 2022 Dec 19;205(1):33. doi: 10.1007/s00203-022-03365-z.
• ХАРАКТЕРИСТИКА ИЗОЛЯТОВ STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ. Бочарова Ю.А., Савинова Т.А., Лямин А.В., Кондратенко О.В., Поликарпова С.В., Жилина С.В., Фёдорова Н.И., Семыкин С.Ю., Чаплин А.В., Коростин Д.О., Маянский Н.А., Чеботарь И.В. Клиническая лабораторная диагностика. 2022. Т. 67. № 5. С. 315-320.   
• MEROPENEM-INDUCIROVANNOE SNIZHENIE CHUVSTVITEL'NOSTI K KOLISTINU U PSEUDOMONAS AERUGINOSA ATCC 27853. Савинова Т.А., Бочарова Ю.А., Чаплин А.В., Коростин Д.О., Шамина О.В., Маянский Н.А., Чеботарь И.В. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2022. № 1.  
• MUTATSIONNYYE OSNOVY FORMIROVANIYA USTOYCHIVOSTI K MEROPENEMU U PSEUDOMONAS AERUGINOSA. Чеботарь И.В., Бочарова Ю.А., Чаплин А.В., Савинова Т.А., Василиадис Ю.А., Маянский Н.А. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2022. № 6. С. 64-69. 
• MEROPENEM-INDUCED REDUCTION IN COLISTIN SUSCEPTIBILITY IN PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN ATCC 27853. Savinova T.A., Bocharova Yu.A., Chaplin A.V., Korostin D.O., Shamina O.V., Mayansky N.A., Chebotar I.V. Bulletin of Russian State Medical University. 2022. № 1. С. 30-34.   
• MUTATIONAL BASIS OF MEROPENEM RESISTANCE IN PSEUDOMONAS AERUGINOSA. Chebotar Iv., Bocharova Yu., Chaplin Av., Savinova Ta., Vasiliadis Yu., Mayanskiy Na. Bulletin of Russian State Medical University. 2022. № 2022(6). С. 19-24.           
• KEY FEATURES OF PNEUMOCOCCAL ISOLATES RECOVERED IN CENTRAL AND NORTHWESTERN RUSSIA IN 2011–2018 DETERMINED THROUGH WHOLE-GENOME SEQUENCING. Egorova E., Kumar N., Gladstone R.A., Urban Yu., Voropaeva E., Chaplin A.V., Rumiantseva E., Svistunova T.S., Hawkins P.A., Klugman K.P., Breiman R.F., McGee L., Bentley S.D., Lo S.W. Microbial Genomics. 2022. Т. 8. № 9.    

2023 г.

• Investigating volatile compounds in the Bacteroides secretome. Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Kardonsky DA, Konanov DN, Efimov BA, Bagrov DV, Evtushenko EG, Chaplin AV, Silantiev AS, Filatova JV, Kolesnikova IV, Vanyushkina AA, Stimpson J, Zakharzhevskaya NB. Front Microbiol. 2023 May 3;14:1164877. doi: 10.3389/fmicb.2023.1164877. eCollection 2023.
• Methodology for Integral Study of Antagonistic Activity of Normal Nasal Microbiota to Select Potential Probiotics Efficient in Eradication of Staphylococcus aureus. Uzdenov MB, Uzdenova AI, Katchieva PK, Kharaeva ZF, Azamatova EK, Efimov BA, Smeianov VV. Bull Exp Biol Med. 2023 Jun;175(2):229-233. doi: 10.1007/s10517-023-05840-z.
• ГРИПП И ДРУГИЕ ОРВИ В ПЕРИОД ПАНДЕМИИ COVID-19 У ВЗРОСЛЫХ И ДЕТЕЙ. ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА. Никифоров В.В., Ильенко Л.И., Орлова Н.В., Шамшева О.В., Кафарская Л.И., Гаращенко Т.И., Суранова Т.Г., Чернобровкина Т.Я., Томилин Ю.Н., Полеско И.В., Ртищев А.Ю., Орлова С.Ю. Москва, 2023. 
• ШТАММ БАКТЕРИЙ BIFIDOBACTERIUM LONGUM 174 ДЛЯ ПРИГОТОВЛЕНИЯ РЕГИОН-СПЕЦИФИЧНЫХ ПРОБИОТИЧЕСКИХ ПРЕПАРАТОВ ДЛЯ ПРОФИЛАКТИКИ И ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОГО ЛЕЧЕНИЯ ЗАБОЛЕВАНИЙ ЖЕЛУДОЧНО-КИШЕЧНОГО ТРАКТА У ЖИТЕЛЕЙ КАРАЧАЕВО-ЧЕРКЕССКОЙ РЕСПУБЛИКИ И/ИЛИ ДЛЯ ОБОГАЩЕНИЯ ТРАДИЦИОННОГО КИСЛОМОЛОЧНОГО НАПИТКА "ГЫПЫ АЙРАН" НА ОСНОВЕ ИНДИГЕННЫХ КЕФИРНЫХ ЗЕРЕН. Катчиева П.Х., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И., Чаплин А.В., Соколова С.Р., Катчиева Х.Х., Смеянов В.В. Патент на изобретение RU 2803350 C1, 12.09.2023. Заявка № 2023107525 от 29.03.2023.      
• ОПРЕДЕЛЕНИЕ ТОКСИГЕННОСТИ У CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE В БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКЕ ДИФТЕРИЙНОЙ ИНФЕКЦИИ В СОВРЕМЕННЫХ УСЛОВИЯХ. Борисова О.Ю., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Чагина И.А., Андриевская И.Ю., Миронов А.Ю., Требунских И.П., Сидорова Н.А., Донских Е.Е., Кафарская Л.И. Клиническая лабораторная диагностика. 2023. Т. 68. № 11. С. 702-709.         
• ОШИБКИ, ДОПУЩЕННЫЕ ЛАБОРАТОРИЯМИ, ПРИ ВЫПОЛНЕНИИ ВНЕШНЕГО КОНТРОЛЯ КАЧЕСТВА ПО ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКЕ ДИФТЕРИИ. Борисова О.Ю., Пименова А.С., Гадуа Н.Т., Чагина И.А., Донских Е.Е., Кафарская Л.И. Проблемы медицинской микологии. 2023. Т. 25. № 2. С. 92. 1.
• ОПРЕДЕЛЕНИЕ ПРОТИВОКОКЛЮШНЫХ АНТИТЕЛ У ШКОЛЬНИКОВ С ДЛИТЕЛЬНЫМ КАШЛЕМ. Скирда Т.А., Борисова О.Ю., Борисова А.Б., Комбарова С.Ю., Пименова А.С., Гадуа Н.Т., Чагина И.А., Петрова М.С., Кафарская Л.И. Журнал инфектологии. 2023. Т. 15. № 1. С. 93-100.     
• GENETIC CHARACTERIZATION OF AEROCOCCUS SP. 1KP-2016 STRAIN ISOLATED FROM A PATIENT WITH BLOODSTREAM INFECTION. Chaplin Av., Chagina Ia., Pimenova As., Gadua Nt., Kargaltseva Nm., Borisova O., Donskikh Ee., Kafarskaya Li. Bulletin of Russian State Medical University. 2023. № 2023(2). 

2024 г.

• GC-MS with Headspace Extraction for Non-Invasive Diagnostics of IBD Dynamics in a Model of DSS-Induced Colitis in Rats. Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Kardonsky DA, Danilova EY, Ivanov VA, Evsiev SS, Zubkov EA, Abramova OV, Zorkina YA, Morozova AY, Konanov DN, Silantiev AS, Efimov BA, Kolesnikova IV, Bespyatykh JA, Stimpson J, Zakharzhevskaya NB. Int J Mol Sci. 2024 Mar 14;25(6):3295. doi: 10.3390/ijms25063295.
• Therapeutic Effects of Bacteroides fragilis Vesicles in a Model of Chemically Induced Colitis in Rats. Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Vorobyeva EA, Kardonsky DA, Silantiev AS, Efimov BA, Ivanov VA, Bespyatikh YA, Zakharzhevskaya NB. Bull Exp Biol Med. 2024 Sep;177(5):626-629. doi: 10.1007/s10517-024-06237-2.
• СПОСОБ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ B.PERTUSSIS ИЗ КЛИНИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ НА ОСНОВЕ ВЛОЖЕННОЙ ПЦР. Борисова О.Ю., Андриевская И.Ю., Борисова А.Б., Пименова А.С., Гадуа Н.Т., Чагина И.А., Чаплин А.В., Афанасьев С.С., Чешева В.В. Патент на изобретение RU 2822353 C1, 04.07.2024. Заявка № 2023125556 от 05.10.2023.  
• CLONAL DIVERSITY, ANTIMICROBIAL RESISTANCE, AND GENOME FEATURES AMONG NONFERMENTING GRAM-NEGATIVE BACTERIA ISOLATED FROM PATIENTS WITH CYSTIC FIBROSIS IN RUSSIA. Bocharova Yu., Chebotar I., Savinova T., Lyamin A., Kondratenko O., Polikarpova S., Fedorova N., Semykin S., Korostin D., Chaplin A., Shagin D., Mayanskiy N. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2024. Т. 108. № 2. С. 116102.  
• Bacteroides vesicles promote functional alterations in the gut microbiota composition. Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Kardonsky DA, Efimov BA, Ivanov VA, Smirnova SV, Evsiev SS, Zubkov EA, Abramova OV, Zorkina YA, Morozova AY, Vorobeva EA, Silantiev AS, Kolesnikova IV, Markelova MI, Olekhnovich EI, Morozov MD, Zoruk PY, Boldyreva DI, Kazakova VD, Vanyushkina AA, Chaplin AV, Grigoryeva TV, Zakharzhevskaya NB. Microbiol Spectr. 2024 Nov 5;12(11):e0063624. doi: 10.1128/spectrum.00636-24.
• Comparison of Vaginal microbiota in HPV-negative and HPV-positive pregnant women using a culture-based approach. Podoprigora Irina, Vasina Alena, Mbarga Manga Joseph Arsene, Das Milana, Pikina Alla, Kafarskaya Lyudmila, Efimov Boris. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2024 Oct;110(2):116419. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116419. Epub 2024 Jul 3. DOI: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116419
• Evaluation of the Biological Properties of the Bacteriodaceae Family Using the Caco-2 Cell Line. Podoprigora IV, Das MS, Zakharzhevskaya NB, Kafarskaya LI, Efimov BA. Bull Exp Biol Med. 2024 Nov;178(1):54-57. doi: 10.1007/s10517-024-06281-y.
• МЕДИЦИНСКАЯ МИКРОБИОЛОГИЯ. ОТ МИКРОСКОПИИ К МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ. ПРИПУТНЕВИЧ Т.В., ЕФИМОВ Б.А., ГОРДЕЕВ А.Б., ИСАЕВА Е.Л. 2024, Москва, С. 192 ISBN: 978-5-9704-8495-1  Издательская группа "ГЭОТАР-Медиа".  УДК: [579.61:543.51](035.3).
• АНАЛИЗ ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКИ КОКЛЮШНОЙ ИНФЕКЦИИ В РОССИИ В 2023 ГОДУ. Борисова О.Ю., Андриевская И.Ю., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Чагина И.А., Миронов А.Ю., Кафарская Л.И. Клиническая лабораторная диагностика. 2024. Т. 69. № 10. С. 548-555.          
• СОВЕРШЕНСТВОВАНИЕ БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКОГО МЕТОДА ПРИ ИДЕНТИФИКАЦИИ КОРИНЕБАКТЕРИЙ. Борисова О.Ю., Полосенко О.В., Чагина И.А., Гадуа Н.Т., Пименова А.С., Андриевская И.Ю., Миронов А.Ю., Кафарская Л.И. Клиническая лабораторная диагностика. 2024. Т. 69. № 6. С. 265-271. 
• GENOTYPIC CHARACTERISTICS OF BORDETELLA PERTUSSIS, CANDIDATE STRAINS FOR PRODUCTION OF PERTUSSIS COMPONENT OF VACCINES (STATEMENT I). Borisova O., Andrievskaya I., Pimenova As., Gadua Nt., Chagina Ia., Borisova Ab., Chaplin Av., Alekseeva Ia., Kafarskaya Li. Bulletin of Russian State Medical University. 2024. № 2024(2).   

2025 г.

• Proteogenomic annotation of T6SS components identified in Bacteroides fragilis secretome. Zakharzhevskaya NB, Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Goncharov AO, Evsyutina DV, Kardonsky DA, Vorobeva EA, Silantiev AS, Kazakova VD, Kolesnikova IV, Butenko IO, Vanyushkina AA, Smirnova SV, Chaplin AV, Efimov BA. Front Microbiol. 2025 Feb 11;16:1495971. doi: 10.3389/fmicb.2025.1495971. eCollection 2025.
• Parabacteroides absconsus sp. nov., isolated from feces of a child with atopic dermatitis. Chaplin AV, Pikina AP, Shcherbakova VA, Sokolova SR, Podoprigora IV, Das MS, Koshkin FA, Ilyina GA, Vasiliadis IA, Efimov BA. Arch Microbiol. 2025 Jan 5;207(1):25. doi: 10.1007/s00203-024-04221-y.