РНИМУ им. Н.И. Пирогова является одним из ключевых участников проекта по развитию непрерывного медицинского образования в России и реализует программы дополнительного профессионального медицинского образования на циклах профессиональной переподготовки (свыше 500 часов) и циклах повышения квалификации (от 18 до 500 часов). Также в Университете регулярно организуются тренинги и мастер-классы для врачей различных специальностей, в том числе с привлечением зарубежных специалистов.